Im März 2019 wurde bekannt, dass das Bahnunternehmen BLS seit der Jahrtausendwende rund CHF 45 Mio. zu viel an Abgeltungen erhalten hatte. Parallelen zum Postauto-Skandal wurden von den Medien gesucht, sind jedoch nur teilweise vorhanden: Während bei PostAuto ganz gezielt Gewinne umgebucht worden waren, um Subventionen einzustreichen, tat die BLS nichts, um höhere Abgeltungen zu erhalten. Statt betrügerischer Machenschaften wie bei PostAuto lag im Fall BLS nur ein unzureichend angepasstes Zinsglättungsmodell vor. Ein Zinsglättungsmodell dient dazu, Zinskosten, die von Jahr zu Jahr stark und sprunghaft schwanken können, über die Zeit gleichmässig zu verteilen. Die Zinskosten fallen an, wenn die Transportunternehmen zur Beschaffung von neuem Rollmaterial nicht über genügend Eigenkapital verfügen und somit auf Fremdkapital angewiesen sind.
Ganz ähnlich wie im «Fall PostAuto» zeigt sich beim jüngsten Skandal das Versäumnis des Bundesamtes für Verkehr: Dort blieben Hinweise auf die Differenzen zwischen den berechneten (und vergüteten) und den effektiven Zinsen zu lange folgenlos. Ein interner Revisionsbericht ortete im Bundesamt «gravierende Mängel». BAV-Direktor Peter Füglistaler bezeichnete die Versäumnisse beim BAV als ärgerlich. Die BLS wird CHF 29 Mio. zurückzahlen. CHF 16 Mio. aus der Zeit vor 2014 liegen jedoch im Bereich der akzeptierten Schätzungenauigkeit bei Zinsmodellen, weshalb dieser Betrag nicht zurückgezahlt werden muss.

Nach dem Postauto-Skandal und den zu hohen Abgeltungen bei der BLS führte das UVEK beim Bundesamt für Verkehr ein Audit durch, um Schwächen im Controlling zu finden. Im Mai 2019 legte das BAV dem Bundesrat in Absprache mit dem UVEK fünf Massnahmen zur Verstärkung der Aufsicht bei Transportunternehmen vor.
Dazu sollte das Aufsichtskonzept nicht einfach angepasst, sondern die Aufsicht grundsätzlich neu aufgestellt werden: Die bisherige Praxis einer punktuellen Prüfung einer Teilrechnung des Jahresabschlusses der Transportunternehmen wird aufgehoben. Das neue Prüfregime sieht ebenso jährliche Selbstdeklarationen der Transportunternehmen zur Einhaltung des Subventionsrechts vor wie die Festlegung von Prüfungshandlungen, welche die externen Revisionsstellen der abgeltungsberechtigten Unternehmen zwingend vorzunehmen haben. Das Controlling durch die Facheinheiten im BAV wird zudem ergänzt durch vertiefte, stichproben- und risikoorientierte Prüfungen der Sektion Revision des BAV, welche ihre Prüfungen gegenüber heute verdoppelt. Der Bundesrat nahm die vorgesehenen Massnahmen zur Kenntnis und wird wo nötig mit der nächsten Anpassung des Personenbeförderungsgesetzes eine rechtliche Abstützung der Massnahmen vornehmen.