L'accord EEE couvrait également le trafic aérien. La substance du traité prévoyait la libéralisation complète de ce type de transport, ce qui aurait impliqué une liberté absolue pour quiconque d'établir son entreprise aérienne où que ce soit. Par extension, les règles générales de l'EEE se seraient appliquées intégralement à ce domaine (les quatre libertés, les aides étatiques et la concurrence). En outre, le traité entendait réprimer les abus de position dominante. Cette réglementation aurait permis à la Suisse de pouvoir librement accéder au marché européen sans subir de discriminations, ce qui aurait dû compenser largement certains désavantages impliqués par cette situation (tarifs, TVA). Une telle position était ardemment recherchée par les autorités helvétiques depuis quelques années. Ces dernières entendaient même parvenir à un accord allant dans ce sens avec la CE, mais celle-ci n'avait entrepris des négociations en 1990 qu'avec la Norvège et la Suède [101].

Pourtant, les mesures contenues dans l'accord EEE ne purent entrer en vigueur car, bien que le parlement ait adopté les réformes légales nécessaires, le refus en votation populaire le 6 décembre du traité EEE les a rendues caduques [102].

Le refus du souverain a créé des difficultés pour Swissair qui s'est trouvée exclue de la libéralisation du ciel européen et victime de certaines discriminations. Seules les suites du traité sur le transit, dont la mise en vigueur est la condition pour qu'un accord soit recherché entre la Suisse et la CE dans le domaine du trafic aérien, pourraient permettre à Swissair de bénéficier de conditions de concurrence comparables aux autres compagnies européennes. Après la votation, le Conseil fédéral a d'ailleurs décidé d'entamer des négociations bilatérales avec la CE pour y parvenir [103].

Il était prévu, il y a une dizaine d'années, de procéder à une révision totale de la loi sur la navigation aérienne, dont le but principal aurait été de regrouper dans un seul texte toutes les dispositions ayant rang de loi en ce domaine. Suite à de nombreux travaux de commissions et diverses consultations, il fut finalement décidé de ne procéder qu'à une modification partielle, en attendant les futures changements possibles dans l'organisation du marché aérien européen et les normes qui en découleraient. De fait, cette révision revêt un caractère essentiellement technique, et de nombreuses modifications consistent en des compléments ou des précisions. Citons cependant le fait que le projet du Conseil fédéral lui permet de conclure avec des Etats étrangers des accords sur le trafic aérien international, peut rendre directement applicable certaines dispositions de la Convention relative à l'aviation civile internationale, prescrit un échelonnement des tarifs des aérodromes en fonction des émissions de bruit et de substances nocives des aéronefs et crée une base juridique claire pour Swisscontrol ainsi que pour l'instauration d'un système complémentaire d'indemnisation en matière de responsabilité civile [104].

L'ATE et l'Association suisse contre les émissions dues à l'aviation ont menacé de lancer un référendum contre cette loi. Ils contestaient en effet les dispositions prévoyant la possibilité pour la Confédération d'octroyer des prêts à des conditions avantageuses pour les aéroports et aérodromes du pays. Ils ont considéré cela comme une forme de subventionnement du transport aérien, jugée inacceptable pour des raisons écologiques [105].

Les verts et les socialistes ont repris cet argumentaire lors du débat au Conseil national. Ils ont également tenté, en vain, de proposer que les communes et les riverains des aéroports jouissent d'un plus grand droit de regard sur toute nouvelle installation. Les députés ont finalement décidé d'approuver le projet du gouvernement [106].

Le Conseil fédéral a présenté son message concernant divers accords sur le trafic aérien de ligne et la modification de quatre accords sur le trafic aérien de ligne. Ces accords bilatéraux, qui s'insèrent dans le cadre juridique de l'OACI (Organisation de l'aviation civile internationale), visent à fixer les conditions auxquelles sont soumis l'exploitation des lignes aériennes, la capacité de transport des avions desservant ces lignes et les tarifs applicables sur celles-ci. Le parlement a adopté ces textes à l'unanimité [107].

Sur la collision évitée de justesse au-dessus de Delémont entre un appareil civil et une avion militaire ainsi que les mesures prises par le DMF, cf. supra, part. I, 3 (Instruction).