Erst 2010 hatte das Parlament im Rahmen der Revision des Strafbehördenorganisationsgesetzes beschlossen, dass die Bundesanwaltschaft ein Justizorgan darstelle, das von der Exekutive unabhängig sein müsse. Deshalb bestimmt seither die Legislative nicht nur den Bundesanwalt, sondern auch das Aufsichtsgremium der Bundesanwaltschaft (AB-BA). Dies sei ein Fehlschlag gewesen, argumentierte Alfred Heer (svp, ZH) bei der Erläuterung seiner parlamentarischen Initiative, die verlangte, dass die Bundesanwaltschaft wieder dem EJPD unterstellt und der Verwaltung angegliedert werde. Strafverfolgung sei keine judikative, sondern eine exekutive Aufgabe. Als unabhängiger Akteur könne die Bundesanwaltschaft nicht über die Bundespolizei verfügen und werde durch die AB-BA auch nur unzureichend kontrolliert.
In ihrer Medienmitteilung machte die RK-NR deutlich, dass sie diese Auffassung nicht teile. Die Bundesanwaltschaft müsse von der Regierung getrennt bleiben. Ihre Unabhängigkeit müsse im Gegenteil noch gestärkt werden, weshalb die Kommission einer parlamentarischen Initiative Sommaruga (sp, GE; Pa.Iv. 16.487) Folge gab, die den Ausbau der Leitung der Bundesanwaltschaft von einer auf drei Personen forderte.

Zu Beginn der Sommersession hatte der Nationalrat über die parlamentarische Initiative Heer (svp, ZH) zu befinden, mit welcher die Bundesanwaltschaft wieder in die Bundesverwaltung integriert werden sollte. Die Mehrheit der RK-NR hatte empfohlen, der Initiative keine Folge zu geben.
Die Bundesanwaltschaft geniesse seit 2011 die gleiche organisatorische Unabhängigkeit wie die Gerichte, führte Karl Vogler (csp, OW) für die Kommission während der Debatte aus. Dies müsse so bleiben, damit sichergestellt sei, dass kein politischer Akteur Einfluss nehmen könne. Genau dieser Gefahr wäre die Bundesanwaltschaft allerdings ausgesetzt, wenn sie wieder – wie bereits vor 2011 – im EJPD angesiedelt würde. Alleine der Vermutung, dass sich das Departement etwa bei heiklen Untersuchungen gegen die Verwaltung oder die Regierung einmischen könnte, müsse entgegengetreten werden. Die Unabhängigkeit sei ein Gebot der Rechtsstaatlichkeit.
Dies sahen eine Minderheit der Kommission und der Initiant selber anders. Alfred Heer sprach von einer «Scheinverselbstständigung» und einer «Scheinunabhängigkeit». Die Bundesanwaltschaft – als ein Akteur, der irgendwo zwischen den drei Gewalten angesiedelt werden könne, so die Ausführung des Minderheitensprechers Pirmin Schwander (svp, SZ) – sei in vielen Fällen abhängig von anderen Akteuren oder habe keine Verfügungsmacht, wie er am Beispiel der Bundespolizei aufzeigte. Das Argument von Vogler, dass eine hundertprozentige Unabhängigkeit auch nicht möglich sei, es aber hier eigentlich nicht um die kritisierten Mittel für eine Untersuchung gehe, sondern vor allem primär gewährleistet bleiben müsse, dass die Bundesanwaltschaft unabhängig entscheiden könne, wann ein Verfahren eröffnet werde, schien im Rat zu verfangen. Der Initiative wurde nämlich mit 66 zu 122 Stimmen keine Folge gegeben. Die 66 Stimmen stammten ausnahmslos von den Fraktionskolleginnen und -kollegen des Initianten.