Les charges de mise en valeur du compte laitier ont continué leur ascension. Tandis que le plafond du milliard de francs avait été percé lors de l'exercice 1988/1989, le compte 1990/1991 a atteint 1,34 milliards, soit 190,5 millions de francs de plus qu'en 1989/1990. Les augmentations les plus importantes se sont produites dans les secteurs du beurre (+52,7 millions) et du fromage (+30,8 millions). La part de la Confédération dans la couverture de ces charges s'est montée à 958,8 millions (+151,1 millions) [30].

Le DFEP a décidé de ne plus intervenir dans la fixation du prix du lait à l'étalage, et de créer ainsi des conditions de concurrence entre les distributeurs. La fixation du prix est ainsi du ressort des centrales laitières, des grossistes ou des détaillants, bien que les augmentations soient tout de même surveillées par Monsieur prix. Le gouvernement a néanmoins gardé la compétence de fixer le prix payé aux producteurs [31].

Les quatre fédérations laitières de Berne, Bâle, Zurich et Vaud-Fribourg ont décidé de créer une société faîtière. Cette organisation aurait pour fonction principale de réduire les frais de production par une rationalisation des activités (spécialisation et coordination notamment) des diverses entreprises concernées. Une telle concentration devrait aussi permettre à la production suisse d'être à même de répondre à la libéralisation des marchés qu'impliqueront le GATT et l'EEE [32].

Tandis que, dès le début de l'année, de nouveaux cas de la maladie de la "vache folle" (encéphalite spongiforme bovine) ont été découverts, il a été prévu que le nombre d'animaux atteints progresse jusqu'en 1992/1993 car, le temps d'incubation étant de trois ans environ, des animaux ont probablement été alimentés par du fourrage contaminé avant 1988/1989, période où la Grande-Bretagne (pays le plus touché) a pris des mesures [33]. Face à cette épidémie, l'Office intercantonal de contrôle des médicaments (OICM) a décidé, en mars, d'interdire la fabrication et la vente de médicaments contenant certains extraits de viande bovine, notamment ceux provenant d'endroits particulièrement infectés par les agents pathogènes (cerveau, glandes, moelle épinière, etc.). Ces mesures préventives — une transmission de cette maladie à l'homme n'a jamais pu être démontrée — ont été désapprouvées par l'industrie pharmaceutique, mais applaudies par les organisations de protection des consommateurs [34].

Dans le cadre des maladies animales, le Conseil des Etats a transmis comme postulat la motion Schmid (pdc, AI) demandant une révision de la loi sur les épizooties et la création d'un organe fédéral dont la tâche serait de lutter contre les épidémies pour lesquelles la loi ne prescrit aucune vaccination [35].

Le Conseil fédéral a, pour sa part, mis en vigueur l'ordonnance sur l'aide au Service sanitaire en matière d'élevage caprin afin de lutter contre l'arthrite encéphalique caprine qui touche une part importante du cheptel suisse de chèvres. La principale mesure prévue consiste à créer un service sanitaire caprin pour lutter contre cette maladie (qui provoque annuellement pour 15 millions de francs de dommages) par la mise en oeuvre de programmes d'assainissement des troupeaux. Les éleveurs ne sont tenus de prendre en charge que 20% du financement [36].

L'année 1991 a connu une chute importante du prix de la viande de boucherie (plus de 10% par rapport à 1990, tandis que la viande de boeuf a baissé de 30% en deux ans) pour les producteurs. Il a toutefois été remarqué que le prix à la vente n'avait, dans le même temps, pas bougé. Cette situation a été largement dénoncée, en particulier par les éleveurs et l'USP [37]. D'autre part, le gouvernement a débloqué 16 millions de francs pour permettre le stockage de surplus de viande afin d'éviter un effondrement du marché [38].