Als Zweitrat befasste sich der Ständerat mit dem neuen Parlamentsgesetz, welches anstelle des bisherigen Geschäftsverkehrsgesetzes treten soll. Er beschloss eine ganze Reihe von Abweichungen von der nationalrätlichen Version, ohne allerdings die Grundsätze der Reform in Frage zu stellen. So verschärfte er unter anderem die vom Nationalrat festgelegten Unvereinbarkeitsregeln für ein Parlamentsmandat, welche neu nicht nur für den National-, sondern auch für den Ständerat gültig sind. Diese Unvereinbarkeit soll nicht nur für höhere Kader, sondern für alle Angestellten der zentralen und der dezentralen Bundesverwaltung und für Mitglieder von Leitungsgremien (Verwaltungs- und Stiftungsräte etc.) von bundesnahen Organisationen (SRG, Nationalbank, Pro Helvetia etc.) gelten [15]. Nicht einverstanden war die kleine Kammer auch mit dem Beschluss des Nationalrats, dass bei sämtlichen Abstimmungen das Votum der einzelnen Parlamentsmitglieder erfasst und veröffentlicht werden muss. Mit dem Argument, dazu müsste im Ständerat eine elektronische Abstimmungsanlage eingerichtet werden, lehnte die Ratsmehrheit dies ab und beschloss, dass jeder Rat in seinem eigenen Reglement über diese Frage entscheiden soll. Eine weitere Differenz ergab sich bei dem parlamentarischen Instrument der Empfehlung. Obwohl neu auch Motionen, welche den alleinigen Kompetenzbereich der Regierung betreffen, im Sinne von Richtlinien zugelassen sind, war der Ständerat nicht bereit, auf die bisher bei ihm diesem Zweck dienende „Empfehlung“ gänzlich zu verzichten. Da diese im Gegensatz zu einer Motion nur von einem Rat zu behandelnde Vorstossform die rasche Abgabe einer Stellungnahme an den Bundesrat erlaube, wollte er sie weiterhin zulassen. Dabei sollen die beiden Ratskammern frei sein, ob sie diese in ihren Reglementen aufführen wollen oder nicht. Der Ständerat wandte sich ferner gegen eine restriktivere Behandlung von Motionen. Er lehnte das vom Nationalrat eingeführte Verbot ab, eine vom Bundesrat abgelehnte Motion in ein Postulat umzuwandeln. Anschliessend verzichtete er auch auf die von seiner Kommissionsmehrheit beantragte Vorschrift, dass die zuständige Kommission des Erstrats eine Motion vorberaten müsse.

Mit einem relativ knappen Entscheid änderte der Ständerat das Wahlverfahren für die Bestätigungswahlen für den Bundesrat. Wieder antretende Regierungsmitglieder sollen nicht mehr einzeln in der Reihenfolge ihrer Amtsdauer zur Wahl antreten, sondern auf einer gemeinsamen Liste, wobei die Parlamentarier einzelne Namen streichen können. Wiedergewählt ist, wer im ersten oder einem allfällig erforderlichen zweiten Wahlgang das absolute Mehr erreicht. Kampfkandidaturen sind bei dieser Wiederwahl der Bisherigen noch nicht zugelassen, sondern erst bei einer Vakanz infolge einer Nichtwiederwahl oder eines Rücktritts [16]. Wie im Vorjahr der Nationalrat (Motion Vallender) wollte auch die Mehrheit der SPK des Ständerats gewisse Schranken für vom Bundesrat im Dringlichkeitsverfahren beschlossene Nachtragskredite einführen. Für Ausgaben in der Höhe von mehr als 2% der Bundeseinnahmen sollte neu die Zustimmung des Parlaments erforderlich sein, welches nötigenfalls zu einer Sondersession einzuberufen wäre. Der Rat lehnte diese neue Bestimmung jedoch mit 24:15 Stimmen ab (vgl. dazu auch unten, Instrumente).

