Exposant dans les détails sa décision de 1989, le message sur la NLFA a été présenté par le Conseil fédéral. Le gouvernement motive son choix par la nécessité pour la Suisse de faire face au développement des transports européens en s'y intégrant judicieusement et en offrant une solution de rechange crédible à son refus d'ouvrir un corridor routier pour les camions de 40 tonnes. Alptransit pourrait donc permettre de transférer une partie du trafic de marchandises et de voyageurs, dont l'augmentation future est prévisible sur l'axe nord-sud, de la route au rail. Cela protègerait la zone alpine et, plus généralement, participerait d'une politique des transports respectueuse de l'environnement. Le Conseil fédéral prévoit ainsi l'établissement de deux voies comprenant la construction des tunnels de base du Gothard, entre Amsteg et Bodio, long de 49,2 km et de son complément, au Lötschberg, d'une longueur de 28,4 km entre Frutigen et Gampel/Rarogne (voir carte). Pour intégrer les diverses parties du pays à ces deux lignes, des raccordements spécifiques devraient être établis avec la Suisse orientale et la Suisse romande.

Contrairement au chiffre de 7,6 milliards de francs annoncé l'an passé, le prix total pour la réalisation de ces deux tronçons ainsi que leurs votes d'acces et de raccordements se monte, dans le message, à 10,1 milliards. La Confédération devrait réunir ces fonds et les mettre à disposition des chemins de fer sous forme de prêts remboursables. Elle s'en procurerait l'essentiel sur le marché des capitaux mais aurait également recours au produit des droits d'entrée sur les carburants à raison de 25% [49].

Les réactions à ce message furent de divers ordres. Si l'UDC, le PDC et le PRD se sont montrés satisfaits, les écologistes ont rejeté catégoriquement toute construction de NLFA, estimant que cela n'est ni nécessaire, ni supportable pour l'environnement et que toute nouvelle offre de transport ne ferait qu'accroître le trafic. Les socialistes ont exigé un prélèvement plus élevé sur le produit des droits d'entrée sur les carburants qui soit octroyé, de surcroît, à fonds perdus. Au contraire, l'ACS (Automobile Club de Suisse) et la FRS (Fédération routière suisse) ont demandé de revoir à la baisse cette forme de contribution [50].

La commission du Conseil national a entamé ses délibérations durant l'été. A son avis, le montant total pour Alptransit se situera probablement aux alentours de 18 milliards de francs plutôt que de 10,1 [51]. Elle a, d'autre part, pris connaissance des demandes de divers cantons concernant la NLFA. Celui d'Uri exige le prolongement du tunnel du Gothard sur 8 km, d'Amsteg à Erstfeld, ainsi que des mesures d'accompagnement pour réduire l'impact d'Alptransit sur l'environnement [52]. Le Tessin, pour sa part, désirerait, entre autres, le contournement de Bellinzone à l'aide d'un tunnel [53]. Le Valais, quant à lui, refuse que le tunnel du Lötschberg débouche à Garnpel et demande sa prolongation jusqu'à Brigue ainsi que la construction d'un embranchement vers Loèche pour desservir le Valais central [54].

Les cantons de Suisse orientale ont été particulièrement soucieux de raccorder leur région à la NLFA. Le Conseil national a, à ce sujet, transmis le postulat Ruckstuhl (pdc, SG) [55]. D'autre part, proposition fut faite, à cette fin, de percer un tunnel entre Arth-Goldau et Pfäffikon (SZ) [56]. Dans le même but, mais concernant plus spécifiquement les Grisons, le conseiller aux Etats L.M. Cavelty (pdc, GR) a lancé l'idée d'une variante 'mini Y' Coire-Trun-Gothard, en tunnel par Trun et Sedrun [57].

La Suisse occidentale s'est, elle aussi, montrée attentive à son lien avec Alptransit, demandant, par la voix de la Conférence ferroviaire romande, une revalorisation du Simplon par le biais d'un raccordement au réseau TGV français, ce qui nécessiterait la construction du tronçon Genève-Mâcon [58]. Par ailleurs, une solide opposition au projet du Conseil fédéral s'est créée dans le Kandertal (BE), emmenée par l'organisation "Pro Frutigen"; celle-ci désire un rallongement du tunnel du Lötschberg afin de protéger l'environnement de la vallée [59].

