Le Conseil national s’est saisi du dossier lors de la session de printemps de l’année sous revue. Il a décidé de supprimer le contingentement laitier, introduit en 1977. Les rapporteurs de la commission ont rappelé qu’on ne saurait maintenir à terme ce système, alors que les prix fixes seront abandonnés. Le national s’est cependant démarqué du Conseil fédéral, en fixant la date butoir à 2009 et non 2007, et du Conseil des Etats, en n’acceptant pas l’introduction d’un délai d’abandon anticipé à 2006 pour les producteurs bio ou de montagne. La seule opposition de principe à ce changement a été celle du démocrate du centre Toni Brunner (SG), qui n’a obtenu que 21 voix. Une proposition rose-verte demandant le démantèlement en avril 2007 n’a pas trouvé grâce aux yeux des parlementaires. En matière de produits issus de modes de production interdits en Suisse, la proposition Beck (pl, VD), visant à en interdire l’importations (par exemple la viande de bœuf américaine aux hormones), n’a pas obtenu de majorité. La solution de la commission, permettant au gouvernement d’augmenter les droits de douane de ces produits, ou d’en interdire l’importation, s’est imposée. Elle avait l’avantage d’être plus flexible et de ne pas être contraire à certains engagements internationaux de la Suisse. Dans le cadre de l’OMC, une interdiction d’importation d’un produit ne se justifie en effet que par la démonstration de sa nocivité, exigence très difficile à remplir. La chambre basse s’est ainsi distanciée du Conseil des Etats. Les limites de revenu et de fortune fixées par le Conseil national pour l’attribution des paiements directs ont introduit une nouvelle divergence entre les deux chambres. L’introduction d’une limite de revenu a été acceptée par 102 voix (46 ps, 19 pdc, 15 prd, 10 pes, 6 udc) contre 65 (31 udc, 18 prd, 10 pdc, 6 pls). Le député bernois Hermann Weyeneth (udc) a défendu la suppression de toute condition liée aux ressources des agriculteurs, estimant que les paiements directs représentent une rémunération pour des prestations agricoles (entretien du paysage…). Cette position était également celle du Conseil fédéral. Les partisans de telles limites ont notamment invoqué la nécessité d’établir ce lien afin de rendre le projet plus acceptable par la population. Des exigences de formation professionnelle ont en outre été introduites pour le versement de paiements directs. De nombreuses propositions des socialistes et des verts de conditionner le versement de paiements directs à des critères écologiques ont été rejetées.

Concernant les importations de viande, le Conseil fédéral souhaitait l’introduction d’un système de mise aux enchères des contingents et l’abandon du système d’attribution en fonction du nombre d’animaux indigènes abattus, très favorable aux importateurs. Alors que le Conseil des Etats s’était opposé à un tel changement, la chambre du peuple l’a accepté pour 90% des importations de viande. La résistance est avant tout venue des paysans issus des rangs de l’UDC. Ce mécanisme devrait rapporter environ 150 millions de francs par année à la Confédération, montant intégralement réinjecté dans l’agriculture grâce au soutien apporté à la proposition du démocrate du centre Caspar Baader (BL). Une correction à cette décision a été apportée en mai avec un nouveau vote, suite à l’intervention de la socialiste Hildegard Fässler (SG). Elle a brandi la menace d’un refus du projet par le groupe socialiste si on ne revotait pas. Pour Joseph Deiss, qui a également désapprouvé la décision de mars, les 150 millions devaient être répartis à hauteur de 100 millions pour le financement agricole et à hauteur de 50 millions pour l’élimination des déchets carnés. Cette solution a été retenue par le plénum. Une exception a toutefois été prévue pour les 10% restants avec le maintien d’un lien entre importation et marché indigène. Cette mesure d’exception était avant tout destinée à ne pas défavoriser les régions de montagne. Concernant la viticulture, la tentative du vaudois André Bugnon (udc) de permettre au Conseil fédéral de prendre des mesures ponctuelles, en cas de surplus causés par les importations, a échoué. Le soutien à la reconversion (jusqu’en 2011) a été plébiscité, sans toutefois que cette dépense ne passe l’écueil du frein aux dépenses. L’examen intégral de la réforme n’a pas pu être terminé lors de la session de printemps.

