In der Sommersession 2025 begann auch der Ständerat mit der Differenzbereinigung des indirekten Gegenvorschlags zur Volksinitiative «Für eine zivilstandsunabhängige Individualbesteuerung (Steuergerechtigkeits-Initiative)». Zwischen den beiden Kammern waren noch drei Differenzen offen. Die erste Differenz betraf die Möglichkeit, die kinderbezogenen Abzüge auf den Ehepartner oder die Ehepartnerin zu übertragen. Hier hatte die Kommission mit 7 zu 6 Stimmen entschieden, am früheren Entscheid der kleinen Kammer festzuhalten und die Übertragbarkeit beizubehalten, da der Abzug bei Elternteilen mit keinem oder tiefem Einkommen ansonsten «ins Leere fallen würde». Jedoch schlage die Kommission eine Kürzung des Kinderabzuges von CHF 12'000 auf CHF 10'700 vor, um die aus der Übertragbarkeit entstehenden Mindererträge von bis zu CHF 130 Mio. zu kompensieren – eine Minderheit um Eva Herzog (sp, BS) forderte aus diesem Grund die Streichung der Übertragbarkeit der Kinderabzüge. Die kleine Kammer entschied sich im Anschluss mit 22 zu 22 Stimmen und Stichentscheid von Ratspräsident Andrea Caroni (fdp, AR) für den Antrag der Minderheit. Bei Streichung der Übertragbarkeit sollte gemäss einem Einzelantrag von Eva Herzog überdies auch das Einsichtsrecht in die Steuerunterlagen des Ehepartners oder der Ehepartnerin gestrichen werden. Erneut wurde der Einzelantrag Herzog mit Stichentscheid des Ratspräsidenten angenommen. Die letzte Differenz betraf die Ausgestaltung des Steuertarifs, wobei sich der Nationalrat zuletzt für einen weniger progressiven Tarif als der Ständerat, aber für einen progressiveren als der Bundesrat in der Botschaft entschieden hatte. Im Namen der Kommissionsmehrheit empfahl Hans Wicki (fdp, NW) dem Nationalrat zu folgen, da dessen Tarif einen Kompromiss darstelle und im Unterschied zum ständerätlichen Tarif zu weniger Steuerausfällen führen würde. Eine Minderheit um Erich Ettlin (mitte, OW) forderte, zum ursprünglichen Tarif der bundesrätlichen Botschaft zurückzukehren, da der progressivere Tarif des Nationalrates zwar die Steuerausfälle geringer halte, dafür aber den Mittelstand stark belasten würde. Erneut war ein Stichentscheid des Ratspräsidenten nötig, wobei der Ständerat dem Antrag der Kommissionsmehrheit folgte.
Nachdem die verbliebenen Differenzen im indirekten Gegenvorschlag bereinigt worden waren, setzte der Ständerat die Beratung zur «Steuergerechtigkeits-Initiative» der FDP-Frauen fort. Die Kommissionsmehrheit hatte die Volksinitiative zuvor mit 7 zu 6 Stimmen zur Annahme empfohlen. Die Initiative schaffe Anreize für Frauen, erwerbstätig zu sein, wodurch circa 40'000 bis 60'000 Vollzeitstellen besetzt werden könnten. Eine Minderheit um Pirmin Bischof (mitte, SO) forderte, die Initiative zur Ablehnung zu empfehlen. Zwar schaffe die Initiative die Heiratsstrafe ab, führe aber gleichzeitig eine «Hauptverdiener- und Hauptverdienerinnenstrafe» ein, wodurch eine Benachteiligung durch eine andere ersetzt würde. Auch Bundesrätin Karin Keller-Sutter sprach sich für eine Empfehlung auf Ablehnung der Initiative aus, da es für die Einführung der Individualbesteuerung keine Verfassungsänderung brauche, wie der indirekte Gegenvorschlag des Bundesrates zeige. Der Ständerat folgte jedoch mit 22 zu 22 Stimmen mit Stichentscheid des Ratspräsidenten der Kommissionsmehrheit und empfahl die Initiative zur Annahme.
In den folgenden Schlussabstimmungen nahm der Ständerat sowohl den indirekten Gegenvorschlag als auch den Bundesbeschluss über die Volksinitiative mit 22 zu 21 Stimmen an. Der Nationalrat tat es der kleinen Kammer gleich und hiess beide Vorlagen mit 101 zu 93 Stimmen gut. In beiden Kammern stimmten die Fraktionen der Mitte und der SVP geschlossen für eine Ablehnung des Bundesbeschlusses zur «Steuergerechtigkeits-Initiative» sowie des indirekten Gegenvorschlags. Die übrigen Fraktionen stimmten geschlossen für deren Annahme. Zuvor hatte Philipp Matthias Bregy (mitte, VS) im Namen der Parteien der SVP und der Mitte sowie des Bauernverbands angekündigt, das Referendum gegen den Gegenvorschlag ergreifen zu wollen.
Einige Tage nach den Schlussabstimmungen informierte das Initiativkomitee die Bundeskanzlei über den bedingten Rückzug der «Steuergerechtigkeits‑Initiative».