Les conseils d'administration du Brig-Visp-Zermatt-Bahn (société détenue à 100% par le BVZ Holding SA) et du Furka Oberalp Bahn (propriété en majorité de la Confédération et des cantons, Uri, Grisons et Tessin) ont accepté les principes d'une fusion des deux compagnies au 1er janvier 2003. Au début de 2003, les membres du Conseil d'administration ont accepté le nouveau nom – Matterhorn Gotthard Bahn – et l'entrée sur le marché de la compagnie, dont le siège est à Brigue [23].

La compagnie thurgovienne de la Mittelthurgaubahn (MThB) a fait part en juin de ses graves difficultés financières en présentant un découvert de plus de 30 millions de francs. La stratégie offensive (volonté d'augmenter d'au moins 40% du volume des passagers) et l'assainissement de la ligne du lac, qui a dépassé le budget prévu, étaient à l'origine des problèmes. De plus, la quasi-totalité du capital-actions allait être englouti par les 10 millions de pertes de l'exercice 2001 et les 23 millions de dettes envers les CFF. La compagnie espérait boucher le trou avec l'aide de la Confédération. Les sommes promises pour la rénovation (30 millions) n'avaient pas encore été versés par l'OFT. Au vu de la situation, la MThB a obtenu de ses créanciers et, notamment des CFF, un moratoire jusqu'en septembre afin de présenter une analyse de ses difficultés, ainsi qu'un plan de redressement. L'OFT a répondu à la MThB en indiquant que les 30 millions n'étaient à disposition que pour des projets concrets et non des opérations de renflouement. Devant l'impossibilité d'obtenir 40 millions pour s'en sortir, la compagnie thurgovienne a conclu un contrat cadre avec les CFF. Ceux-ci avaient auparavant refusé la proposition, jugée trop risquée, de reprendre la majorité du capital-actions de la compagnie à titre de compensation pour leurs prétentions. Les CFF ont repris le matériel roulant pour 130 millions de francs, l'infrastructure et les 240 employés de la MThB, dont 140 par la Thurbo SA. Le projet Thurbo initial, détenu à 60% par les CFF et 40% par la MThB, devait démarrer en décembre et il visait à améliorer la desserte de la région et à s'étendre au trafic régional. Dans le nouveau projet Thurbo, la part des CFF s'est accrue à 90% et les 10% restants sont passés au canton de Thurgovie. La réalisation de ce plan d'assainissement était subordonnée à une série de conditions, notamment à l'injection de fonds fédéraux pour 13,6 millions de francs destinés à couvrir des dépenses clairement définies. Cet argent sera alloué sur la base de la loi sur les chemins de fer et accordé par l'OFT de sa propre autorité. Avec ce rachat, les CFF reprenaient l'exploitation de deux lignes en Allemagne, Constance-Singen-Engen et Radolfzell-Stockach. L'assemblée générale de la MThB a accepté la liquidation de la compagnie et le contrat-cadre conclu avec les CFF. Elle a en revanche refusé de décharger le conseil d'administration [24].

La compagnie Berne-Lötschberg-Simplon (BLS) a officialisé les longues fiançailles qui la liaient à la Deutsche Bahn (DB) depuis 1998. La filiale marchandises de la société allemande, DB Cargo, a acquis 20% du capital de BLS Cargo, filiale précédemment détenue à 100% par BLS et spécialisée dans le transport de marchandises. En acceptant cette prise de participation, BLS Cargo s'est ouvert tout le nord de l'Europe à travers l'association Railion, qui regroupe DB Cargo SA et les transporteurs hollandais et danois de fret ferroviaire. BLS Cargo s'est également ouvert les portes de la Péninsule en laissant entrer le groupe italien Ambrogio dans le capital à hauteur de 2,3% [25].

Avec l'accord des CFF et des cantons, le Conseil fédéral a fermé officiellement deux tronçons ferroviaires: celui entre Wildegg (AG) et le rebroussement de Lenzbourg (AG), inusité depuis 1984, et entre Soleure et Herzogenbuchsee (BE) inusité depuis 1992. Le trafic des voyageurs a été transféré sur la route et le trafic marchandises a cessé. Le tracé actuel Soleure – Herzogenbuchsee sera réutilisé pour la construction d'une liaison entre le nouveau tronçon Rail 2000 Mattstetten – Rothrist et la ligne du Pied du Jura [26].

