Tous les cantons qui votèrent l'abandon en 1984 l'ont à nouveau approuvé en 1990, rejoint par ceux d'Uri et de Vaud [24]. L'âge semble jouer un rôle non négligeable puisque, selon les analyses Vox, 64% des votants entre 20 et 29 ans et 57% de ceux entre 30 et 39 ans se sont prononcés en faveur de l'abandon. Ces résultats, ainsi que celui relatif à l'article constitutionnel énergétique, matérialiseraient une tendance allant dans le sens d'un changement des valeurs sociétales, qui s'orienteraient de plus en plus vers des notions post-matérialistes [25] .

Le canton de Vaud ne sera pas doté de dispositions stipulant le devoir d'opposition des autorités à tout projet nucléaire puisque son corps électoral a rejeté, en juin, deux initiatives antiatomiques, l'une constitutionnelle, l'autre législative [26] .

Le Conseil national a, après la chambre des cantons en 1989, approuvé la ratification d'un traité de coopération avec la France quant à l'utilisation de l'énergie nucléaire à des fins pacifiques. Celui-ci, norme-cadre, vise à régler les conditions de conclusion d'accords commerciaux par les entreprises publiques et privées. Se situant dans la ligne de ceux conclus avec l'Australie, la Chine et le Canada, il est principalement constitué par les garanties visant à l'utilisation non-belligérante de cette forme d'énergie. Il ne règle cependant pas matériellement certains problèmes tels le retraitement ou le conditionnement des déchets nucléaires, qui font l'objet de contrats ad hoc. C'est notamment en vertu de cette dernière interrogation, de l'ambiguïté de la démarcation entre emplois pacifique et militaire des rebus mais aussi parce qu'ils refusent d'encourager le commerce du nucléaire que les groupes socialiste, écologiste et indépendant-évangélique s'opposèrent, sans succès, à cet accord [27] .

C'est sans difficulté que la chambre basse a suivi le Conseil des Etats et accepté de proroger de dix ans l'arrêté concernant la loi sur l'énergie atomique. Si tel n'avait pas été le cas, la loi de 1959 aurait à nouveau entièrement régi ce domaine dès janvier 1991, ce qui aurait eu notamment pour conséquence la disparition de l'autorisation générale et de l'approbation des activités préparatoires de la CEDRA [28] .

Après l'abandon définitif, en 1989, de la construction de l'installation de Kaiseraugst, se pose la question de l'avenir des autres centrales potentielles et, en premier lieu, de celle de Graben (BE). Dans ce cas, la dissension la plus totale règne entre Graben SA, promoteur du projet, et le Conseil fédéral. Les désaccords entre ces deux entités, portant principalement sur l'indemnisation de la société exploitante, sont tels qu'une procédure est actuellement en cours auprès du Tribunal fédéral. Graben SA estime que l'attentisme gouvernemental quant à l'octroi de son autorisation générale – demandée en 1979 – équivaut à un refus [29]. C'est pourquoi elle exige un dédommagement de 300 millions de francs. Le Conseil fédéral réfute cette argumentation et se déclare prêt à poursuivre la procédure d'autorisation. De ce fait, il considère les prétentions financières de Graben SA comme injustifiées [30].

A ce point du débat, plusieurs acteurs ont exprimé leur point de vue. Le canton de Soleure, par le biais d'une initiative, a demandé un abandon du projet alors que le conseiller national Rychen (udc, BE), soutenu par plusieurs autres députés bourgeois bernois et soleurois, a souhaité que la société exploitante soit indemnisée [31]. Par ailleurs, le Grand Conseil bernois, s'il ne s'est pas prononcé clairement en faveur d'une renonciation, a néanmoins stipulé, dans son décret sur la politique énergétique cantonale, que Graben ne devait en aucun cas constituer un palliatif à Kaiseraugst [32]. La position des partisans de l'abandon et du dédommagement se fonde sur une analogie avec la situation de Kaiseraugst SA. Or, le contexte juridique n'est pas similaire puisque la société exploitante de Kaiseraugst était au bénéfice d'une autorisation générale [33].