La contestation contre divers projets élaborés dans le cadre de Rail 2000 s'est poursuivie, de nombreuses variantes étant suggérées afin, notamment, de ménager l'environnement. Le tronçon Mattstetten(BE)-Rothrist(AG) fut particulièrement sur la sellette puisqu'il fut l'objet des motions Luder (udc, BE) et Wiederkehr (adi, ZH) dont les dispositions enjoignent au Conseil fédéral de veiller à ce que les CFF traitent sur un plan d'égalité les propositions des cantons et organisations concernés avec la leur propre et que le parlement puisse se prononcer sur les surcoûts occasionnés par le choix d'un tracé correspondant aux voeux de ces régions. Ces textes ont été transmis comme postulats par le Conseil national [60].

Une autre motion concernant Rail 2000 a été transmise comme postulat par la grande chambre. Emanant de O. Zwygart (pep, BE), elle exige, dans le cadre du doublement de la voie ferrée entre Douanne et La Neuveville, l'établissement d'un long tunnel ferroviaire qui contournerait le village de Gléresse afin de préserver le site et le paysage. Plus généralement, le postulat Allenspach (prd, ZH) s'est attaché à demander l'élaboration d'un plan sectoriel pour Rail 2000 afin de régler l'utilisation des parcelles appartenant aux CFF qui se trouvent aux abords des gares, afin d'y concentrer les installations rassemblant un grand nombre de personnes et créant, de ce fait, une forte circulation [61].

La direction générale des CFF, à l'occasion de son rapport intermédiaire sur Rail 2000, a annoncé une nouvelle explosion du coût prévu pour la réalisation de l'ensemble du projet. Chiffré à 5,4 milliards de francs en 1985, à 7,5 milliards en 1989, c'est une somme de 9 milliards qui fut avancée en 1990 (+ 66% par rapport à 1985). Cet accroissement, s'il est dû, en partie, au renchérissemént, provient également, pour beaucoup, des mesures de protection de l'environnement et des multiples entraves posées par de longues procédures [62]. A ce propos, le Conseil fédéral a mis en consultation, en fin d'année, un projet d'arrêté fédéral urgent (AFU) dont le but est d'accélérer la procédure d'approbation des plans, chaque nouveau délai alourdissant notablement la facture finale. Alors que le système en vigueur, régi par la loi sur les chemins de fer, comporte trois instances compétentes pour traiter les recours, l'AFU envisage de ne plus en conserver que deux, à savoir le DFTCE et le Tribunal fédéral. Il prévoit, de surcroît, la fixation de délais légaux pour le traitement des dossiers et une meilleure coordination en ce qui concerne le remembrement parcellaire et l'expropriation [63]. Le Conseil des Etats a, pour sa part, transmis un postulat de sa commission des transports et du trafic demandant à ce que, dans le cadre des grands projets ferroviaires de la Confédération, l'Office fédéral des transports dispose d'un effectif en personnel suffisant afin que l'approbation des plans soit menée rapidement [64].

L'intégration de la Suisse dans le réseau européen des TGV est également l'un des grands soucis ferroviaires helvétiques. Cela concerne plus spécifiquement le raccordement de l'ouest et du nord-ouest de la Suisse aux lignes françaises [65]. En 1990, le gouvernement français a présenté son schéma directeur des lignes TGV et l'a mis en consultation. Ce projet prévoit la réalisation du TGV Rhin-Rhône, relié au TGV Est Paris-Strasbourg, passant par Belfort, et se prolongeant jusqu'à Bâle et Zurich [66]. En ce qui concerne la Suisse occidentale, la situation est moins positive: au grand dam des Romands, Matignon a donné sa préférence au TGV Paris-Milan via le Mont-Cenis [67]. La ligne TGV Genève-Mâcon, permettant le désenclavement de Genève et la revalorisation de la ligne du Simplon, fut laissée au second plan [68]. Considérant que rien n'était perdu, A. Ogi a exhorté les cantons romands à former un front uni en faveur de ce tronçon, en abandonnant notamment d'autres projets, telle l'amélioration de la ligne Lausanne-Paris par Vallorbe, afin de tenter de convaincre les autorités françaises; cela n'eut pas l'heur de plaire à bon nombre de Vaudois, dont le désaccord fut partagé par beaucoup d'élus du canton [69]. A. Ogi, dans la réponse qu'il donna en fin d'année à M. Delebarre, ministre des transports français, sur son plan directeur, put cependant se prévaloir du soutien de tous les cantons pour plaider en faveur des raccordements de la Suisse par Belfort-Bâle et Genève-Mâcon [70].

