Als Erstrat beschäftigte sich der Ständerat mit der Schaffung eines eidgenössischen Patentgerichtes. Die Notwendigkeit dieses neuen Gerichtes war unbestritten und die Anträge des Bundesrates wurden fast ausnahmslos übernommen. In Abweichung vom Bundesrat beschloss die kleine Kammer jedoch, dass auch die nebenamtlichen Richterinnen und Richter von der Vereinigten Bundesversammlung – und nicht von der Gerichtskommission des Parlaments – gewählt werden sollen. Eine knappe Mehrheit im Nationalrat war damit nicht einverstanden, da es sich hier um ein Fachgericht handle, bei dem es Sinn mache, zumindest die nebenamtlichen Richter nicht in einem politischen Prozess zu wählen, sondern durch ein Fachgremium zu bestimmen [26].

Der Ständerat und nach ihm auch der Nationalrat stimmten dem Antrag des Bundesrates oppositionslos zu, den Titel eines Patentanwalts rechtlich zu schützen. Da der Nationalrat aber bei der geforderten Ausbildungsdauer eine Anpassung an das eben revidierte EU-Recht vornahm, blieb Ende Jahr auch hier noch eine Differenz bestehen [27].

Die SVP hatte ihren Ärger über die im Herbst 2007 veröffentlichten Berichte der GPK und einer von dieser gebildeten Subkommission über die Umstände der Demission von Bundesanwalt Valentin Roschacher noch nicht überwunden. Die in diesen Texten und in mündlichen Äusserungen enthaltenen Verdächtigungen und Anschuldigungen gegenüber dem damaligen Vorsteher des EJPD, Bundesrat Blocher, und überhaupt das Vorgehen dieser Kommissionen, stellten nach den Worten des SVP-Fraktionschefs Baader (BL) einen „der grössten Skandale der Geschichte des Schweizer Parlamentes“ dar. Dieses Vorgehen müsse deshalb von einer Parlamentarischen Untersuchungskommission (PUK) restlos aufgeklärt werden. Das Parlament lehnte die Einsetzung einer PUK mit 109 zu 51 Stimmen ab. Alt-Bundesrat Blocher reichte im September auch noch eine Strafklage gegen die beteiligten Angestellten der Bundesanwaltschaft und einzelne GPK-Mitglieder ein [28].

Im September legte der Bundesrat dem Parlament seine Botschaft über die Anpassung der Bestimmungen über die Strafbehörden des Bundes an die neue schweizerische Strafprozessordnung vor. Die wichtigste Neuerung besteht darin, dass gemäss den Vorgaben der neuen Ordnung das eidgenössische Untersuchungsrichteramt aufgehoben wird und das Vorverfahren vollständig in den Händen der Bundesanwaltschaft liegt. Politisch am brisantesten war der Vorschlag des Bundesrates über die Reorganisation der Aufsicht über die Bundesanwaltschaft. Trotz der im Vorjahr von den Parteien in der Vernehmlassung vorgebrachten Einwände hielt er daran fest, dass der Bundesanwalt allein der Exekutive unterstellt sein soll. Diese soll nicht nur die Tätigkeit der Bundesanwaltschaft überwachen, sondern dieser auch allgemeine Weisungen über die Aufgabenerfüllung erteilen dürfen. Um die Unabhängigkeit der Strafverfolgungsbehörden zu garantieren sind hingegen konkrete Anweisungen in Einzelfällen explizit untersagt. Dieses Interventionsverbot betrifft sowohl die Einleitung, die Durchführung und den Abschluss eines Verfahrens als auch die Art und Weise der Vertretung der Anklage vor Gericht und das Ergreifen von Rechtsmitteln [29].