La centrale de Mühleberg (BE) a également fait l'objet d'une certaine curiosité puisque sa sécurité a été mise en doute par un rapport de l'Institut d'écologie appliquée de Darmstadt (RFA), présenté par l'Association "Mühleberg sous la loupe". Cette étude décèle des points faibles dans la conception de l'enceinte de confinement (trop petite), dans la cuve pressurisée du réacteur (étanchéité des soudures) et dans le système d'arrêt d'urgence (fiabilité) [34] Conjuguées à une obsolescence générale de l'installation, ces déficiences augmentent, selon l'Institut, le risque de fusion du coeur. Ces conclusions furent infirmées par plusieurs acteurs, dont les Forces motrices bernoises (FMB) – propriétaires de l'installation – et le DFTCE [35]. Le Conseil fédéral, en réponse à des questions des députés Brügger (ps, FR) et Paccolat (pdc, VS), affirma n'avoir aucun doute quant à la sécurité de la centrale, celle-ci bénéficiant d'aménagements de sécurité supplémentaires récents. L'association "Mühleberg sous la loupe" demanda, en vertu de ces nombreuses protestations, l'instauration d'un dialogue public sur la sûreté de l'installation. Celui-ci eut lieu entre les autorités fédérales et l'Institut susmentionné sans que, toutefois, leurs experts respectifs ne parviennent à s'accorder. Le 9 novembre 1990, les FMB ont présenté, à l'OFEN, leur requête d'exploitation illimitée de Mühleberg [36].

Après avoir refusé une motion d'ordre Bär (pe, BE) [37] qui demandait que le projet de loi sur la radioprotection soit traité avant les votations énergétiques du 23 septembre, le Conseil national a adopté, à l'unanimité, ce texte. Incontestée dans son principe, cette nouvelle loi-cadre repose sur trois axiomes. Premièrement, toute exposition à des radiations doit être justifiée. Deuxièmement, toute exposition justifiée doit être aussi faible que possible. Troisièmement, les valeurs limites de dose doivent être fixées individuellement. La matière de cette nouvelle loi prête néanmoins à débat, comme le démontrent les seize divergences créées par la chambre du peuple par rapport à la version adoptée par le Conseil des Etats en 1988. Parmi ces dernières, signalons celle ayant trait à l'obligation de'secourir faite à certaines catégories de personnes en cas de catastrophe nucléaire. La députée Fankhauser (ps, BL) souhaitait voir cet article supprimé car elle y percevait les prémices d'un service obli gatoire pour les hommes et les femmes. Le conseiller national Thür (pe, AG) voulait rendre responsable de ce type d'intervention les propriétaires-exploitants des centrales nucléaires. La majorité du Conseil a finalement adopté une proposition subsidiaire Béguelin (ps, VD) qui stipule que les personnes engagées dans ces missions de sauvetage devront être particulièrement protégées. Parmi les autres divergences figure notamment celle concernant la responsabilité civile visant les applications médicales des rayonnements [38] .

Des seize divergences, le Conseil d'Etat en a maintenu deux lors de sa session d'hiver. La plus importante d'entre elles se réfère à la nécessité d'une vaste protection de la santé lorsqu'il y a concentration de nucléides radioactifs dans les denrées alimentaires [39] .

Dans ce contexte, les Chambres ont transmis un postulat de la commission du Conseil national qui sollicite l'établissement d'une statistique de la morbidité et du cancer dûs aux faibles doses radioactives [40].

Dans le cadre du stockage des déchets faiblement et moyennement radioactifs, le Conseil fédéral a exigé, en réponse à la requête de la CEDRA de 1988, la simultanéité des travaux sur les trois sites (Oberbauenstock (UR), 011on (VD) et Piz Pian Grand (GR)) initialement envisagés [41] . Dans ce contexte, les gouvernements uranais et grison s'élevèrent contre la proposition de la Division principale de la sécurité des installations nucléaires (DSN) recommandant la construction d'une galerie de sondage sur le seul lieu de l'Oberbauenstock. Sur trois des quatre sites, les travaux préparatoires sont terminés (Piz Pian Grand, Oberbauenstock) ou le seront dans deux ans (Wellenberg, NW). Le gouvernement recommanda donc à la CEDRA de centrer ses efforts sur la réalisation de recherches concrètes au Bois de la Glaive (011on, VD) [42]. Toujours dans le cadre de cette réponse, le Conseil fédéral chargea le DFTCE d'élaborer un protocole d'accord avec les cantons directemement concernés par la procédure susmentionnée [43] .

