La procédure de consultation sur l'ordonnance de la loi sur la protection des eaux, qui contient comme principale mesure l'introduction de compensations financières de la Confédération pour les communes de montagne qui renoncent à la construction d'installations hydro-électriques pour des motifs de protection de l'environnement, a donné lieu à des prises de position positives de la plupart des organisations consultées. Seules l'UDC et l'association des producteurs hydro-électriques se sont opposées au projet du Conseil fédéral [26].

Depuis que les Chambres fédérales ont transmis en 1992 comme postulat une motion demandant au Conseil fédéral de supprimer la limitation fédérale des redevances hydrauliques annuelles versées aux cantons par les utilisateurs des ressources hydrauliques, la libéralisation des redevances a suscité plusieurs prises de position et études. En raison du niveau relativement bas de la limite fixée par la Confédération, l'électricité produite par les grandes installations hydrauliques des cantons alpins, dont provient environ 60% de l'électricité consommée en Suisse, reste extrêmement bon marché par rapport à l'électricité d'origine nucléaire. Selon une étude de plusieurs économistes de l'Université de Bâle, l'augmentation des redevances hydrauliques versées par les utilisateurs — les sociétés électriques — aux autorités cantonales auraient des effets positifs pour les cantons alpins et les finances fédérales. Au niveau de la politique énergétique, la hausse des redevances, et par conséquent du prix de l'électricité, inciterait les consommateurs à devenir plus économes, mais pourrait aussi favoriser le recours à d'autres agents énergétiques. D'après les calculs des économistes bâlois, la limite des redevances hydrauliques actuellement en vigueur serait en termes réels environ cinq fois inférieure à celle fixée en 1916 qui n'a été que partiellement réadaptée depuis lors; au cas où la limite des redevances hydrauliques était intégralement adaptée au renchérissement du coût de la vie de ces dernières décennies, le montant total versé aux cantons alpins par les sociétés électriques pourrait passer de 257 millions de francs à 1,29 milliards de francs. Sans surprise, les représentants des sociétés électriques ont annoncé qu'elles s'opposaient à une libéralisation totale des redevances [27].

A ce sujet, le Conseil national a approuvé une motion Bürgi (pdc, SZ), cosignée par 101 députés, qui charge le Conseil fédéral de procéder à une révision de la loi sur l'utilisation des forces hydrauliques datant de 1916. Ce texte demande que les usines d'une puissance inférieure à 1000 kilowatts soient exemptées de la redevance [28].

Début novembre, le Conseil fédéral a mis en consultation un projet de révision de la loi sur l'utilisation des forces hydrauliques. Conformément à la motion Bürgi, le projet prévoit que les exploitants de petites centrales hydro-électriques soient exemptées du paiement de la redevance annuelle. En revanche, la limite de la redevance pour les centrales d'une puissance supérieure à 1000 kilowatts devrait passer de 54 francs par kilowatt à 70 francs [29].

Le Conseil d'Etat saint-gallois a pris position contre l'octroi d'une concession pour le projet de construction de cinq barrages successifs sur le Rhin entre Trübbach (SG) et Sennwald (SG) le long de la frontière avec le Liechtenstein; par la même occasion, il a prié le Conseil fédéral de ne pas autoriser la réalisation de ces installations hydrauliques. Outre les nombreuses critiques émanant des associations de protection de l'environnement et des communes concernées sur les répercussions écologiques du projet, le principal motif invoqué par l'exécutif du canton concernait l'impact de ces nouveaux barrages sur les nappes phréatiques et en particulier sur les possibilités de s'approvisionner en eau potable [30]. Le consortium a fait savoir qu'il maintenait son projet; selon lui, les atteintes à l'environnement mises en évidence par le Conseil d'Etat de Saint-Gall et les organisations de protection de l'environnement devraient pouvoir être dissipées sans grande difficulté. Le consortium s'en remet donc la décision du Conseil fédéral et du gouvernement du Liechtenstein [31].

Le Conseil d'Etat et le Grand Conseil valaisans ont donné leur accord pour l'octroi d'une concession de droits d'eau à la société Hydro-Rhône pour l'aménagement hydro-électrique du Rhône dans la région de Bex-Massongex. Ce barrage constitue le premier palier des 10 barrages successifs entre Chippis et le Léman prévus dans le projet initial. Ce dernier avait dû être retiré en raison des nombreuses oppositions émanant notamment des associations de pêcheurs et de protection de l'environnement. Afin de prévenir les oppositions écologistes, les promoteurs du projet ont pris plusieurs mesures (compensations écologiques, aménagements pour garantir le débit du Rhône et la migration des poissons, indemnisation des personnes lésées) [32].

Les citoyens bernois ont rejeté par 57,4% des voix l'initiative populaire pour' la «loi sur la protection des paysages de l'Aare», soutenue par les partis de gauche et les écologistes. Le principal enjeu de la votation portait sur l'extension de différentes installations hydro-électriques le long de l'Aare; en cas d'acceptation de l'initiative, deux importants projets d'extension de centrales existantes (Grimsel-Ouest et Wynau) auraient dû être abandonnés [33].

Le Tribunal fédéral a partiellement approuvé la plainte de six organisations écologistes contre le projet de construction d'une installation de pompage au Val Curciusa (GR). Tout en considérant qu'il n'y avait pas de motifs de protection de l'environnement suffisants pour interdire ce projet, il a décidé de suspendre l'autorisation du gouvernement cantonal, accordée en 1990. Il a exigé que les promoteurs établissent un nouveau rapport sur les répercussions écologiques du projet et formulent une nouvelle demande de concession qui prenne en compte les nouvelles dispositions de la loi sur la protection des eaux, en particulier l'exigence de débits minimaux. Bien que la rentabilité du projet soit remise en cause par la décision du Tribunal fédéral, les forces motrices du Misox ont réitéré leur volonté de réaliser cette installation de pompage [34].

Le Tribunal fédéral a reconnu la responsabilité du canton du Valais dans les déformations du barrage du Zeuzier suite aux sondages effectués pour le percement du tunnel du Rawyl. L'Etat du Valais et la société Electricité de la Lienne SA devront encore s'entendre sur le montant du dédommagement à verser [35].

Le Conseil des Etats a approuvé une motion du Conseil national qui charge le Conseil fédéral d'instaurer une responsabilité civile illimitée pour les exploitants d'installations hydro-électriques, analogue à celle en matière nucléaire; cette motion fait suite à une initiative du canton du Valais adoptée par les deux Chambres fédérales [36].

Le WWF et une vingtaine d'autres opposants ont déposé un recours auprès du DFTCE contre la décision de l'Inspection fédérale des installations à courant fort d'autoriser les plans de détails d'Energie de l'Ouest-Suisse (EOS) pour le tronçon Vaux-sur-Morges–Eysins (VD) de la ligne à haute tension Galmiz-Verbois. Les principaux arguments avancés par les opposants étaient de deux ordres: la protection du site considéré d'importance nationale et la faisabilité technique d'une mise sous terre de la ligne. Selon EOS, le coût d'une mise sous terre de la ligne serait entre 20 à 30 fois plus chère qu'une ligne aérienne. Sur les six tronçons de la ligne à haute tension, trois ont déjà été achevés [37].