Dans son programme de législature, le Conseil fédéral s'est fixé comme but de poursuivre la réalisation du thème central de son action depuis quelques années: freiner la croissance du trafic, notamment en transférant le trafic routier vers d'autres moyens de transports, comme le rail par exemple, ce qui suppose le développement de l'infrastructure ferroviaire. A ce sujet, le gouvernement a relevé la nécessité d'inscrire la réflexion suisse dans un cadre européen. De fait, il a estimé fondamental de ratifier le traité sur le transit, d'édicter la législation relative à l'arrêté sur le transit alpin (NLFA) et d'améliorer l'accès au réseau TGV. En outre, il entend continuer la réalisation du projet Rail 2000 et s'attaquer aux problèmes structurels des CFF. Par ailleurs, il a déclaré vouloir améliorer la sécurité routière et poursuivre, dans la mesure des moyens à sa disposition, l'achèvement du réseau des routes nationales. Les considérations environnementales n'ont pas été absentes du programme et le Conseil fédéral a dit vouloir, à ce sujet, mettre en ceuvre certaines taxes, notamment sur les poids lourds, et promouvoir les transports publics [1].

L'accord EEE comportait un chapitre consacré aux transports, distinct du traité sur le transit (voir ci-dessous), qui visait essentiellement à.garantir la libéralisation des prestations des transports et le libre accès au marché pour tous. Ceci aurait dû s'appliquer aux transports routiers et ferroviaires et à la navigation intérieure. Le principe de base était que, dans ces domaines, les pays de la CE et de l’AELE ne défavorisent pas les transporteurs des autres Etats membres par rapport aux leurs. Toute mesure discriminatoire aurait donc été interdite. Ainsi, seules les aides de l'Etat visant à coordonner le trafic, à indemniser des prestations de service public ou à aider au développement de régions défavorisées, ainsi que toute disposition n'ayant pas pour conséquence de désavantager les transporteurs de l'EEE auraient été admises [2].

Ces diverses mesures ne purent entrer en vigueur car, bien que le parlement ait adopté les réformes légales nécessaires, le refus en votation populaire le 6 décembre du traité EEE les a rendues caduques [3].

Le Conseil fédéral a présenté au Chambres son message relatif à l'accord sur le transit conclu entre la CE et la Suisse en 1991. Consécutif à trois années de négociations, ce texte permet à la Suisse de maintenir le cap de sa politique de promotion du trafic combiné rail-route, tout en faisant face à l'accroissement des transports dans une Europe en voie d'intégration poussée. D'une durée de douze ans, l'accord prévoit le développement en Suisse de la capacité de ferroutage par l'amélioration des lignes existantes, ainsi que par la construction des nouvelles transversales alpines. Pour les pays de la CE, les travaux à entreprendre consistent essentiellement en l'aménagement ou la construction de terminaux. En outre, tandis que les camions de 40 tonnes pourront circuler librement en Europe, la Suisse a pu faire en sorte de maintenir sa limite de 28 tonnes sur son territoire, et l'interdiction de rouler la nuit et le dimanche. Des exceptions, au nombre de 100 par jour, seront admises si les capacités de ferroutage sont épuisées et si les marchandises transportées sont des denrées périssables ou urgentes [4].

Le corollaire à ce traité, et qui figure dans le même message, est l'accord trilatéral entre la République fédérale d'Allemagne, la Suisse et l'Italie sur le trafic combiné rail-route. Ce texte vise à développer les infrastructures de ces pays dans le cadre de la solution transitoire (développement de la capacité des lignes du Lötschberg et du Gothard) dans l'attente des nouvelles transversales alpines. Pour qu'un flot ininterrompu de trafic ferroviaire soit assuré aux frontières suisses, l'accord prévoit la construction de diverses installations au nord et au sud de ces lignes, tels de nouveaux terminaux ainsi que des extensions de réseaux [5].

Dans le même élan, le Conseil fédéral a encore présenté son message relatif à l'accord européen sur les grandes lignes de transport international combiné et les installations connexes (AGTC), qui s'inscrit dans la même logique que le traité sur le transit. Adopté en 1991 par la Commission économique pour l'Europe des Nations Unies, et signé par la Suisse la même année, ce texte va dans le sens de la politique helvétique des transports; il entend favoriser un transfert plus important du transport de marchandises de la route au rail dans toute l'Europe. Pour cela, il prévoit une amélioration de la qualité des infrastructures et des conditions d'exploitation du trafic combiné en engageant les parties contractantes à se conformer aux données techniques figurant dans l'accord. De plus, il stipule de faciliter les passages aux frontières afin d'augmenter la rapidité de ce mode de transport et, donc, son attractivité [6].

Ces textes ont été adoptés à l'unanimité par le parlement, malgré l'abstention des écologistes [7].

