Sur la base des résultats de la procédure de consultation (qui a pris fin en 2006), le Conseil fédéral a adopté la révision de l’ordonnance sur la protection des animaux au mois d’avril. La responsabilité des détenteurs d'animaux étant au centre de cette nouvelle législation, le Conseil fédéral a mis en place une série de mesures, afin que les détenteurs d’animaux connaissent les besoins de leurs animaux et sachent comment en prendre soin correctement. Agriculteurs, transporteurs, amateurs d'animaux sauvages difficiles à détenir et propriétaires de chiens devront ainsi désormais tous suivre une formation obligatoire.

En ce qui concerne les propriétaires de chiens, l’ordonnance ne s’appliquera, pour des raisons pratiques, qu’aux nouveaux propriétaires. Ces derniers devront suivre une formation théorique et pratique avant le 1er septembre 2010. Par la suite, cette formation devra être suivie dans la première année qui suit l’acquisition du chien. Le Conseil fédéral, qui s’est toujours prononcé contre l’interdiction de certaines races de chiens, a choisi ce dispositif pour réduire les risques de morsure. Quant aux éleveurs de bétail et autres animaux de rente, ainsi que tout professionnel s’occupant d’animaux, ils devront attester à l’avenir d’une formation reconnue.

Les autres animaux n’ont pas été oubliés pour autant et l'élevage a été réglementé dans l'ordonnance: il ne devra pas conduire à la production d'animaux présentant des troubles du comportement ou des défauts physiques. La vie sociale ou le besoin en mouvement des animaux ont été particulièrement pris en compte. Le Conseil fédéral a notamment prévu que les espèces sociales, comme les cochons d’Inde ou les perruches, ne pourront plus être détenues individuellement. Les chevaux, eux, devront pouvoir être en contact avec d’autres chevaux, d’autres partenaires sociaux comme les vaches ou les chèvres ne suffisant pas. La détention à l'attache sera en outre abandonnée à long terme : elle sera interdite pour les chevaux à partir de 2013, pour les moutons à partir de 2018 et pour les chèvres dans les étables nouvellement aménagées.

Le contrôle des dispositions légales a également été renforcé : un service spécialisé en protection des animaux sera mis sur pied dans chaque canton. Des priorités de contrôle seront fixées par le Conseil fédéral et un rapport sur l'état de la protection des animaux en Suisse sera publié régulièrement. Cette ordonnance est entrée en vigueur le 1er septembre de l’année sous revue [42].

En début d’année, l’OFEV a déclaré encourager le tir des cormorans sur les lacs à proximité des filets tendus. La Confédération a ainsi fait un pas dans la direction des pêcheurs, qui souhaitaient que des mesures de régulation de cette population d’oiseau soient prises, afin de limiter les pertes que ceux-ci occasionnent [43].

Le Plan Loup, qui datait de 2004, a été révisé au mois de mars. Cette révision était devenue nécessaire avec l’arrivée de femelles sur le territoire suisse, la possibilité de reproduction du loup devenant alors un sujet de d’actualité. Parmi les principaux changements introduits : 1) La protection des troupeaux est renforcée grâce à la définition claire des différents rôles et opérations dans les annexes au Plan loup ; 2) les loups qui causent des dommages ne peuvent être abattus que dans un périmètre qui est adapté aux dommages potentiels : il ne sera donc plus possible d'abattre un loup sur des alpages déserts ; 3) l'OFEV recommande aux cantons de ne pas autoriser les tirs dans les régions où l'on sait qu'une louve est présente pendant la période de reproduction (d'avril à juillet), ni dans les zones de protection de la faune sauvage, bien que la législation actuelle le permette [44].

Le Conseil national a décidé de donner suite à une initiative parlementaire de la députée Barbara Marty Kälin (ps, ZH), qui demandait que la loi fédérale sur la protection des animaux soit modifiée, afin de rendre plus strictes les conditions de transport des animaux. La conseillère nationale demandait que les animaux destinés à l'abattage ne transitent pas vivants par la Suisse, et que les autorités douanières contrôlent les importations et les exportations d'animaux sous l'angle du respect de la législation fédérale sur la protection des animaux et des prescriptions internationales en matière de protection des animaux (Convention européenne sur la protection des animaux en transport international). Après avoir émis un avis défavorable en janvier, la Commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil des Etats est revenue en arrière et a recommandé de donner suite à cette initiative parlementaire [45].

Le Conseil fédéral a présenté en mai son message relatif à l’initiative populaire lancée par la Protection suisse des animaux (PSA) et intitulée « Contre les mauvais traitements envers les animaux et pour une meilleure protection juridique de ces derniers (initiative pour l’institution d’un avocat de la protection des animaux) ». Estimant que les cantons disposent des instruments nécessaires pour répondre aux revendications des auteurs de l’initiative, le gouvernement a proposé aux chambres de soumettre l’initiative sans contre-projet au vote du peuple et des cantons en leur recommandant de la rejeter [46].

Sur recommandation du Conseil fédéral, les chambres ont adopté durant l’année sous revue une motion Barthassat (pdc, GE), qui demandait de soumettre au parlement une révision partielle de la loi fédérale sur la protection des animaux interdisant le commerce et l'exportation de peaux de chats  [47].

Pour l’introduction d’une formation obligatoire pour les propriétaires de chiens, voir supra.

Au mois de juin, la Commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil national (CSEC-CN) a proposé de proroger jusqu'en septembre 2009 le délai nécessaire au traitement de l'initiative parlementaire Kohler (pdc, JU) visant à interdire les pitbulls en Suisse [48].

Suite aux résultats des procédures de consultation et malgré le fait que plusieurs cantons aient déjà légiféré sur la question, la sous-commission compétente du Conseil national, présidée par le valaisan Oskar Freysinger (udc), a poursuivi ses travaux en vue de la mise en place d’une loi fédérale sur les chiens dangereux [49].

Pour la première fois depuis l’entrée en vigueur le 1er janvier 2007 de l’obligation pour tous les propriétaires de chien de signaler leur(s) animal(aux) aux autorités, les chiffres de la population canine en Suisse ont été disponibles. Sur les 460 000 chiens déclarés, 11 810 sont des chiens « potentiellement dangereux », soit environ 2,6% [50].

Le conseiller d’Etat grison Stefan Engler (pdc), en accord avec l’OFEV et conformément au plan ours de la Confédération, a pris la décision d’abattre l’ours « JJ3 », entré en Engadine en juin 2007. Abattu à la mi-avril, l’ours constituait une menace pour la population de la région de Thusis (GR), car il venait systématiquement chercher sa nourriture dans les zones habitées [51].