Lors de sa conférence de presse, la Délégation parlementaire de surveillance des Nouvelles lignes ferroviaires alpines (NLFA) a indiqué que le budget total de 14,7 milliards de francs, décidé en 1998, sera probablement dépassé. Quant aux réserves de 1,95 milliard, constituées pour faire face aux imprévus, la quasi-intégralité avait déjà été affectée. Les travaux au Monte Ceneri (1,07 milliard) et au Lötschberg (480 millions) en étaient les principaux fautifs. Seuls 160 millions de francs de réserves étaient encore disponibles. A cela s'y ajoutaient d'autres frais additionnels de l'ordre de 230 millions. Afin que les travaux ne se retrouvent pas subitement bloqués, faute de moyens financiers, et que le parlement ne soit pas amené à voter un crédit additionnel le couteau sous la gorge, la Délégation parlementaire a souhaité que le Conseil fédéral évalue le montant du crédit supplémentaire nécessaire. Répondant à la Délégation, le Département des transports a fait savoir que tant que les coûts du chantier ferroviaire resteront dans la fourchette prévue, des crédits supplémentaires ne seront pas discutés. L'état financier du projet sera présenté au parlement en été 2003, lorsque ce dernier se prononcera sur la deuxième phase de réalisation des NLFA. La Délégation parlementaire s'est déclarée satisfaite de l'état d'avancement des travaux qui, pour l'heure, tiennent le calendrier prévu (Lötschberg en 2007 et Gothard en 2014). Des inquiétudes demeuraient toutefois quant au raccordement des NLFA avec l'Italie. Cette dernière n'avait pas encore pris d'option définitive pour le raccordement à partir de Milan [27].

Afin que les travaux préliminaires nécessaires à la mise en service du Lötschberg puissent se poursuivre sans heurts, le Conseil fédéral a décidé de financer ces prestations par les réserves du crédit global NLFA. D’ici à l’ouverture du tunnel en 2007, il devrait s’agir de 120 millions de francs. Il a également chargé la SA BLS Chemin de fer du Lötschberg d’exploiter la ligne de base jusqu’en 2010, cela sur la base de la concession valable jusqu’à cette date et compte tenu des autres conventions déjà en vigueur. Le DETEC se prononcera dans une procédure ordinaire sur l’octroi de la concession d’infrastructure après 2010 [28].

A la lumière de la faisabilité d’un tracé entièrement souterrain dans le canton d’Uri, diverses variantes de la future NLFA ont été développées. Moritz Leuenberger et les représentants du gouvernement uranais se sont ensuite rencontrés, afin de plancher sur les avantages et les inconvénients techniques des différentes variantes, sur leurs conséquences financières et sur les effets sur la planification de la construction. Tenant compte des réclamations uranaises et de la nécessité de réduire les nuisances sonores et environnementales, le Conseil fédéral a décidé d’enterrer complètement la NLFA. La variante "montagne" – entièrement souterraine – remplaçait ainsi le projet initial à ciel ouvert dans la plaine de la Reuss au nord d’Altdorf (variante "plaine"). Ce nouveau tracé impliquait des modifications du projet dans la future bifurcation souterraine Uri Sud, ainsi que des investissements préalables de 100 millions de francs pour pouvoir continuer plus tard le tracés souterrain sans interruption de l’exploitation. Les travaux de construction du tunnel de base du Gothard ne seraient toutefois pas retardés par ces adaptations. Le Conseil fédéral a en outre renoncé à faire passer la jonction entre la ligne existante et le tunnel de base sous la rivière Schaechen. Avec la mise en service du nouveau tracé, les investissements supplémentaires de 250 millions ne se justifiaient plus. La solution "montagne" se montera à 2,2 milliards de francs, soit un milliard de plus que dans la planification. Ce prolongement de la ligne de base sous le Gothard entraînera la construction de 23 kilomètres de tunnel supplémentaires entre Brunnen (SZ) et Erstfeld (UR). S’ajoutant aux 57 kilomètres prévus de Erstfeld à Bodio (TI), la transversale alpine atteindra la longueur record de 80 kilomètres sous terre. La sécurité des transports sera assurée par deux sorties de "secours" à Flüelen (UR) et Erstfeld. Ces aménagements à ciel ouvert ont été critiqués par le canton d’Uri. La SA AlpTransit Gothard a été chargée d’élaborer un nouveau projet de mise à l’enquête pour la liaison avec la ligne existante (Uri Sud). Le Conseil fédéral se prononcera définitivement en 2003. Mais avant, il devra présenter au parlement un crédit de planification, puis le message comportant le tracé définitif et son financement. Ce dernier tiendra compte du fait que le montant de 2,2 milliards ne peut être financé dans le cadre légal prévu par les transversales alpines. La réalisation du tracé souterrain est prévue à partir de 2020 et sous réserve d’une éventuelle votation populaire. Pour le Conseil fédéral, il ne pouvait être question d’une réalisation anticipée – le gouvernement d’Uri souhaitait le début des travaux en 2012 et a continué de le réclamer plus tard –, car cela risquerait de compromettre d’autres projets tels que les NLFA déjà décidées, la 2ème étape de Rail 2000 ou les raccordements au réseau européen ferroviaire à grande vitesse [29].

