En 1989, 8,9 km de routes nationales ont été mis en service. Les tronçons ouverts au trafic sont ceux de la N5 entre Gléresse-Ouest et la Neuveville-Est (BE), de la N13 entre Rossboden et Vial (GR) et de la N9 entre Vallorbe et Chavornay (VD). Cela porte la longueur du réseau des routes nationales à 1494,9 km, c'est-à-dire 80,6% de sa longueur totale. En outre, à la fin de l'année, les projets généraux avaient été approuvés pour 1716,1 km, soit 92,5% de l'ensemble du réseau: deux d'entre eux furent adoptés en 1989. Il s'agit de ceux concernant la N8 pour le contournement de Brienzwiler (BE) et la N16 entre La Heutte et Tavannes (BE). Les contributions fédérales, provenant des droits d'entrée sur les carburants, se sont portées à 925 millions de francs versés aux cantons pour les frais d'établissement des projets ainsi que la direction des travaux, la construction des routes nationales et l'acquisition de terrains [34].

Les deux Chambres ont très largement rejeté l'initiative «halte au béton – pour une stabilisation du réseau routier». Ce texte, déposé en 1986, émanait des milieux écologistes et des Organisations progressistes (POCH). Il souhaite que le réseau routier suisse ne dépasse pas la superficie qu'il atteignait le 30 avril 1986. Il vise donc à réorienter la politique des transports vers l'offre plutôt que la demande en prenant des mesures afin de décourager les automobilistes. Les Chambres ont estimé qu'il était plus judicieux d'atteindre ces buts en mettant en oeuvre la stratégie de lutte contre la pollution de l'air et en promouvant les transports publics. Elles se sont surtout attaquées à la disposition stipulant le retour à l'état des routes de 1986 qui serait absurde et impossible à mettre en oeuvre. La dimension économique du problème a également motivé leur choix; geler le réseau routier aggraverait le déséquilibre entre les régions développées et celles qui le sont moins. Le Conseil national repoussa dans les mêmes proportions une proposition de contre-projet de Verena Diener (pe, ZH) qui demandait que l'on renonce à l'effet rétroactif de l'initiative, la date du 30 avril 1986 étant remplacée par celle du jour suivant l'éventuelle adoption du texte en votation populaire [35].

Le Conseil fédéral, le Conseil national et le Conseil des Etats se sont prononcés sur les initiatives «trèfle à quatre» .(devenues "trèfle à trois" dans le courant de l'année). Celles-ci sont composées de quatre textes distincts lancés par I'AST et déposés en 1987. Ils visent à empêcher la construction de quatre tronçons d'autoroute: la N1 entre Yverdon et Morat, la N5 entre Bienne et Soleure/Zuchwil, la N4 entre Knonau et Wettswil et la N16 (Transjurane) qui représentent 7% du réseau total, soit 137 km. Les Chambres et le gouvernement s'y sont opposés car, selon eux, ils mettent en cause la conception globale des routes nationales et créeraient des lacunes dans une structure censée former un tout. De plus, cela n'aurait guère d'influence sur le trafic 'en général et nuirait plutôt à sa fluidité dans les régions concernées. Ainsi, un réseau de routes nationales inachevé engorgerait les villes et les villages des zones non-desservies et, de ce fait, irait à l'encontre d'une politique raisonnable de protection de l'environnement. En outre, selon le Conseil fédéral, l'introduction de l'étude d'impact donne assez de garanties pour limiter au maximum les dégâts causés à la nature [36].

A la fin de l'année 1989, le comité «pour un Jura libre d'autoroute» a retiré son initiative contre la N16. Le Conseil des Etats n'eut donc ainsi que trois objets à traiter. Les raisons invoquées furent que ce projet manquait considérablement de soutien dans le canton du Jura et qu'il était devenu une source de blocage et de conflit entre les milieux de protection de l'environnement, les autorités cantonales et les partis politiques. Le comité a estimé aussi avoir atteint son but qui était, plutôt qu'une suppression de la N16, l'obtention de garanties qu'une action d'envergure en faveur de l'environnement serait entreprise [37].

Le groupe AdI/PEP avait déposé, en 1987, une motion qui demandait que tous les travaux préliminaires entrepris en vue de la construction des tronçons contestés soient suspendus jusqu'à ce que le peuple se soit prononcé sur les initiatives. Le Conseil national a estimé qu'un tel moratoire créerait un précédent et qu'il pourrait suffire de lancer une initiative pour bloquer le fonctionnement de quelque objet què ce soit. Les indépendants, les écologistes et les socialistes se retrouvèrent donc minoritaires à la Chambre et la motion fut rejetée [38].

La grande chambre a rejeté les deux motions Bodenmann (ps, VS) concernant la N9. La première demandait que le Conseil fédéral propose au parlement de renoncer à aménager cette autoroute à 4 pistes sur tout le tronçon situé entre Sierre-Est et Brigue. La seconde envisageait de faire passer la N9, dans la région de Viège, plus au sud que ce qui avait été projeté [39].

En 1988, le Conseil fédéral avait adopté le programme pluriannuel 1988-1990 pour la construction du réseau des routes principales. Dans le cadre de ce programme, 175 millions de francs ont été octroyés, en 1989, aux cantons par la Confédération en tant que contributions aux projets de construction et d'aménagement des routes principales. Ils sont en majorité affectés au développement du réseau des Alpes et du Jura [40]. Cependant, la motion Philipona (prd, FR) a demandé que le gouvernement prévoie une aide substantielle à l'entretien des routes et chemins alpestres à l'aide du produit des droits d'entrée sur les carburants. Mais le Conseil national a suivi l'avis du Conseil fédéral et a rejeté ce texte; selon eux, la loi sur l'utilisation du produit des droits d'entrée sur les carburants dresse une liste exhaustive des tâches pouvant être l'objet de contributions [41].