Ein runder Tisch zur Fernverkehrskonzession scheiterte im Februar 2017: Eine Annäherung der Bahngesellschaften in der Frage der Erneuerung der Fernverkehrskonzession kam nicht zustande. Auf Einladung des Bundesamtes für Verkehr (BAV) hatten die Bahnunternehmen SBB, BLS (Bern-Lötschberg-Simplon-Bahn) und SOB (Südostbahn) während dreier Monate über mögliche Konzessionsvergabelösungen verhandelt. Die SBB wollte jedoch weiterhin die alleinige und ungeteilte Konzession für sich in Anspruch nehmen und erachtete eine Zusammenarbeit mit anderen Bahngesellschaften nur im Rahmen einer ungeteilten Konzession als akzeptabel. Die BLS wollte sich auf eine derartige Zusammenarbeit nicht einlassen und gab bekannt, eine eigene Fernverkehrskonzession zu beantragen. Die SOB und die SBB erklärten, sie würden die Verhandlungen fortführen.

Im Ringen von SBB und BLS um die Fernverkehrskonzession gab es laut Medienberichten vom August 2017 einen Druckversuch seitens der SBB auf den Kanton Bern, der Mehrheitsaktionär der BLS ist. Die SBB sistierte im Sommer 2017 einen Baurechtsvertrag, den sie mit dem Kanton Bern über die baurechtliche Nutzung eines Areals in Weyermannshaus-Ost erarbeitet hatte. Der Kanton Bern wollte dort eine Fachhochschule bauen und verfolgte dieses Vorhaben mit einiger Dringlichkeit. Aus Berner Regierungskreisen wurde kolportiert, die SBB sähe im Vertrag offenbar ein Pfand und versuche, ihre Unterschrift davon abhängig zu machen, ob der Kanton Bern als Mehrheitsaktionär der BLS diese von ihren Konzessionsplänen abbringen könne.
Die Wettbewerbskommission warnte Anfang September die SBB, dass Behinderungen im Konzessionsverfahren einen Verstoss gegen das Wettbewerbsrecht bedeuteten. Die SBB unterschrieben den Baurechtsvertrag mit dem Kanton Bern und bestritten, dass sie die Absicht gehabt hätten, Druck auf den Kanton auszuüben.
Am 8. September 2017 reichte die BLS ihr Konzessionsgesuch ein. Sie beantragte die Konzession für die Intercity-Linien Interlaken-Basel (ab 2022) und Brig-Basel (ab 2023) sowie für die RegioExpress-Linien Bern-Olten und Biel-Bern (beide ab 2020) und Le Locle-Bern (ab 2022). Die BLS betonte im Gesuch, gegenüber der bestehenden Monopolsituation könne ein spürbarer Mehrwert für die Fahrgäste geschaffen werden.
Gleichentags reichten auch die SBB ihr Konzessionsgesuch ein: Sie beantragten die Verlängerung ihrer landesweiten Konzession für weitere 15 Jahre. Die SBB hatten sich zuvor mit der SOB geeinigt. Die SOB soll betrieblich selbständig, aber unter der SBB-Konzession, die Linie Bern-Olten-Zürich-Chur sowie die Gotthardbergstrecke befahren.
Mit den Einreichungen der konkurrierenden Gesuche von SBB und BLS zeigte sich, dass der Versuch einer bilateralen Einigung zwischen den Bahngesellschaften gescheitert war.
Die Vergabe der Konzession oblag dem BAV, welches im Dezember 2017 entscheiden wollte.

Im Oktober 2017 hatte das Bundesamt für Verkehr bekannt gegeben, dass die Fernverkehrskonzession der SBB um zwei Jahre verlängert würde und das Amt 2018 über die Vergabe der Fernverkehrskonzession per Ende 2019 entscheiden werde. Aufgrund der konkurrierenden Gesuche von SBB und BLS brauche es vertiefte Abklärungen, hielt BAV-Direktor Füglistaler fest.
Im Mai 2018 legte das BAV einen Kompromissvorschlag vor, welcher der BLS statt der ersuchten fünf Linien nur die beiden Linien Bern-Biel und Bern-Olten zugestanden hätte. Die BLS lehnte dies ab und argumentierte, dass zwei RegioExpress-Linien nicht ausreichten, um einen wirklichen Mehrwert für die Passagiere zu schaffen.
Im Juni 2018 entschied das BAV jedoch nach dem vorgängig gemachten Kompromissvorschlag: Es erteilte der BLS die Fernverkehrskonzession für die RegioExpress-Linien Bern-Biel und Bern-Olten und beliess die übrigen Linien in der Konzession der SBB. Beide Bahngesellschaften waren darüber nicht glücklich: Die BLS hatte ja fünf Linien (davon zwei Intercity-Linien) beantragt und war über den Entscheid enttäuscht. Die SBB war unzufrieden mit dem Entscheid, weil sie die Fernverkehrskonzession nicht teilen wollte. Sie reichten deswegen im Juli 2018 beim Bundesverwaltungsgericht eine Beschwerde gegen den Entscheid des BAV ein. Die Vergabe sei willkürlich, zudem sei die Aufteilung der Konzession ein Systemwechsel, der ohne politischen Entscheid vorgenommen werde, aber eines solchen bedürfe.

Ein Jahr, nachdem die SBB beim Bundesverwaltungsgericht eine Beschwerde gegen die Vergabe der Fernverkehrskonzession eingereicht hatte, konnte im August 2019 eine Einigung zwischen SBB und BLS erzielt werden. Nachdem die BLS im Mai 2019 bekannt gegeben hatte, dass sie die beiden vom BAV zugesprochenen RegioExpress-Linien nicht per Dezember 2019 übernehmen könne, weil die hängige Beschwerde der SBB die Planungssicherheit verhindere, zeigten die beiden Bahngesellschaften im Sommer Verhandlungsbereitschaft.
Mit der Vermittlung von Verkehrsministerin Sommaruga und dem Berner Regierungsrat Neuhaus (BE, svp) einigten sich SBB und BLS auf den folgenden Kompromiss: Die SBB erhält die ungeteilte Fernverkehrskonzession für weitere 10 Jahre, die BLS darf im Gegenzug ab Dezember 2019 die Linie Bern-Biel und ab Dezember 2020 die Linien Bern-Burgdorf-Olten, Bern-Neuenburg und Neuenburg-La Chaux-de-Fonds führen. Die letztgenannte Linie soll jedoch mittelfristig wieder an die SBB zurückgehen, um die geplante bessere Anbindung von La Chaux-de-Fonds an die Westschweizer Städte zu gewährleisten. Die SBB zog ihre Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht in der Folge zurück.