D’un montant de 407 millions de francs, l’un des plus bas de l’histoire, le programme d’armement 2003 prévoyait l’acquisition de deux systèmes destinés à la défense aérienne. D’une part, il s’agissait de réaliser la deuxième phase du complément d’équipement des F/A-18 (292 millions de francs), la première ayant été votée dans le cadre du programme d’armement 2001. Le programme comprenait notamment l’acquisition d’un viseur intégré au casque de pilote et d’un nouveau système de transmission de données. D’autre part, l’achat de nouveaux missiles infrarouges « Sidewinder », en remplacement d’un matériel désuet sur les plans opérationnel et technologique, était prévu (115 millions de francs). Le Conseil fédéral a rappelé que ces avions de combat allaient être utilisés encore deux décennies au moins et que cela nécessitait le maintien de la valeur de leur flotte par des investissements réguliers. De plus, la protection aérienne étant d’une importance fondamentale dans l’Armée XXI, ces systèmes permettraient de maintenir une défense aérienne crédible. Le gouvernement a précisé que le contexte financier l’avait obligé à opérer des choix, malgré des besoins budgétaires plus volumineux. Il a toutefois estimé qu’une hausse des dépenses militaires serait nécessaire dans les années à venir, principalement en raison des exigences technologiques croissantes liées à la mise en œuvre d’Armée XXI [29].

Le Conseil national a abordé le dossier en tant que premier conseil. Au nom du groupe socialiste et d’une minorité de la commission, le soleurois Boris Banga a proposé de ne pas entrer en matière, un programme d’armement n’ayant pas lieu d’être en ces temps de restrictions budgétaires. De plus, l’importation de matériel de guerre de pays en conflit, dans ce cas les Etats-Unis d’Amérique, posait problème. Il a également regretté la dépendance de la Suisse, à l’égard de ce même Etat, en matière d’armement. En outre, le choix d’une entreprise israélienne comme fournisseur, bien que représentée par une filiale américaine pour ces achats, serait en contradiction avec la volonté du Conseil fédéral d’interrompre le commerce d’armement avec Israël. L’ordre des priorités gouvernementales en matière de politique de sécurité a enfin été invoqué pour justifier la requête de non entrée en matière, la défense du territoire ne constituant pas une priorité absolue d’Armée XXI. Par la voix du neuchâtelois Fernand Cuche, les écologistes ont apporté leur soutien à la minorité appelant au rejet du programme d’armement. Les partis bourgeois ont soutenu le programme lors du vote. L’ensemble du projet a été accepté par 102 voix contre 49. La chambre haute, a également approuvé le projet, malgré l’opposition de la gauche [30].

Le gouvernement a estimé que l’opération militaire lancée contre l’Irak l’ayant été sans l’autorisation explicite du Conseil de sécurité des Nations Unies, elle constituait un cas d’application du droit de la neutralité. Assimilant cette guerre à un conflit armé entre Etats, la Suisse ne devait contribuer d’aucune manière aux opérations militaires et aux efforts de guerre. De plus, un certain nombre de restrictions relatives à l’utilisation de l’espace aérien avaient été décidées. Ainsi, les exportations de matériel de guerre ont été interdites à la Confédération. De même la RUAG, et les entreprises dont la Confédération détenait la majorité, ne pouvaient augmenter leur volume d’échange (courant normal) en raison des opérations militaires. Cette surveillance accrue concernait également les entreprises du secteur privé. Lors d’une séance tenue à la mi-avril, le Conseil fédéral a estimé que les mesures prises en application du droit de la neutralité, notamment concernant les exportations d’armes, pouvaient être levées. Il a justifié sa décision par le fait que les opérations militaires touchaient à leur fin. Cette mesure, jugée hâtive par certains commentateurs, a permis de sauver le contrat de vente de 32 avions de chasse « Tiger F5 ». Cet accord serait devenu caduc si aucun appareil n’avait été livré à la marine américaine avant la fin du mois d’avril. Les crédits budgétés pour cet arrangement seraient arrivés à échéance. Un premier avion a ainsi été livré, les autres devant l’être progressivement. Le DDPS a précisé que les aéronefs étaient destinés à des fins de formation. Le contrat prévoit l’achat d’un premier appareil assorti d’une option pour 31 nouvelles pièces en cas d’essais positifs [31].

Après le Conseil national, celui des Etats a examiné la loi fédérale sur le soutien à l’élimination et à la non-prolifération des armes chimiques, complétée par l’arrêté fédéral relatif au soutien au désarmement chimique universel prévoyant un crédit-cadre de 17 millions de francs pour une période minimale de cinq ans. Pour la commission, le démocrate-chrétien (JU) Pierre Paupe, dont une motion était à l’origine du projet, a rappelé qu’il s’agissait pour la Suisse de concrétiser sa participation à la destruction d’armes chimiques, notamment en Russie. La chambre haute a accepté les deux textes à l’unanimité, au plénum et au vote final. Au vote final, le Conseil national a fait de même [32].