Au Conseil national, deux interventions se préoccupèrent de ces questions; d'une part, la motion Béguelin (ps, VD), transmise comme postulat, a demandé au Conseil fédéral d'étudier les possibilités de jonctions au TGV par cinq axes différents et, d'autre part, le postulat Müller (prd, ZH), accepté, a insisté sur la nécessité pour les régions du centre, du nord-est et du nord-ouest de la Suisse d'être reliées au réseau à grande vitesse [71].

Les cantons romands, de Berne et de Bâle ont présenté un projet commun de traversée alpine; compte tenu du délai de construction de la NLFA, ils ont suggéré, afin de raccourcir le temps de trajet sur les axes Bâle-Berne-Milan, ainsi que Genève-Milan, l'utilisation de rames de type Pendolino sur les axes du Simplon et du Lötschberg. Selon eux, l'inclinaison de ces trains dans les courbes s'adapterait parfaitement au réseau sinueux des lignes alpines. Une telle proposition a été relayée au parlement par le biais de la motion Martin (prd, VD), transmise comme postulat par le Conseil national, et par le postulat Vollmer (ps, BE), accepté par la même chambre [72].

Le canton du Valais a officiellement annoncé son soutien au projet des autorités italiennes d'un tunnel ferroviaire au Grand Saint-Bernard reliant Aoste et Martigny, tout en soulignant qu'une telle liaison devrait être complémentaire, et non concurrente, de l'axe Lötschberg-Simplon. Ce nouveau tronçon serait destiné à décharger le val d'Aoste de son important trafic automobile ainsi que de l'intégrer dans le réseau ferroviaire européen. D'une longueur de 40 km, il devrait coûter quelque 6 milliards de francs [73].

Deux interventions parlementaires ont eu pour préoccupation la sécurité du personnel et des voyageurs. La motion Béguelin (ps, VD), transmise comme postulat par le Conseil national, a demandé au gouvernement de mettre des crédits à disposition des CFF pour leur permettre de moderniser leurs installations de sécurité. Le Conseil des Etats a, quant à lui, accepté le postulat Delalay (pdc, VS). Motivé par le grave accident survenu en gare de Saxon (VS), il demande à la régie fédérale de présenter un rapport sur les investissements réalisés en matière de sécurité durant les dix dernières années et ceux prévus à moyen et long terme [74].

Les Chambres ont adopté la loi sur les raccordements ferroviaires. La version du Conseil des Etats fut presque entièrement adoptée par le Conseil national en première lecture. Il ne subsistait qu'une divergence, relative à la répartition des frais. En seconde lecture, la petite chambre resta sur sa position en maintenant la disposition stipulant que les chemins de fer ne doivent prendre part aux frais de raccordement que pour autant qu'il en résulte, pour eux, des avantages. La grande chambre se rallia en fin de compte à la décision du Conseil des Etats et adopta la loi à l'unanimité [75].

En 1989, le Conseil des Etats avait transmis une motion de sa commission des transports et du trafic concernant des mesures en faveur des entreprises de transports concessionnaires (ETC). Cette chambre, considérant que le rejet, en 1988, de la politique coordonnée des transports et l'acceptation de Rail 2000 en 1987 avaient modifié les conditions de révision de la loi sur les chemins de fer (LCF) et rendait difficile la réalisation des buts fixés en matière d'indemnités versées aux ETC, demandait que certains points soient inclus dans le nouveau message à élaborer sur le sujet. Ceux consistant en un examen des bases constitutionnelles pour une participation des cantons à ces indemnités, un réaménagement des contributions fédérales pour les transports publics d'agglomération et de montagne ainsi qu'une étude des retombées de Rail 2000 sur les ETC furent transmis par le Conseil national [76].

La même chambre accepta également le postulat Eggenberger (ps, BE) souhaitant que, toujours dans le cadre de la révision de la LCF, le gouvernement inclue dans son projet un article ordonnant une égalité de traitement entre les services d'autos postales des PTT et les ETC en matière d'indemnisation pour les prestations effectuées en faveur de l'économie générale [77].

L'initiative de l'AdI "pour l'encouragement des transports publics" ("initiative CFF") n'a pas rencontré plus de succès au Conseil national qu'au Conseil des Etats, qui l'avait largement repoussée en 1989. La seconde partie de ce texte, qui préconisait d'utiliser un tiers des produits des droits d'entrée sur les carburants (c'est à dire une somme de 600 ou 700 millions de francs par an) pour soutenir les transports publics au détriment du trafic routier, fut particulièrement attaquée. La grande chambre rejeta donc l'initiative, de même que toute idée de lui opposer un contre-projet [78].