Les CFF vont investir près de 2,9 milliards de francs au cours des quinze prochaines années dans des nouvelles installations augmentant la sécurité du réseau ferré. Trois projets de modernisation ont été approuvés par le conseil d’administration. Quelque 1,7 milliard sera alloué au renouvellement des installations électroniques d’enclenchement de la sécurité, entièrement unifiées d’ici à 2008. Les CFF investiront encore 830 millions pour équiper les trains suisses du système européen de sécurité ETCS (European Train Control System) d’ici à 2017. Enfin, la création d’un réseau mobile de télécommunications a été budgétisé à 375 millions. Sur l’ensemble des investissements, une somme de 1,4 milliard est déjà attribuée dans le cadre de la convention de prestations des CFF (voir infra) [30].

La rénovation des 620 gares régionales des CFF souffrira d'un retard d'au moins trois ans. A cause du frein aux dépenses, les CFF devraient recevoir 109,5 millions de moins que prévu de la Confédération en 2003. Seule la moitié des transformations prévues pour 2003 seront entreprises [31].

Durant le courant de l’été, le BLS a demandé au DETEC de prendre en charge le percement du deuxième tube de 7,2 kilomètres entre Frutigen et Mitholz (BE). Il s’agissait uniquement de le percer, pas de l’aménager. Le BLS entendait profiter de l’offre de 90 millions qui lui avait été faite. Ce prix avantageux – 2 à 3x moins cher selon la BLS – était dû au fait que les machines se trouvaient déjà sur place. Mais cette offre exigeait du DETEC une réponse "rapide" ; les entreprises en charge du chantier prévoyaient de terminer le tunnel pour avril 2003. Outre l’argument économique et temporel, l’explosion du trafic par le Lötschberg en était un autre avancé par la BLS. Dans sa réponse, l’OFT a refusé la demande de percement du deuxième tunnel. L’Office s’est basé sur l’arrêté de 1998 (NLFA) qui ne permettait pas la réalisation de nouvel ouvrage. De plus, il mettait en doute la preuve d’utilité dans le futur de ce tunnel ; rien n’indiquait un besoin effectif [32].

La première étape du programme Rail 2000 coûtera 1,5 milliard de francs de moins que prévu. Elle aurait dû se monter à 5,9 milliards. Quelques 4,3 milliards ont été investis dans 120 projets de construction, qui déploieront pleinement leurs effets à fin 2004. Quatre gros morceaux étaient encore en chantier: l'extension des lignes d'accès et des voies ferrées autour de la gare centrale de Zurich, le tunnel Zurich-Thalwil, la troisième voie Genève-Coppet qui permettra de libérer la double voie, arrivée à saturation, et enfin le tronçon ferroviaire Mattstetten-Rothrist, prévu pour décembre 2004 [33].