In der Differenzbereinigung schloss sich der Nationalrat bei der Unvereinbarkeitsvorschrift gegen den Widerstand der Linken dem Ständerat an. Für den Wunsch der kleinen Kammer, die Vorstossform der „Empfehlung“ beizubehalten, hatte er jedoch kein Verständnis. Er lehnte es auch ab, dass in Zukunft Kommissionsminderheiten keine prioritär zu behandelnde Motionen mehr einreichen können. Bei den Motionen, welche den an die Regierung delegierten Kompetenzbereich betreffen, hielt der Nationalrat an seiner verpflichtenderen Lösung fest. Diese seien nicht nur als Richtlinien zu betrachten, sondern der Bundesrat müsse, wenn er sie nicht umsetzen wolle, dem Parlament einen Entwurf für die Änderung der Zuständigkeitsordnung vorlegen. Der Nationalrat hielt im weiteren am Verbot fest, vom Bundesrat abgelehnte Motionen in Postulate umzuwandeln. Er begründete dies mit zwei Argumenten: erstens bedeute dies eine Aufwertung der Motion, da tendenziell nur noch mehrheitsfähige Vorstösse in dieser Form eingereicht würden; und zweitens könne neu eine Motion vom Zweitrat auch in dem Sinne abgeändert werden, dass nicht mehr eine Massnahme (z.B. eine Gesetzesrevision) verlangt würde, sondern bloss ein Prüfungsauftrag. Das vom Ständerat beschlossene neue Verfahren für die Wiederwahl der amtierenden Bundesräte wurde gegen den Widerstand der SVP mit 117:41 Stimmen abgelehnt. Nachdem der Nationalrat seinen Entscheid bestätigt hatte, dass in beiden Kammern bei sämtlichen Abstimmungen das Votum der einzelnen Parlamentsmitglieder erfasst und veröffentlicht werden muss, sprach sich der Ständerat mit 26:14 Stimmen zum zweiten Mal dagegen aus [17].

Da beide Kammern auch in der zweiten Runde der Differenzbereinigung nicht nachgaben, musste in dieser Frage der Transparenz über die Stimmabgabe die Einigungskonferenz entscheiden. Sie tat dies im Sinne der kleinen Kammer. Der Ständerat hielt auch bei den Motionen von Kommissionsminderheiten (Abschaffen), der Umwandlung von Motionen in Postulate (Beibehalten) sowie der Auswirkungen von Motionen im an den Bundesrat delegierten Kompetenzbereich (nur Richtlinie) an seinen Beschlüssen fest. Hingegen gab er beim Instrument der Empfehlung nach und schaffte es ab; er verzichtete ebenfalls auf das neue Wahlsystem für wiederkandidierende Bundesräte. Der Nationalrat hielt in der Folge nur noch an seiner Version der Rechtswirkung von Motionen im an den Bundesrat delegierten Kompetenzbereich (nicht nur Richtlinie, sondern Auftrag an den Bundesrat, sie umzusetzen oder eine Revision der Kompetenzordnung vorzuschlagen) und dem Verbot, vom Bundesrat abgelehnte Motionen in Postulatsform zu überweisen, fest. Nachdem der Ständerat weiterhin auf seinen Entscheidungen beharrt hatte, setzte sich in der Einigungskonferenz bei beiden Beschlüssen die Version des Nationalrats durch [18].

Nachdem es das Volk 1992 abgelehnt hatte, den Parlamentariern Mittel für die Einstellung von persönlichen Mitarbeitern zur Verfügung zu stellen, unternahm die SPK des Nationalrats im Berichtsjahr einen neuen Anlauf. Ausgehend von der grossen und weiter zunehmenden Arbeitslast der Parlamentarier und der Überlegung, dass eine substanzielle Erhöhung der Entschädigungen in einer Volksabstimmung keine Chance hätte, beantragte sie, jedem Parlamentsmitglied einen zweckgebundenen jährlichen Kredit von 40 000 Fr zu gewähren, mit welchem persönliche Mitarbeiter zur Vorbereitung der Ratstätigkeit angestellt werden können. Da aus diesem Betrag nur eine Teilzeitstelle finanziert werden kann, dürfen Parlamentarier ihre Kredite auch zusammenlegen, um gemeinsam Assistenzpersonal einzustellen [19].

Im Nationalrat beantragte die SVP erfolglos Nichteintreten. Ihre Opposition richtete sich nicht nur gegen die beantragten Mittel für die persönlichen Mitarbeiter, sondern auch gegen die Absicht der SPK, den dafür einzusetzenden Betrag nicht im referendumsfähigen Gesetz, sondern in einer Verordnung festzuschreiben. Die Argumente der SVP gegen die persönlichen Mitarbeiter waren einerseits finanzpolitischer Natur, andererseits befürchtete sie aber auch eine Zunahme der persönlichen Vorstösse und damit eine zeitliche Mehrbelastung für die Parlamentsmitglieder. Die Ratsmehrheit lehnte auch in der Detailberatung einen Streichungsantrag der SVP ab und ging dann sogar noch weiter: auf Antrag Tschuppert (fdp, LU) beschloss sie, dass die Höhe sämtlicher Bezüge der Abgeordneten (Einkommen, Entschädigungen und Beiträge für Mitarbeiter) sowie deren automatische Anpassung an die Teuerung in Zukunft nicht mehr im Gesetz, sondern in einer Verordnung geregelt sein soll.