L'initiative "transports gratuits pour les jeunes avec les CFF et les PTT", lancée en 1989 par le journal "Yeah", n'a pas abouti. N'ayant pas reçu de soutien de la part des organisations de jeunesse, la récolte des signatures n'a pas porté ses fruits; les initiants ont donc décidé de l'interrompre [79].

Les comptes des CFF pour l'année 1990 révèlent que les objectifs du budget 1990 ont été atteints puisque l'équilibre des comptes est réalisé. Le total des produits de 5,367 milliards de francs et le total des charges de 5,364 milliards font apparaître un léger excédent de 2,7 millions de francs. L'importante augmentation des charges est due au renchérissement, à la hausse des taux d'intérêts, mais surtout à celle des frais de personnel qui atteignent 3005,7 millions (+8,2%). La participation de la Confédération s'est, elle aussi, accrue en se portant à 1702 millions de francs (+238 millions par rapport à 1989). Les contributions d'infrastructure de la régie sont, elles, en baisse: 37 millions au lieu de 102 en 1989. En 1990, les CFF ont réalisé de bons résultats dans le secteur des voyageurs en transportant 266 millions de personnes (+2,4% par rapport à 1989), ce qui représente un revenu de 1,422 milliards de francs (+3,8%), et dans le secteur des marchandises, en transportant 52 millions de tonnes (+2,1%), ce qui a rapporté 1,286 milliards de francs (+3,5%). Ce dernier résultat est notamment dû à une progression du ferroutage de 17,8%. Les investissements bruts de la régie ont également fortement crû pour se porter à 1774,8 millions de francs [80].

Le budget 1991 des CFF, comme celui de 1990, réalise l'équilibre des comptes, charges et produits atteignant chacun 5719,7 millions de francs. Un excédent de produit de 20 millions est prévu, qui doit être reporté aux contributions pour l'infrastructure, portant la part des CFF dans ce domaine à 45 millions. Cependant, la situation n'est guère satisfaisante; l'alourdissement des charges est important et provient toujours, en grande partie, des frais de personnel. Le taux global de couverture des charges, de 80,4%, est en baisse de 0,4% par rapport au buget précédent. Il en résulte une nouvelle augmentation des frais de la Confédération, qui atteindront 1799 millions dont 1110 millions pour les dépenses d'infrastructure non-couvertes par les CFF. Préoccupé par cette situation, le postulat Schmidhalter (pdc, VS), transmis par le Conseil national, a demandé aux CFF d'élaborer un programme de rationa: lisation et de revoir la structure de leur direction afin d'enrayer la détérioration de leur rendement [81]. Par ailleurs, les Chambres ont pris acte du plan à moyen terme 1992-1996 des CFF qui met en évidence une forte augmentation des coûts d'infrastructure ne pouvant que grever toujours plus les finances fédérales [82].

Afin de remédier à cette situation difficile sur le plan financier, les CFF ont pris diverses mesures et, en premier lieu, ont décidé d'une nouvelle augmentation de leurs tarifs qui interviendra le ler mai 1991. Celle-ci devrait apporter un gain de 119,1 millions de francs à la régie et s'attache surtout à compenser le renchérissement. Dans un premier temps, cette hausse avait été envisagée à 10,6% en moyenne. Mais l'intention du gouvernement de réduire ses subventions, notamment en ce qui concerne l'abonnement demi-tarif, a poussé les CFF à fixer cette augmentation à 12,2% [83]. Les motions Bührer (ps, SH) et Eggenberg (ps, BE), transmises comme postulats, ont demandé au Conseil fédéral de proposer au parlement un crédit permettant de maintenir le principe de la réduction accordée aux abonnements précités [84]. Par ailleurs, la grande chambre a accepté le postulat Bürgi (pdc, SZ) envisageant la prise en charge par la Confédération du supplément dont doivent s'acquitter les groupes de handicapés voyageant dans des voitures spécialement équipées [85].

La situation de blocage, due à de nombreuses plaintes, que connaissait le projet du Rhätischen Bahn de la ligne de la Vereina (GR), s'est dénouée en 1990. Ce tronçon était notamment contesté en raison du transport prévu d'automobiles, susceptible d'accroître significativement la circulation routière de la région. En début d'année, le DFTCE levait les diverses oppositions. Quelques mois plus tard, le TF faisait de même avec les recours déposés par plusieurs organisations de protection de l'environnement [86].