Der Bundesrat nahm abschliessend Stellung zur jahrelangen Diskussion um ein schweizerisches Binnenschiffahrts-Netz. In einem zuhanden des Parlaments verabschiedeten "Bericht über die Frage der Freihaltung der Wasserstrassen" beantragte er den Verzicht auf das 1973 von den eidgenössischen Räten verlangte Freihaltegesetz, das in der Vernehmlassung mehrheitlich auf Opposition gestossen war. Einen künftigen Ausbau der Aare und des Hochrheins bis zum Bodensee für die Grossschiffahrt hält die Landesregierung aus verkehrspolitischen, umweltschützerischen, wirtschaftlichen und finanziellen Gründen für wenig wahrscheinlich, so dass auf eine Freihaltung verzichtet werden kann. Hingegen will sie weiterhin die notwendigen Massnahmen vorkehren, um eine spätere Schiffbarmachung des Rheins bis zur Aaremündung und der Rhone vom Genfersee flussabwärts zu ermöglichen. Zur Realisierung dieser Freihaltemassnahmen wird der Bund in Zusammenarbeit mit den betroffenen Kantonen Sachpläne im Sinne des Raumplanungsgesetzes erarbeiten, welche in der kantonalen Richtplanung zu berücksichtigen sind. Stimmt das Parlament dem Vorhaben des Bundesrates zu, soll für die beiden Projekte Rhein und Rhone mit dem benachbarten Ausland das Gespräch gesucht und namentlich mit Frankreich über eine Schiffbarmachung der Rhone bis Lyon verhandelt werden [65].

Die Rheinschiffahrt musste 1987 einen harten Rückschlag hinnehmen. In den Rheinhäfen beider Basel wurden deutlich weniger Güter umgeschlagen als im Vorjahr (8,21 Mio t gegenüber 8,99 Mio t oder -8,7% gegenüber +10,9%). Der Anteil der Basler Häfen an der gesamtschweizerischen Aussenhandelsmenge sank auf 16,1% (1986: 17,7%). Der Rückgang sowohl der Gütermenge als auch der Frachtraten brachte die Schweizer Reedereien in eine wirtschaftlich bedrohliche Lage, ist doch die Rheinschiffahrt nach wie vor durch Überkapazität gekennzeichnet. Zwei Basler Reedereien sahen sich zu einer massiven Redimensionierung ihrer Flotten gezwungen. In einer Eingabe an den Bundesrat forderte die Schweizerische Schiffahrtsvereinigung (SSV) daher Sofortmassnahmen, damit im Interesse der Volkswirtschaft und der Landesversorgung die Existenz der Schweizer Flotte auf dem Rhein langfristig gesichert werden könne. Insbesondere ersuchte die SSV die eidgenössischen Behörden, sich für eine baldige Beseitigung der Verzerrungen des Wettbewerbs zwischen dem grenzüberschreitenden Bahnverkehr und dem Wasserweg einzusetzen [66].

Wie die kleine Kammer im Vorjahr genehmigte der Nationalrat eine Änderung des Seeschiffahrtsgesetzes sowie verschiedene internationale Übereinkommen, welche im wesentlichen den Schutz der Meere vor Verschmutzung und die Erhöhung der Sicherheit der Seeschiffahrt betreffen [67].