Die SPK des Ständerats lehnte die Entschädigungen für die Einstellung von persönlichen Mitarbeitern ab, da diese zweckgebundene Zahlung den unterschiedlichen individuellen Bedürfnissen der Abgeordneten nicht gerecht würde und ihre Verwaltung durch die Parlamentsdienste zu aufwändig wäre. Da aber auch für die SPK des Ständerats eine bessere materielle Unterstützung der Parlamentsangehörigen gerechtfertigt war, beantragte sie erstens die Jahrespauschale von 12 000 auf 24 000 Fr. zu verdoppeln und zweitens die bisherige Spesenpauschale in eine Entschädigung für Sach- und Personalauslagen umzuwandeln und von 18 000 auf 30 000 Fr. zu erhöhen. Insgesamt würden damit die Entschädigungszahlungen nur um 24 000 statt um 40 000 Fr. verbessert. Um die Parlamentarierbezüge nicht dem Referendum zu entziehen, beantragte die SPK zudem, dass diese weiterhin auf Gesetzesebene festzulegen sind. All diese Vorschläge setzten sich im Ständerat deutlich durch.

In der Differenzbereinigung schwenkte die vorberatende Kommission des Nationalrats auf den Beschluss der kleinen Kammer ein, die Beträge für Einkommen, Entschädigungen und Mitarbeiter weiterhin auf Gesetzesstufe festzulegen; an den 40 000 Fr. für die persönlichen Mitarbeiter hielt sie aber fest. Die Lösung des Ständerats lehnte sie unter anderem auch deshalb ab, weil ihrer Ansicht nach mit dieser Verdoppelung der Jahrespauschale das Referendum geradezu provoziert würde. Ihre Position setzte sich gegen den Widerstand der SVP sowie einer Mehrheit der FDP- und einer Minderheit der CVP-Fraktion mit 93:78 Stimmen durch. In der Folge hielten beide Kammern an ihren Beschlüssen fest. In der Einigungskonferenz setzte sich das Modell des Ständerats durch und der Nationalrat gab seine Zustimmung. In der Schlussabstimmung passierte die Vorlage mit 116:34 Stimmen im Nationalrat und mit 33:1 im Ständerat. Die Opposition in der Volkskammer kam von einer starken Mehrheit der SVP und einigen Freisinnigen [20].

Die GPK des Nationalrats beantragte zudem mit einer parlamentarischen Initiative eine Verbesserung der Altersvorsorgeleistungen für Parlamentarier. Diese soll soweit erhöht werden, dass sie die Beitragslücke voll kompensiert, welche für die Parlamentsmitglieder infolge der durch das Mandat veranlassten Reduktion ihrer beruflichen Tätigkeit entsteht. Zudem sollen neu auch die Risiken Tod und Invalidität in die Versicherung mit einbezogen werden. Der Nationalrat stimmte der Vorlage gegen die Stimmen der Mehrheit der SVP-Fraktion zu. Er ergänzte sie zudem um einen Beitrag, der an Abgeordnete mit Kindern ausbezahlt wird, wenn sie aufgrund der Mandatsausübung eine Einbusse bei der Kinderzulage erleiden. Im Ständerat passierte das Projekt ohne Gegenstimme [21].

Im Anschluss an die Finanzspritze des Bundes für die Erhaltung einer nationalen Luftfahrtgesellschaft waren im Vorjahr diverse Vorstösse eingereicht worden, welche die Kompetenz der Finanzdelegation des Parlaments zur Bewilligung solcher ausserordentlichen und dringlichen Ausgabenentscheide des Bundesrats begrenzen wollten. In der Herbstsession lehnte der Nationalrat zwei Motionen der SVP resp. der Grünen für eine Limitierung auf maximal 100 Mio Fr. ab. Diese Ablehnung geschah jedoch nicht aus inhaltlichen Gründen, sondern weil seine SPK sich bereits an die Ausarbeitung entsprechender neuer Regeln in der Form einer parlamentarischen Initiative gemacht hatte [22].

Die Rechtskommission des Nationalrats sprach sich mit knappem Mehr gegen eine parlamentarische Initiative Aeppli (sp, ZH) aus, welche bei Strafuntersuchungen wegen Verstosses gegen das Antirassismusgesetz die parlamentarische Immunität grundsätzlich aufheben wollte [23].