Devant un parterre de représentants de la Société suisse des officiers, le conseiller fédéral A. Ogi a annoncé que de nouvelles réformes seraient nécessaires d'ici 2005. Parmi celles-ci, le chef du DMF a mentionné qu'une nouvelle baisse du nombre des effectifs était inévitable. Selon A. Ogi, l'évolution démographique imposera une telle mesure si l'on entend éviter un accroissement très conséquent du nombre de jours de service. Le chef du DMF a également annoncé que la professionnalisation des officiers et des sous-officiers serait accrue de manière notoire, le nombre de cadres professionnels pouvant passer de 3000 à 10 000. Il a néanmoins tenu à souligner que cette professionnalisation ne signifiait nullement un premier pas vers l'abandon de l'armée de milice [17].

Le Conseil fédéral a mis en consultation auprès des autorités cantonales trois ordonnances d'exécution de la loi sur l'armée et l'administration militaire (LAAM) entrée en vigueur en 1995. Conformément aux termes de la LAAM, le projet du gouvernement prévoit que des troupes pourraient être engagées, sur demande des autorités cantonales, pour apporter leur soutien aux forces civiles de police dans des opérations de maintien de la sécurité intérieure. Le recours à la troupe pourrait avoir lieu pour maintenir l'ordre en cas de manifestations, pour assurer la protection de biens contre les risques de pillage lors de catastrophes naturelles, ainsi qu'afin d'assurer un service de police des frontières en cas de vague d'immigration illégale. Parallèlement à ces ordonnances, le gouvernement a prévu l'achat de menottes et de matraques pour mener à bien ces opérations. L'exécutif a tenu cependant à souligner que l'engagement de la troupe n'aurait lieu qu'en ultime recours et que seuls des militaires spécifiquement formés seraient envoyés pour de telles opérations afin d'éviter tout dérapage non contrôlé.

Le Conseil fédéral a mis en consultation un projet concernant la privatisation partielle des entreprises du DMF. Ces dernières souffrant d'un manque de souplesse propre à leur statut d'entreprises étatiques, le projet prévoit notamment de les transformer en société anonyme. La Confédération conserverait la majorité des actions uniquement dans les sociétés travaillant dans des secteurs vitaux pour la sécurité du pays. La transformation du statut juridique des fabriques d'armement du DMF devrait leur permettre de réagir plus rapidement face aux fluctuations du marché. Le projet prévoit également que les entreprises puissent élargir la part de leur production destinée à un usage civil.

L'auditeur de l'armée ayant fait recours contre les jugements prononcés en 1995 à l'encontre du commandant de compagnie et du chef de section impliqués dans le décès d'une recrue, le procès en appel a eu lieu en début d'année à Lausanne. Si le lieutenant voyait son acquittement confirmé, il n'en est pas allé de même pour le capitaine qui a vu sa peine aggravée; au lieu des 20 jours d'emprisonnement avec sursis auxquels le tribunal de première instance l'avait condamné, le commandant de compagnie a écopé de deux mois d'emprisonnement avec sursis. Les juges ont en effet estimé que ce dernier aurait dû décider plus tôt d'interrompre le calvaire de la recrue devant les signes évidents d'épuisement de celle-ci, décision qui lui aurait assurément sauvé la vie.

Le Conseil national a décidé de ne pas donner suite à une initiative parlementaire Jeanprêtre (ps, VD) déposée en 1995 suite aux événements susmentionnés et demandant l'abolition de la justice militaire. La majorité des députés a en effet estimé que seuls des juges en gris-vert étaient à même de juger à bon escient les délits commis dans le cadre de l'armée, ceux-ci étant, depuis l'introduction du service civil, à plus de 90% de nature strictement militaire. Face à l'accusation souvent entendue de justice corporative peu encline à l'impartialité, la majorité bourgeoise de la grande chambre a également souligné le caractère à ses yeux particulièrement démocratique de la composition des cours militaires, ces dernières comprenant des officiers, des sous-officiers et des soldats [21].

Désigné tant par l'enquête administrative de R. Bacher que par celle parlementaire comme principal responsable des graves défaillances constatées dans l'affaire Nyffenegger (voir supra), le chef de l'état-major général, A. Liener, a annoncé sa démission pour le 31 décembre 1997. Le chef de l'armée a souligné qu'il tenait ainsi à assumer la responsabilité pour les fautes qui lui étaient reprochées. Au sujet de la date relativement éloignée fixée pour son départ, le chef de l'état-major général a par ailleurs affirmé qu'il avait décidé d'occuper son poste encore une année afin de garantir la continuité des mesures de sécurité prises dans le but de limiter les dommages causés lors de la réalisation du CD-Rom. A. Liener a également mentionné que le chef des Forces terrestres était sur le point de prendre sa retraite et qu'un départ conjoint de deux des trois plus hauts gradés de l'armée aurait risqué de compromettre les différentes réformes en cours [22].

Le Conseil fédéral a nommé l'actuel chancelier du canton d'Argovie, J. F. Gut, pour succéder à H.-U. Ernst au poste de secrétaire général du DMF. Pour parer au départ à la retraite fin 1996 du commandant de corps J.-R. Christen, il a également promu le brigadier fribourgeois Jacques Dousse à la tête des Forces terrestres. Le nouveau chef de l'armée de terre est le premier officier à passer directement du grade de brigadier à cette fonction sans passer par le rang de divisionnaire. A 48 ans, il est également le plus jeune chef de l'instruction jamais nommé [23].

Suite à différentes promotions d'officiers sous le coup d'une enquête pénale ainsi que suite aux recommandations faites par R. Bacher lors de l'enquête administrative sur l'affaire Nyffenegger (voir supra), le Conseil fédéral a revu les règles d'avancement et de mutation dans l'armée. La nouvelle ordonnance précise désormais explicitement qu'il n'y a pas stricto sensu de droit à l'avancement, plusieurs conditions devant être remplies pour qu'une promotion puisse intervenir. Le candidat à un commandement ou à une fonction doit en particulier disposer des compétences nécessaires et jouir d'une bonne réputation. Toute promotion d'un officier sous le coup d'une enquête pénale est par ailleurs exclue [24].

Par le biais d'une interpellation, le conseiller national socialiste vaudois Chiffelle a soulevé la question des retraites privilégiées de certains hauts gradés de l'armée. Relevant que les commandants de corps et les divisionnaires partaient à la retraite à 62, voir à 60 ans, avec une rente oscillant jusqu'à l'âge de 65 ans entre 80 et 90% de leur dernier salaire (au lieu des 60% valables pour le reste du personnel fédéral), le député vaudois s'est ému de ce privilège à ses yeux d'autant plus injustifié que de nouveaux sacrifices étaient sans cesse demandés à une grande partie de la population. Répondant au représentant socialiste, le Conseil fédéral a reconnu le caractère problématique de ces rentes, assurant que le DFF réexaminera leur opportunité.

Le Conseil national a rejeté une motion Hollenstein (pe, SG) demandant au gouvernement d'édicter des prescriptions qui soumettent, en temps de paix, les avions militaires aux mêmes règles en matière de vitesse et d'altitude que celles en vigueur pour l'aviation civile. Suivant l'argumentation de l'exécutif, la majorité des députés a estimé que la plus grande liberté accordée à l'aviation militaire était indispensable si l'on entendait garantir une formation crédible des pilotes militaires [26].

Le commandant de corps des troupes d'aviation, F. Carrel, a annoncé que des femmes pourront à l'avenir piloter des avions à réaction. Leur activité se limitera néanmoins à celle de monitrice de vol, la Constitution fédérale excluant que les femmes soient engagées dans des missions de combat [27].