Dans le cadre des mesures d'assainissement des finances fédérales, les Chambres ont adopté le projet du gouvernement de supprimer les subventions fédérales pour la construction de stations d'épuration, tout en maintenant l'obligation de réaliser les installations encore manquantes. A l'appui de cette décision fut notamment invoquée l'application du principe du pollueur-payeur. Au Conseil des Etats, cela provoqua les protestations de M. Flückiger (prd, JU) qui déclara que cela défavorisait les régions périphériques non encore équipées. A ce sujet, La petite chambre a transmis une motion de sa commission des finances prévoyant que les zones rurales peu peuplées ne soient pas tenues de se raccorder à une station d'épuration, eu égard aux frais disproportionnés que cela pourrait entraîner pour elles. Le Conseil national a également transmis ce texte ainsi qu'une motion Schnider (pdc, LU) de même teneur. Le Conseil fédéral a cependant considéré que ces textes pouvaient être considérés sans objet, assurant que la loi prévoyait déjà des exceptions pour les zones périphériques et qu'il était du ressort des cantons d'interpréter cette disposition de façon satisfaisante pour ces régions [37].

Une étude de l'OFEFP a démontré que la Suisse pourra assurer son approvisionnement en eau potable au-delà de l'an 2000. Elle a néanmoins relevé que les nappes phréatiques étaient de plus en plus polluées. Les principaux responsables en seraient l'agriculture, les transports ainsi que les eaux usées ménagères et industrielles. L'OFEFP a ainsi recommandé d'achever rapidement la construction du réseau des stations d'épuration mais également d'améliorer la qualité de ces installations [38].

La onzième Conférence pour la protection du Rhin, qui regroupe tous les pays riverains, s'est tenue à Berne au mois de décembre. Faisant un bilan intermédiaire du programme d'action Rhin 2000, elle a pu se réjouir des bons résultats obtenus dans le cadre de l'assainissement du fleuve. Les mesures de dépollution mises en place depuis des années ont ainsi connu des succès qui ont dépassé les espérances de leurs initiateurs, même si des problèmes importants subsistent, par exemple dans le domaine des métaux lourds. Par ailleurs, la troisième phase du programme a été enclenchée; elle consiste en un concept écologique global qui, aux côtés des politiques classiques de protection des eaux et de la nature, doit intégrer comme facteurs centraux d'influence de l'écosystème fluvial la consommation d'énergie, la navigation et l'agriculture [39].

Répondant favorablement au message du Conseil fédéral, le parlement a ratifié la Convention sur la protection et l'utilisation des cours d'eau transfrontières et des lacs internationaux. Ce texte, élaboré dans le cadre de la Commission économique des Nations Unies pour l'Europe, contient essentiellement des dispositions-cadre invitant les parties contractantes à collaborer en vue d'éviter la pollution des eaux souterraines et superficielles transfrontières.

Après le Conseil national en 1993, ce fut au tour du Conseil des Etats d'adopter la Convention pour la protection du milieu marin de l'Atlantique du Nord-Est. Ce texte engage les Etats à prévenir et éliminer la pollution marine, notamment par le biais de l'application du principe du pollueur-payeur. En outre, il interdit toute opération d'immersion ou d'incinération de déchets en mer [41].