Ces derniers, ainsi que les organisations de protection de l'environnement, ont d'ailleurs fortement critiqué le traité sur le transit. Selon eux, il ne garantit aucune politique environnementale en matière de transit à long terme. Au contraire, ses dispositions seraient plutôt de nature à favoriser, ou en tout cas à ne pas empêcher, un accroissement du trafic motorisé. En outre, de par sa durée limitée, il pourrait voir la Suisse aux prises avec la construction des nouvelles transversales sans bénéficier de la solidarité de la CE [8].

Le Conseil national a rejeté deux postulats émanant de la minorité de sa commission, considérant que l'essentiel de leurs exigences étaient remplies par le projet de transversales alpines et les traités sur le transit. Ces textes demandaient notamment un transfert accru du trafic de transit de la route au rail, l'imposition rapide des transports routiers ainsi que la présentation de rapports sur l'évolution des trafics routier et ferroviaire et le transfert de l'un à l'autre, le produit et le degré de couverture des coûts pour le trafic de marchandises et les impacts sur l'environnement provoqués par les couloirs de transit [9].

La même Chambre a encore rejeté une motion Béguelin (ps, VD) qui demandait au gouvernement de proposer une loi sur le trafic de transit qui aurait eu pour but de régler de manière globale le transit par rail et par route à travers la Suisse. Ce texte aurait notamment dû prévoir la protection de l'espace alpin en adaptant le volume des transports en conséquence et en transférant l'ensemble du transit de la route au rail. La chambre a suivi l'avis du Conseil fédéral qui a déclaré qu'une telle loi nécessiterait une base constitutionnelle et qu'elle restreignait trop la marge de manoeuvre des autorités [10]. La grande chambre a par contre accepté comme postulat la motion Cavadini (prd, TI) demandant que la Suisse multiplie les contacts avec les autorités italiennes afin que les liaisons avec les transversales alpines soient assurées, et que l'Italie soit à même de supporter un volume suffisant de trafic sur ses lignes [11].

Pour sa part, le Conseil des Etats a transmis le postulat Cavelty (pdc, GR) qui demande d'étudier et de promouvoir de nouveaux systèmes (le trafic combiné rail/route tout en assurant une harmonisation technique au niveau européen [12]. Il a fait de même avec les postulats Bloetzer (pdc, VS) et Plattner (ps, BS). Le premier envisage une réduction des tarifs en vigueur en matière de ferroutage, quitte à ce que les frais ainsi engendrés soient financés par le biais de la vignette autoroutière. Le second entend appliquer une politique similaire en ce qui concerne le trafic combiné navigation rhénane et train [13].

Le Conseil des Etats a transmis un postulat de sa commission invitant le gouvernement à élaborer un rapport sur les charges que font peser les transports publics sur les finances fédérales. Il s'agirait en particulier d'examiner comment il est possible de réaliser des économies en matière de trafic ferroviaire et comment s'effectuera le financement des transversales alpines [14].

Le gouvernement a présenté son message sur l'initiative populaire «pour la protection des régions alpines contre le trafic de transit», déposée en 1990. Ce texte entend protéger les régions de montagne des nuisances dues au trafic de transit et prescrit, pour cela, le transfert complet du trafic de transit de la route au rail. Selon le gouvernement, cette initiative, lancée en 1989, est devenue caduque car, entre temps, toute une série de mesures ont été prises (réduction des émissions de substances polluantes et de bruit, protection de la nature et du paysage, étude d'impact, promotion des transports publics, accroissement de la capacité du Gothard et du Lötschberg, nouvelles transversales alpines, Rail 2000 et Cargo 2000, restrictions de la loi sur la circulation routière à l'encontre des poids lourds, Convention sur la protection des Alpes, traité sur le transit, etc.). De plus, elle irait à l'encontre de certains engagements internationaux pris par la Suisse. En particulier, elle violerait le principe de non-discrimination à l'égard des étrangers et pourrait provoquer des mesures de rétorsion de la part des autres pays. Enfin, elle contredirait le principe du libre choix du moyen de transport. En conséquence, le Conseil fédéral a recommandé le rejet sans contre-projet de ce texte, position sur laquelle le Conseil national s'est entièrement aligné, malgré l'opposition des verts et du PS [15].

La grande chambre a encore décidé de ne pas donner suite à une initiative du canton d'Uri; celle-ci ayant un contenu quasiment identique à l'initiative populaire précitée, les mêmes arguments ont prévalu à son encontre [16].

Le Conseil des Etats a transmis une motion de sa commission reprenant les termes d'une initiative du canton du Valais qui désire favoriser la coordination et l'accélération des procédures d'autorisation de projets. A ces fins, ce texte prévoit une modification de la législation fédérale permettant l'élimination des doubles voies procédurales, l'introduction de délais de traitement des dossiers et la restriction des possibilités de recours abusifs [17].