L'OFT a présenté l'avant-projet de la deuxième étape du programme Rail 2000. Les CFF avaient été chargés par la Confédération de déterminer avec les cantons et les entreprises de transport concessionnaires les éléments devant être réalisés dans le cadre de la deuxième étape de Rail 2000. L'avant-projet prévoit de créer des capacités supplémentaires pour le trafic marchandises sur l'axe nord-sud. Sa principale nouveauté se situe dans l'objectif d'introduire la cadence semi-horaire pour le trafic voyageurs sur l'ensemble du réseau de base. L'OFT a mis auprès des cantons et de l'Union des transports publics (UTP) deux variantes en préconsultation. La première variante, baptisée "Smart Light", prévoit une cadence semi-horaire intégrale dans le réseau de base. Entre Berne et Zurich, le rythme de correspondance passera au quart d'heure. Saint Gall deviendra un nœud complet, au même titre que Zurich et, au terme de la première étape, Berne et Bâle. Le trajet entre Zurich et Bienne sera réduit à un peu plus d'une heure, avec de bonnes correspondances à la clé. La deuxième variante, nommée "Core", complète "Smart Light" en raccourcissant les trajets entre Zurich et Lausanne aussi bien par Berne que par la ligne du pied du Jura. Avec ce deuxième programme, Lausanne deviendrait un nœud ferroviaire complet aux minutes 00/30. Telle qu'elle est proposée, la deuxième étape de Rail 2000 devrait coûter entre 4,5 ou 5,5 milliards de francs selon la variante qui sera retenue. Un crédit de 5,9 milliards de francs est disponible: 4 milliards pour mettre en œuvre le projet national sur de longues distances et le solde de 1,9 milliard pour les besoins régionaux particuliers. L'OFT a justifié sa priorité au "Triangle d'or" Bâle-Berne-Zurich dans la deuxième étape de Rail 2000. Dans une optique de rentabilité, les deux variantes renforcent les transports publics là où la demande est la plus forte et où les potentialités du marché sont les meilleures. Le poids déterminant accordé aux tronçons ayant le plus grand volume de trafic sera toutefois compensé par des investissement dans les régions. Sur les 5,9 milliards, 1,9 milliard seront affectés à la réalisation et au développement de systèmes RER à Bâle, Berne, Lausanne/Genève, Lucerne, St Gall et au Tessin. Le trafic régional, bien que l'OFT concédait son importance sociale et écologique, est le grand perdant de la deuxième étape de Rail 2000. Le problème est qu'il n'est pas rentable. Ainsi, pour les régions décentrées, Rail 2000 se bornera à maintenir le niveau de desserte et à bien les intégrer dans le réseau national. Si les cantons désirent une offre supplémentaire, ils devront la financer. L'OFT voulait séparer, selon des critères fonctionnels, le réseau ferroviaire entre réseau de base et national, dont la Confédération est seule responsable, et réseau complémentaire, du ressort du canton et des "régions de transport" [34].

Se penchant sur le projet d’offre de base proposé par les CFF dans le cadre de la deuxième étape de Rail 2000, l’OFT l’a jugé trop cher. De plus, ce projet, même s’il constituait un pas dans la bonne direction, n’atteignait pas complètement les objectifs de politique des transports fixés par la Confédération. L’offre ne tenait pas assez compte de l’équilibre régional. Les CFF ont donc reçu mandat de l’office d’améliorer ce projet pour la fin de février 2003 [35].

Le Conseil des Etats et le Conseil national ont accepté sans opposition de libérer 6,025 milliards de francs dans le cadre de la convention sur les prestations avec les CFF applicable de 2003 à 2006. Plus de la moitié de l’enveloppe (3,6 milliards) sera investie pour rationaliser et augmenter l’interopérabilité – soit la compatibilité avec les réseaux étrangers – ainsi que la sécurité du réseau. Il s’agira notamment d’assurer le passage au système d’arrêt automatique des trains ETCS normalisé au niveau européen. Le plafond des dépenses comprend aussi 525 millions pour développer le réseau actuel. Ces fonds seront utilisés pour améliorer les prestations dans le trafic marchandises nord-sud (mandat de transfert) et dans les agglomérations, notamment à Bâle, Berne, Genève, Zurich et Zoug. Enfin, 1,9 milliard serviront à indemniser les coûts non couverts planifiés dans l’exploitation des lignes. La deuxième étape de Rail 2000 n’est pas incluse dans ces crédits [36].

