Suite à un référendum lancé en 1993 par l'ATE et soutenu par les socialistes, les Verts et les associations de riverains d'aérodromes, le peuple s'est prononcé sur la révision de la loi sur la navigation aérienne. Un peu moins des deux tiers des votants ont adopté le texte contesté. Tous les cantons ont voté oui. Les plus fortes majorités proviennent notamment de la Suisse romande avec, en tête, le canton de Genève, soucieux de la modernisation de l'aéroport de Cointrin [115].

Les opposants à la révision de la loi ont surtout attaqué deux dispositions du texte. La première est celle prévoyant la perte de compétences des communes et des cantons dans la procédure d'autorisation de construire pour les aéroports. Les référendaires ont perçu dans cette concentration du pouvoir décisionnel entre les mains de la Confédération une réduction des droits démocratiques et un risque de non prise en compte des intérêts locaux, notamment en ce qui concerne la protection de la nature. La seconde est la possibilité d'octroyer des prêts à taux préférentiels pour les infrastructures aéroportuaires. Cette mesure a été vue comme le subventionnement d'un mode de transport peu respectueux de l'environnement et réservé à une élite, ce qui serait particulièrement choquant au moment même ou la Confédération et les CFF, pour des raisons d'économie, réduisent les prestations du trafic ferroviaire régional [116].

Les partisans de la loi, essentiellement les partis bourgeois et les organisations économiques, ont mis en évidence les avantages de sa nouvelle mouture. Datant de 1948, sa révision serait indispensable pour satisfaire aux nouveaux besoins du trafic aérien. Aider ce moyen de transport devrait notamment permettre à la Suisse de renforcer son développement économique. Il serait ainsi normal que, comme elle le fait pour le rail et la route, la Confédération puisse contribuer financièrement à la modernisation d'installations aéronautiques d'intérêt public. Répondant aux arguments du comité référendaire, les partisans de la loi ont assuré que cette dernière pouvait garantir un meilleur respect de l'environnement en introduisant un certain nombre de prescriptions à cet effet, comme des taxes d'atterrissage fondées sur les émissions des aéronefs. Ils ont en outre assuré que les droits démocratiques étaient plus que respectés, puisque les décisions de l'administration pouvaient être attaquées en dernier recours devant le Tribunal fédéral et que les cantons, communes et organisations intéressées pouvaient être entendues dans le cadre de la procédure d'autorisation [117].

L'analyse VOX de cette votation a montré que cet objet avait été totalement éclipsé par l'importance des autres projets mis en votation le même jour, notamment l'initiative des Alpes. Ainsi, une bonne partie des personnes interrogées ignorait la teneur de la révision. Comme dans toute votation ayant trait aux transports et à l'environnement, le clivage gauche-droite a été très net, les sympathisants des partis bourgeois ayant été plus prompts à accepter le texte que les personnes proches de la gauche ou des écologistes. Les motivations de vote des partisans de la loi ont été essentiellement économiques, tandis que les opposants se sont référés principalement à des valeurs écologiques [118].

L'acceptation de l'initiative des Alpes a eu d'importantes conséquences dans le domaine du trafic aérien. L'UE a en effet décidé de reporter toute négociation bilatérale, en particulier en ce qui concerne les transports routier et aérien. Cela a signifié, pour Swissair, une prolongation de la période durant laquelle elle ne saurait profiter de la libéralisation du ciel européen [119]. Face à l'isolement européen de la Suisse et suite à l'échec du projet Alcazar en 1993, Swissair a entrepris une politique de collaboration avec d'autres compagnies étrangères que Austrian Airlines (A), notamment la Sabena (B), tout en renforçant sa position au sein de Crossair [120].

Par ailleurs, le Conseil national a rejeté un postulat Moser (pdl, AG) demandant au Conseil fédéral d'examiner si les actions de Swissair détenues par la Confédération et les cantons devaient être vendues sur le marché libre [121].