Das befristete Gesetz über den Aufbau des Bundesverwaltungsgerichts stiess auch im Nationalrat auf Zustimmung und wurde vom Parlament in der Frühjahrssession gutgeheissen. In der Herbstsession wählte die Vereinigte Bundesversammlung die neuen 72 Richterinnen und Richter dieser Institution; zum Präsidenten wurde Hans Urech erkoren. Das Gericht, das weitgehend die bestehenden Verwaltungsrekurskommissionen ersetzt, wird seine Arbeit im Jahr 2007 aufnehmen. Standort wird vorerst Bern sein; der Umzug nach St. Gallen, wo zuerst ein neues Gebäude erstellt werden muss, ist für 2011 vorgesehen.

Noch bevor das Bundesverwaltungsgericht seine Arbeit aufgenommen hatte, erklärte der im Vorjahr zum Präsidenten gewählte Hans Urech seinen Rücktritt wegen Arbeitsüberlastung. Zum neuen Präsidenten wählte die Vereinigte Bundesversammlung den ebenfalls der SVP angehörenden Christoph Bandli.

Mit der Wahl zweier Richter der SVP ans Bundesverwaltungsgericht – Christoph Rohrer und David Weiss – wurde die Untervertretung der Volkspartei laut Präsident der Gerichtskommission auf ein akzeptables Mass reduziert. Die CVP-Kandidatin Karin Huber-Studerus hatte keine Chance, obwohl auch die CVP eine Untervertretung anmahnte. Beide SVP-Richter werden im Bereich des Gesundheits- und Sozialversicherungsrechts tätig sein. Bereits in der Frühjahrssession hatte die Bundesversammlung vier Mitglieder gewählt, damals allerdings ohne Gegenkandidaturen. Die vakante Richterstelle deutscher Sprache besetzt neu Esther Karpathakis (glp) und für die drei Richterstellen französischer Sprache wurden Sylvie Cossy (gp), Pascal Richard (cvp) und William Waeber (sp) gewählt.

Weil aufgrund der Rücktritte von Robert Galliker (parteilos), Markus Metz (fdp) und André Moser (fdp) per Ende Juli drei Stellen vakant wurden, waren Ersatzwahlen für das Bundesverwaltungsgericht nötig. Das neue Mitglied in Abteilung III (Sozialversicherungen und öffentliche Gesundheit) sollte französischsprachig sein, die Stellen in Abteilung I (Infrastrukturprojekte, Umweltschutz, Enteignungen, Datenschutz, Bundespersonal, Raumplanung, Staatshaftung) und Abteilung IV (Asylrecht) waren mit deutschsprachigen Mitgliedern zu besetzen. Nachdem insgesamt über 30 Bewerbungen eingegangen waren (20 für Abteilung I, 4 für Abteilung III und 8 für Abteilung IV) empfahl die Gerichtskommission (GK-V) drei Frauen zur Wahl. Deren Parteizugehörigkeit käme der momentanen Unterrepräsentation von SVP, CVP und BDP entgegen, die Kandidatinnen würden den Sprachanforderungen entsprechen und mit der Wahl von drei Frauen könnte der Frauenanteil deutlich auf 37,5 Prozent erhöht werden. Christine Ackermann (cvp, Abteilung II), Caroline Bissegger (svp, Abteilung I) und Daniela Brüschweiler (bdp, Abteilung IV) wurden von allen Fraktionen unterstützt und in der Sommersession von der Bundesversammlung mit 208 (Ackermann und Bissegger) bzw. 205 (Brüschweiler) von 213 eingegangenen Stimmen gewählt.

Mit dem Rücktritt von zwei SP-Mitgliedern waren die Sozialdemokraten beim Bundesverwaltungsgericht mit -2,43 Stellen untervertreten. Da allerdings auch die GLP (-1,87 Stellen) sowie die CVP (-0,91 Stellen) eher unterrepräsentiert waren, wurden die per Ende 2015 zurücktretende Ruth Beutler (sp) sowie der per Frühling 2016 abtretende Walter Stöckli (sp) nur mit einem SP-Richter ersetzt, nämlich mit Martin Kayser (sp). Die zweite vakante Stelle wurde mit Barbara Balmelli-Mühlematter von der GLP besetzt. Die beiden Kandidierenden wurden aus 15 Bewerbungen ausgewählt. Balmelli-Mühlematter wurde in der Herbstsession von der Bundesversammlung mit 171 von 187 gültigen Stimmen für Abteilung V (Asylrecht) und Kayser mit 182 von 187 Stimmen für Abteilung III (Ausländerrecht und Bürgerrecht) gewählt.