Le Conseil fédéral a confirmé son intérêt au projet genevois de RER en acceptant d’y consacrer 40 millions de francs de la convention sur les prestations des CFF. Répondant aux attentes qu’avaient manifestés les autorités fédérales en accordant ce crédit, le Conseil d’Etat genevois a proposé de mettre sur la table l’intégralité de la contribution genevoise, soit 400 millions sur un total de 950 millions. Les 550 millions restants seront versés par la Confédération. Les sources de financement genevoises proviendront des ressources liées à la nouvelle Redevance poids lourds liées aux prestations (RPLP) et de la valorisation des parcelles à côté de la Praille et de la gare des Eaux-Vives. La majeure partie de cette somme sera destinée à la réalisation de la liaison ferroviaire Cornavin–Annemasse via la Praille. A ce propos, le raccordement ferroviaire La Praille–Les Eaux-Vives a été rebaptisé CEVA pour Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse. Le Grand Conseil genevois a suivi le Conseil d’Etat et a également donné un signal clair aux Chambres fédérales en votant unanimement un crédit de 400 millions de francs. Se saisissant du dossier, le Conseil fédéral a décidé d’approuver et signer le protocole d’accord du 26 avril 2002 entre les parties concernées (Confédération, Canton de Genève et CFF) [37].

Moritz Leuenberger a rencontré son homologue français, Jean-Claude Gayssot, pour examiner le volet financier de la convention relative au raccordement de la Suisse au réseau ferré français à grande vitesse, signée en novembre 1999. Les deux ministres sont tombés d'accord sur une participation financière égale entre les deux pays. La Confédération et la France s'engagent chacune à verser 135 millions d'euros. Cette somme sera injectée pour réhabiliter et moderniser la ligne Genève-Mâcon (ancienne ligne des Carpathes) et pour améliorer l'alimentation électrique et les infrastructures de l'arc jurassien, sur les lignes Paris-Lausanne et Paris-Neuchâtel-Berne. La mise en service de la ligne des Carpathes, baptisée ligne TGV-Mont-Blanc, est estimée à 220 millions d'euros. La Confédération devrait y participer à hauteur de 110 millions d'euros. De Genève, il ne faudra plus que trois heures pour se rendre au cœur de Paris en TGV: un gain de temps d'une demie-heure grâce à un gain de distance de 47 kilomètres par rapport à l'ancien itinéraire. Les travaux commenceront en 2004 et devraient s'achever à la mi-2006. Les 25 millions restants iront aux lignes de l'Arc jurassien qui nécessitent des travaux moins importants. Le financement helvétique provient du fonds plafonné à 1,2 milliard de francs, destiné à améliorer le raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau européen des lignes à grande vitesse. La France et la Suisse ont par ailleurs décidé d'évaluer un cofinancement au projet de TGV Rhône-Rhin, entre Dijon et Mulhouse, Paris ayant sollicité de la Suisse une participation de l'ordre de 125 millions de francs [38].

Contre l’avis du Conseil fédéral qui voulait la transformer en postulat, le Conseil des Etats a adopté par 29 voix une motion de David (pdc, SG). Celle-ci demandait de prévoir, dans la loi fédérale sur le raccordement de la Suisse orientale et romande au réseau européen des LGV, la possibilité de déroger au principe de territorialité pour les investissements dans les infrastructures ferroviaires étrangères, lorsque c’est dans l’intérêt de la Suisse. Le Conseil fédéral se voyait aussi chargé de trois tâches : 1) électrifier et doubler la ligne Schaffhouse-Singen et la ligne Schaffhouse-Waldshut, 2) développer les nœuds ferroviaires de Bregenz, Feldkirch (A) et Singen (D), 3) ouvrir des négociations avec l’Autriche et l’Allemagne afin que le tronçon Lindau-Geltendorf soit électrifié de 2005 à 2010. Le Conseil national a transmis la motion sous forme de postulat [39].

