A son tour, le Gouvernement jurassien est intervenu avec fermeté en décidant de porter "l'affaire des caisses noires bernois" devant le Conseil fédéral. Dénonçant la «fraude et la corruption électorales» qui auraient marqué la procédure plébiscitaire (Force démocratique a reçu du Conseil-exécutif bernois de 1974 à 1982 CHF 730'000), celui-ci a réclamé l'intervention du gouvernement fédéral qui était chargé de veiller à la régularité des scrutins. Dans leur requête, les ministres jurassiens demandaient non seulement que l'enquête soit étendue aux quatorze directions bernoises, mais aussi que les scrutins entachés d'irrégularités soient déclarés viciés et que les populations concernées puissent se prononcer librement, à l'avenir, sur leur intention de quitter à leur tour le canton de Berne pour rejoindre celui du Jura. Sur le plan du partage des biens, l'exécutif jurassien a également adressé une lettre à son homologue bernois afin de reprendre les négociations et de corriger la répartition, comme le protocole final de l'accord signé par les deux cantons lui en donne le droit si des faits nouveaux viennent à modifier les données du problème. Par une déclaration publique, le gouvernement de l'ancien canton a fait savoir qu'il ne saurait être question de remettre en cause ce partage des biens, celui-ci ayant été établi sur la base de la situation de fortune au 31 décembre 1978. Il a par ailleurs tenu à préciser que ce ne sont pas les versements en eux-mêmes qu'avait contestés la commission d'enquête, mais la compétence du gouvernement à en décider. Le Grand Conseil bernois a approuvé une motion de la majorité de la commission d'enquête invitant le Conseil-exécutif à créer les bases juridiques nécessaires pour qu'il puisse verser à l'avenir des fonds à des organisations et institutions en relation avec la situation politique particulière du Jura bernois. Le ministre F. Lachat a fait savoir que le dernier acte pourrait se jouer au Tribunal fédéral. Pour sa part, le Conseil de ville de Moutier a également interpellé le Conseil fédéral pour exiger réparation. Dans la cité prévôtoise, seules 70 voix séparaient Jurassiens et Bernois le 23 juin 1974. En face, Force démocratique s'est bornée à rappeler son attachement au canton de Berne, ceci devant légitimer les sommes reçues. Le Grand Conseil bernois, en incitant le gouvernement à jeter des bases légales pour le versement de tels fonds, a rejoint l'organisation antiséparatiste dans son attitude.

In der offiziellen Jurapolitik wurden im Berichtsjahr weder neue Akzente gesetzt noch Fortschritte erzielt. Die Regierung des Kantons Jura setzte ihre Bemühungen fort, das Ergebnis des Plebiszits, das 1975 zum Verbleib der südlichen Amtsbezirke beim Kanton Bern geführt hatte, wegen der im Zusammenhang mit der Berner Finanzaffäre aufgedeckten Zahlungen an die Berntreuen zu annullieren. Der Bundesrat erklärte sich ein zweites Mal – nachdem er die Klage bereits im Jahr zuvor an das Bundesgericht übergeben hatte – für die Behandlung des Rekurses nicht zuständig und verwies die jurassische Regierung erneut an das Bundesgericht, worauf diese ihr Anliegen bei der Bundesversammlung vorbrachte.

Das Urteil des Bundesgerichts über die Abstimmung im Laufental gab auch denjenigen neue Hoffnung, welche sich für den Anschluss der bernisch gebliebenen südjurassischen Bezirke an den Kanton Jura einsetzen. Auch sie hatten nach der Aufdeckung der finanziellen Unterstützung von Berntreuen durch die Berner Regierung Beanstandungen gegen die Plebiszite von 1974 und 1975 angemeldet. Die Ausgangslage ist hier insofern komplizierter als im Laufental, weil das Ergebnis dieser Abstimmungen nicht zur Beibehaltung des Status quo, sondern zur Gründung des Kantons Jura geführt hatte. Konkret hatte die Regierung des Kantons Jura am 14. November 1985 verlangt, dass der Bundesrat die von der Berner Regierung vorgenommenen Zahlungen untersuche und bei allfälligen Unregelmässigkeiten die betroffenen Abstimmungen annuliere und neu ansetze. Die Landesregierung hatte sich als nicht zuständig erklärt und das Gesuch an das Bundesgericht überwiesen. Die jurassische Regierung hatte jedoch auf der Zuständigkeit des Bundesrates insistiert und zu diesem Zweck an das Parlament appelliert. Dieses bestätigte nun aus formalen Gründen den Entscheid des Bundesrates. Erst wenn sich das Bundesgericht als ebenfalls nicht zuständig erklären würde, könnte die Bundesversammlung als Aufsichtsorgan entscheiden, von welcher Instanz die Eingabe zu behandeln sei.

Die von der jurassischen Regierung eingereichte Beschwerde gegen die Plebiszite von 1974, welche dazu geführt hatten, dass sich der neue Kanton nur aus den drei nördlichen Bezirken zusammensetzt, wurde vom Bundesgericht noch nicht behandelt. Die Kantonsregierung reichte eine zusätzliche Beschwerde gegen die Vermögensaufteilung ein: auch diese müsse nach dem Aufdecken der von der Berner Regierung geführten "schwarzen Kassen" revidiert werden. (Zur Vermögensaufteilung siehe auch hier.) In der Frage der umstrittenen Kantonszugehörigkeit der Gemeinden Vellerat (BE) und Ederswiler (JU) wurde bekannt, dass das EJPD 1988 den beteiligten Kantonen einen Staatsvertrag über den Abtausch der beiden Orte vorgeschlagen hatte. Diese Lösung entspräche dem von der Berner Regierung bereits früher gemachten, aber von den jurassischen Behörden und der Gemeinde Vellerat stets abgelehnten Vorgehen.

Nach dem Bekanntwerden der verdeckten Zahlungen der Berner Regierung an die berntreuen Organisationen hatte die jurassische Regierung beim Bundesgericht Beschwerde gegen die Plebiszite von 1974 und 1975, welche zum Verbleiben der drei südlichen jurassischen Bezirke bei Bern geführt hatten, erhoben. Am 13. März beschloss das Bundesgericht einstimmig, aus formalen Gründen auf diese Beschwerde nicht einzutreten. Da der Kanton Jura zur Zeit der Plebiszite noch nicht existiert hat, kommt ihm gemäss dem Urteil keine Klagelegitimation zu; eine Beschwerde hätte demnach zeitgerecht, d.h. nach der Aufdeckung der verdeckten Zahlungen, von einer 1974 stimmberechtigten Person eingereicht werden müssen. Das Bundesgericht wies gleichzeitig auch die jurassische Klage auf Rückerstattung eines Teils der Schwarzgelder ab.