Le Conseil fédéral a proposé aux Chambres un projet de renouvellement de la Convention avec l'Italie concernant la navigation sur le lac Majeur et le lac de Lugano. Le but de cette démarche était l'adaptation de la réglementation en vigueur aux conditions actuelles, notamment en vue de favoriser une harmonisation des prescriptions sur la navigation dans les eaux frontières. Le parlement a adopté facilement ce texte [82].

En adoptant une ordonnance restreignant la protection du tracé des voies navigables aux tronçons du Rhin, de Bâle jusqu'à l'Aar, et du Rhône, du Léman à la frontière française, le Conseil fédéral a ainsi entériné la décision prise en 1987 de ne pas réaliser de canal navigable Rhin-Rhône [83].

Le Conseil fédéral, dans le cadre du programme d'assainissement 1993 des finances fédérales, a proposé de ne pas renouveler, pour des raisons d'économie, le soutien financier accordé par la Confédération aux marins suisses travaillant sur des navires arborant le pavillon helvétique. Le Conseil national a accepté ce projet. Cette décision pourrait conduire à une nette diminution des effectifs, le niveau international des salaires en la matière étant très bas. Des solutions de remplacement sont cependant recherchées par l'administration fédérale [84].

Le Conseil national a transmis le postulat Tschopp (prd, GE) souhaitant que le gouvernement soutiennent les efforts menés en vue d'augmenter la sécurité du transport de produits pétroliers et toxiques. Le député a notamment proposé de favoriser la formation des équipages et de promouvoir un langage international unique de communication maritime [85].

Après une période d'essai sur le lac de Constance, des prescriptions sur les gaz d'échappement des bateaux à moteur ont été étendues à l'ensemble des plans d'eau helvétiques. Toute nouvelle embarcation doit ainsi être munie d'un certificat attestant le respect des normes d'émission. L'objectif de cette mesure est notamment de parvenir à une diminution des rejets dans l'atmosphère d'oxydes d'azote [86].