Dans un communiqué commun, l'ensemble des mouvements suisses d'opposition au stockage des déchets nucléaires — soutenus par Greenpeace, le WWF et les écologistes — sollicita la dissolution de la CEDRA, l'abandon des sondages précités ainsi que la mise au point d'un nouveau concept d'entreposage des déchets radioactifs [44]. Une telle innovation fut présentée par les conseillers nationaux Petitpierre (prd, GE) et Carobbio (ps, TI) qui, par le biais respectivement d'une interpellation et d'une motion, proposèrent d'entreposer les déchets incriminés dans l'enceinte même des centrales nucléaires en activité. Dans sa réponse au texte Petitpierre, le gouvernement fédéral rejeta cette possibilité, expliquant qu'un stockage dans un dépôt final souterrain était plus sûr et plus pratique qu'un entreposage à long terme dans un dépôt intermédiaire [45] . Par ailleurs, à l'interrogation contenue dans le postulat de la députée Bär (gps, BE) quant à l'interdiction de l'exportation de déchets dangereux vers les pays en développement, le Conseil fédéral mit en évidence une norme concernant celle des rebus radioactifs, inclue dans la nouvelle loi sur la radioprotection [46] .

A la suite de l'acception, par la Landsgemeinde nidwaldienne, des trois initiatives — finalement déclarées recevables par le tribunal constitutionnel cantonal — accordant un droit de participation à l'assemblée populaire dans l'octroi de concessions pour le stockage des déchets radioactifs, la CEDRA a décidé de faire recours auprès du Tribunal fédéral et du tribunal constitutionnel cantonal afin de clarifier la répartition des compétences relatives à l'entreposage des déchets radioactifs en Suisse [47].

Cependant, c'est dans le canton de Vaud que la situation de la CEDRA fut la plus inconfortable puisque, suite à l'opposition de la commune d'0llon et du Cado (Comité anti-déchets 0llon), elle ne put entreprendre ses travaux préliminaires [48]. Un compromis intervint néanmoins en janvier entre les opposants et le Conseil d'Etat vaudois, selon lequel la CEDRA fut autorisée à effectuer, sans entrave, ses premières mesures. En échange, le gouvernement cantonal fit part à l'exécutif fédéral de "ses doutes quant au principe d'un dépôt définitif non contrôlé des déchets radioactifs" [49].

Dans le cadre du stockage des déchets hautement et moyennement radioactifs à longue durée de vie, le dépôt intermédiaire prévu à Würenlingen (AG) sera construit et géré par la société ZWILAG (Zwischenlager Würenlingen AG), regroupant les quatre exploitants des centrales nucléaires suisses [50]. Ceux-ci ont décidé de prendre en main la construction d'une telle installation car ils seront prochainement confrontés à la reprise de leurs déchets traités à l'étranger. Comme, parallèlement, les capacités de stockage de la Confédération atteignent lentement leurs limites, que les aménagements actuels doivent être modernisés et que la construction de dépôts finals par la CEDRA accuse un certain retard, les exploitants des centrales nucléaires se sont lancés dans la réalisation d'un dépôt intermédiaire central pour déchets nucléaires devisé à quelque 250 millions de francs, dont la mise en service est prévue pour 1996 [51].

Cependant, lors du délai d'opposition, plus de 10 000 objections ont été formulées, provenant à raison de 94% d'Allemagne. Les opposants demandent que l'autorisation générale ne soit pas accordée. Les principaux arguments qu'ils avancent contre son octroi résident dans l'absence de recherche d'autres sites possibles, dans le défaut de protection contre les accidents, dans la non-étanchéité des conteneurs d'entreposage, dans les rejets ayant lieu au cours de l'exploitation normale du dépôt et dans le danger constitué par les transports de déchets. Ils craignent également que le dépôt, d'intermédiaire, ne devienne définitif. Ils arguent pour cela de la forte densité d'installations nucléaires dans la région, de la potentialité trop élevée de dangers d'accidents dûs à des événements extraordinaires ainsi que des trop grandes émissions radioactives [52].