La révision totale de la loi sur la protection des eaux de 1971 constitue un contre-projet indirect à l'initiative «Pour la sauvegarde de nos eaux». Cette dernière, proposant une protection rigoureuse et intégrale des eaux encore proches de l'état naturel et le maintien de débits minimaux suffisants a été rejetée par les deux Chambres au profit du projet du Conseil fédéral [31]. Le texte de la révision de la loi sur la protection des eaux fut adopté pratiquement tel quel par le Conseil des Etats à la fin de l'année 1988 [32]. Au Conseil national, il provoqua un important débat qui déboucha, par rapport au projet initial, sur quelques notables modifications. Trois sujets furent au centre des discussions: les fabriques d'animaux et la pollution des eaux par le lisier et le fumier, les débits minimaux et le problème des indemnités pour la sauvegarde des torrents sauvages («centime du paysage»).

En ce qui concerne les débits minimaux, le Conseil national est resté sur les positions du Conseil fédéral et du Conseil des Etats et a rejeté une proposition visant à imposer des débits résiduels supplémentaires. Cependant, la grande chambre a adopté le projet plus rigoureux du Conseil fédéral en matière de réglementation des exceptions. De plus, elle a ajouté au texte, contre l'avis de sa commission, des prescriptions qui rejoignent les propositions de l'initiative «Pour la sauvegarde de nos eaux» en assurant une protection presque absolue des cours d'eau restés en leur état naturel. Dans le domaine de la pollution des eaux par l'agriculture, elle a approuvé la règle de trois unités de bétail-fumure (UGBF) à l'hectare pour l'épandage mais a ajouté, en particulier, une proposition selon laquelle la moitié au moins de la quantité d'engrais de ferme provenant d'une entreprise agricole doit être répandue sur la surfacé utile exploitée. Cette mesure devrait toucher environ 13 000 exploitations [33].

Le «centime du paysage» consiste en une compensation pour la non-réalisation d'ouvrages hydroélectriques, eu égard au fait que les producteurs d'électricité versent de fortes redevances aux cantons et communes pour l'utilisation des eaux dont ces derniers détiennent les droits. Cette idée a émergé il y a une dizaine d'années dans les Grisons au sujet des projets d'Ilanz et de la Greina dans le but de sauvegarder le paysage ainsi que les derniers torrents sauvages des Alpes. Pour effectuer cette compensation, diverses organisations écologistes et la Fondation suisse de la Greina ont proposé une taxe (de 1 centime) prélevée sur chaque kilowattheure provenant de la production hydroélectrique. Le fonds ainsi constitué servirait à l'indemnisation de communes privées de redevances. Le «centime du paysage» fut au centre d'une longue polémique; la question de sa constitutionnalité trouva autant d'adversaires que de défenseurs. Finalement, la commission du Conseil national adopta le principe d'un fonds d'indemnisation mais laissa ouvert le problème de son mode de financement. La grande chambre se prononça, en juin, en faveur du «centime du paysage». Selon elle, celui-ci ne devrait s'appliquer qu'aux paysages d'importance nationale en tenant compte de la capacité financière du canton ou de la commune. Sur le financement du fonds, elle se rangea à une proposition de compromis radicale qui reprenait l'idée initiale d'une taxe sur chaque kilowattheure mais en l'abaissant à 0,2 centime. Cela devrait représenter une somme de 70 millions de francs par an [34].

En fin d'année, le Conseil des Etats, en deuxième lecture, a maintenu les divergences créées par le Conseil national. Si le Conseil des Etats renonça également au «centime du paysage», il laissa tout de même une porte ouverte en demandant au Conseil fédéral, par le biais d'une motion déposée par sa commission, de proposer un projet prévoyant des montants compensatoires pour les collectivités victimes d'un manque à gagner à cause de la non-réalisation d'un ouvrage hydroélectrique [35]. Face aux réserves de la petite chambre, diverses organisations de protection de l'environnement ainsi que le l'Association suisse pour la protection des petits et moyens paysans (VKMB) ont décidé d'utiliser la menace du référendum contre la révision de la loi sur la protection des eaux si le Conseil national devait s'aligner sur les positions de la chambre des cantons [36]. Gallus Cadonau, directeur de la Fondation suisse de la Greina, a averti, pour sa part, qu'il lancerait une initiative populaire sur le thème du «centime du paysage» si son principe ne devait finalement pas être retenu au parlement [37].

Le Conseil fédéral a mis en consultation un projet de modification de l'ordonnance sur le déversement des eaux usées en vue d'élargir l'obligation d'éliminer le phosphore dans les stations d'épuration et les industries, en particulier celles situées en aval des lacs et des fleuves. Cette modification est devenue nécessaire suite à l'accord intervenu entre les Etats riverains du Rhin sur les exigences minimales à fixer au déversement des eaux usées communales. Dorénavant, les installations prévues pour 20 000 habitants et plus du bassin versant du Rhin devraient aussi être équipées d'installations d'élimination du phosphore. Pour les lacs, le Conseil fédéral propose que l'élimination du phosphore ne soit plus introduite dans toutes les installations, mais seulement à partir des stations prévues pour 600 habitants et plus. Dans les installations pour 30 000 habitants et plus, des mesures supplémentaires pour l'élimination du phosphore doivent être prises lorsque des études ont montré que les exigences municipales visant à sa réduction ne suffisent pas à la protection du lac [38].

La dixième conférence pour la protection du Rhin, réunissant les ministres de l'environnement des cinq Etats concernés à Bruxelles, a décidé d'une amélioration dans l'échange des données entre les partenaires et a complété la liste des substances dangereuses pour ce fleuve. Il y fut, d'autre part, particulièrement mis l'accent sur la protection de la mer du Nord (au sujet de laquelle une conférence est prévue en 1990) car c'est cet écosystème qui, en dernière instance, doit absorber les substances rejetées dans le Rhin. La conférence a aussi procédé à l'adoption d'une proposition franco-hollandaise sur le problème des chlorures stipulant de ne limiter l'obligation faite aux usines françaises de potasse de ne plus déverser le sel dans le Rhin qu'aux périodes de basses eaux. Les économies ainsi faites devraient permettre de financer les mesures de réduction de la teneur en sel de l'eau potable aux Pays-Bas [39].

Le Conseil fédéral a mis en consultation une ordonnance sur l'approvisionnement en eau potable en temps de crise qui a reçu un bon accueil de la part des cantons. Ceux-ci ont toutefois demandé des garanties en ce qui concerne leur souveraineté à ce sujet. Ce texte définit les mesures préventives à prendre afin d'assurer un approvisionnement suffisant. Il établit également quelles sont les instances compétentes pour les prendre [40].