Après avoir fermé le robinet en 2002, le Conseil fédéral n’est pas revenu sur sa décision de ne plus subventionner Swissmetro. Néanmoins, afin de permettre une série de tests aérodynamiques à échelle réduite (1/10), il lui a accordé un crédit de 2 millions de francs aux conditions CTI (Commission pour la technologie et l’innovation – l’argent sera versé lorsqu’un montant équivalent aura été trouvé dans le privé). Autre changement, l’Office de la formation professionnelle et de la technologie est devenu, à la place de l’OFT, le partenaire principal de Swissmetro au sein de l’administration. Cela traduisait un changement stratégique : la Confédération continuerait de porter le projet sous l’angle technologique, mais la réalisation industrielle ne serait pas liée aux recherches, de sorte qu’elle pourrait se faire ailleurs qu’en Suisse. L’assemblée générale de Swissmetro en fin d’année a donné lieu à de grands chambardements. Malgré ces changements et les difficultés financières, les actionnaires ont décidé à l’unanimité de maintenir la société en activité [40].

En décembre, les CFF ont décidé de mettre fin à leur collaboration avec les Ferrovie dello Stato (FS) [41] pour le trafic des marchandises. Ils l'avaient pourtant étendue en début d'année. Dans la foulée, CFF Cargo va fonder en 2003 une filiale en Italie afin d'acheminer le trafic ferroviaire entre la frontière suisse et la région du nord de Milan. Les convois à destination du reste de la péninsule continueront à être pris en charge dès la frontière par les FS. Les CFF ont justifié leur décision par le fait que les objectifs fixés, en termes de qualité et de ponctualité, n'avaient pas été atteints. A ces difficultés se sont ajoutés l'engorgement chronique du transit par Luino (IT) et la vulnérabilité de la région aux intempéries. Tirant les leçons de cet échec, les CFF ont donc décidé de profiter du libre accès aux réseaux garanti par l'UE [42].

Moyennant un investissement de 420 millions de francs, les CFF voulaient encourager le transfert des poids lourds de la route sur le rail. Le but est d’amener, d’ici à 2005, 355 000 camions supplémentaires sur la voie ferrée. L’une des priorités sera d’accroître les capacités des deux systèmes de transport Cargo Domino et Cargo Express. Pour le réaliser, les CFF demandaient à la Confédération une aide financière de 250 millions de francs. Environ 200 des 250 millions réclamés serviront au développement de l’infrastructure des deux systèmes de transport [43].

En guise de remerciement à ses employés, qui ont fait des heures supplémentaires ou qui ont reporté leurs vacances pour Expo02, les CFF ont versé à la commission du personnel cinq millions de francs provenant d'une part du bénéfice réalisé durant la manifestation. Ils s'y étaient engagés si le résultat financier était bon. Chaque employé a reçu 150 francs en chèques Reka et 500 000 francs ont été versés à des oeuvres d'entraide [44].

Les 28 000 employés des CFF verront leurs salaires augmenter de 0,7%. Les syndicats réclamaient 3% à la base. Certains bénéficieront en plus de hausses individuelles qui représentent 1,6% de la masse salariale [45].

Les CFF ont plongé dans les chiffres rouges avec une perte de 12 millions de francs. Ils ont accru leur produit d’exploitation de 4,8% à 6,23 milliards en 2002, pour des charges en hausse de 5,9% à 6,13 milliards. Le résultat d’exploitation avant intérêts et impôts (EBIT) s’est effondré de 73% à 122 millions. Dans les détails, l’entreprise affichait des résultats contrastés. Dopés par Expo.02, le trafic voyageurs a généré un excédent de produits de 113,7 millions de francs. Les voyageurs-kilomètres ont progressé de 6,6% à 14.24 milliards de kilomètres. Le trafic marchandises a en revanche souffert de la morosité conjoncturelle, mais également de nombreuses interruptions internationales. La perte découlant des activités marchandises s’est accrue à 96,1 millions de francs. Le bénéfice de l’infrastructure a quant à lui reculé à 106,5 millions de francs. Les chiffres rouges s’expliquent par une provision de 183 millions de francs pour la caisse de pension des employés. A la fin 2002, l’institution de prévoyance n’accusait plus qu’un taux de couverture de 80,5%, faute de dotation suffisante en réserves pour fluctuations de change lors de sa création. En plus de la déprime boursière, les CFF présentent le désavantage d’une structure d’âge « défavorable » de ses membres. La moitié des quelque 59 000 assurés sont en effet des rentiers. En 2002, les CFF employaient 27 676 collaborateurs, en moyenne annuelle à plein temps [46].