C’est lors de la session de mai que le Conseil national a poursuivi les débats. En cas d’abandon d’exploitation, une aide d’Etat à la reconversion dans des professions non agricole a été acceptée. Le Conseil national a ainsi suivi tacitement le Conseil des Etats. Pour le soutien aux agriculteurs prenant leur retraite anticipée, le principe a été accepté mais les moyens financiers n’ont pas été accordés. Lors du vote sur le frein aux dépenses, le résultat de 100 contre 6 ne s’est pas révélé suffisant, le quorum étant fixé à 101. Le démocrate-chrétien Anton Eberhard (SZ) a obtenu, contre l’avis de Joseph Deiss, une indemnité destinée à préserver la culture d’arbres fruitiers à haute tige. Le conseiller fédéral a, sans succès, rappelé que des aides étaient déjà possibles dans ce domaine et que l’argent manquait pour cette nouvelle mesure. Une coalition des représentants du monde agricole, de socialistes et d’écologistes est parvenue à imposer un moratoire, valable jusqu’à la fin 2009, sur l’importation et la mise en circulation des organismes génétiquement modifiés (OGM) destinés à être utilisés dans l’environnement (par exemple des semences). Les arguments de la bernoise Simonetta Sommaruga (ps), proche des milieux de défense des consommateurs, ont séduit de nombreux représentants de la paysannerie. Elle a notamment affirmé qu’une telle mesure constituerait un avantage comparatif pour les produits suisses. En précisant clairement leur mode de production, les producteurs indigènes auraient ainsi la possibilité de compenser le handicap du prix par une dénomination « sans OGM ». Elle a également mentionné, comme preuve des préoccupations des citoyens en la matière, le succès obtenu dans les deux premiers mois de la récolte des signatures en faveur de l’initiative « pour des aliments produits sans manipulations génétiques ». Les partisans ont également mentionné le risque, pour les paysans utilisant de telles semences, de devenir dépendants de l’industrie chimique et des brevets. Une minorité de la commission, emmenée par le radical Charles Favre (VD), mais défendue par Gerold Bührer (prd, SH) au plénum, a estimé que l’image de la Suisse, en tant que lieu de recherche, serait certainement affectée par une telle décision. Joseph Deiss, au nom du gouvernement, s’est exprimé dans le même sens. Le radical Claude Frey (NE) a déploré que l’on tente d’introduire un moratoire de manière sournoise, au moyen des dispositions transitoires de la loi sur l’agriculture. De plus, il a rappelé que le débat avait eu lieu dans le cadre des délibérations sur Gen-Lex et qu’il continuerait avec l’initiative populaire lancée en début d’année. L’enveloppe financière de 14,092 milliards pour la période de 2004 à 2007 a été acceptée à une large majorité. La distribution des fonds reflète également les grandes orientations prises par la politique agricole fédérale. Les paiements directs augmentent de 5%, à 10,017 milliards environ. Les mesures destinées à améliorer les bases de production et les mesures sociales progressent également de 1,5%, à 1,129 milliard de francs. Quant aux mesures de soutien au marché, elles baissent de 10%, à 2,946 milliards de francs. Ce crédit-cadre est toujours susceptible d’être modifié lors des débats budgétaires annuels ou des programmes d’allégements budgétaires.

Le moratoire pour les OGM, introduit par le Conseil national, a été rejeté (29 voix contre 6) au Conseil des Etats, où la gauche et les agriculteurs ont moins d’influence. Pour la commission, le radical glaronais Fritz Schiesser a motivé ce refus par les effets négatifs d’une telle disposition sur la Suisse comme lieu de recherche et de production de ces technologies. Il a également rappelé que l’UE était sur le point de suivre notre pays dans sa volonté de réglementer sévèrement cette matière, sans toutefois emprunter la voie d’une interdiction, et qu’il serait dès lors maladroit de s’isoler. Il a enfin expliqué qu’avec une politique agricole exigeant des exploitants un esprit d’entreprise, on ne pouvait pas les mettre sous tutelle en leur imposant les produits à commercialiser. Un refus de produits à base d’OGM par les consommateurs amènerait ainsi naturellement les producteurs à y renoncer. Les conseillers aux Etats ont partiellement rejoint le National en acceptant de fixer un plafond de revenu et de fortune pour l’attribution des paiements directs. Au nom du Conseil fédéral, le ministre de l’agriculture Joseph Deiss a, sans succès, appelé à soutenir la minorité Cornu (prd, FR), opposée à la fixation d’une limite et à la solution de compromis de la commission. Les sénateurs ont maintenu leur refus d’introduire des conditions plus strictes d’attribution d’IGP, la solution du National étant jugée impraticable et injustifiée. La réglementation des importations de viande a été modifiée dans le sens du Conseil fédéral avec l’acceptation de la mise aux enchères, dès 2009, de contingents d’importation. Suivant la minorité David (pdc, SG), désireuse de ne pas exclure les petites boucheries du marché, le plénum a toutefois accepté un garde-fou permettant un retour à l’ancien système en cas de concentration excessive. En matière de contingentement laitier, sa suppression pour 2009 a été admise, les organisations privées ayant déjà la possibilité d’en sortir dès 2006. Une minorité, emmenée par le grison Theo Maissen (pdc), est parvenue à faire mentionner explicitement les producteurs des régions de montagne. La majorité des conseillers aux Etats a estimé qu’un soutien supplémentaire à la culture d’arbres fruitiers à hautes tiges n’était pas souhaitable en période de restrictions budgétaires. Le Conseil des Etats a enfin adopté tacitement l’Arrêté fédéral sur les moyens financiers destinés à l’agriculture pour les années 2004-2007.

L’interdiction de l’utilisation d’OGM dans l’agriculture a finalement été rejetée par la chambre du peuple lors de la session d’été, comme recommandé par la commission. Une minorité emmenée par le démocrate du centre thurgovien Hansjörg Walter, par ailleurs président de l’Union suisse des paysans, a milité pour son maintien. Par 77 voix contre 70 (quatre abstentions), les députés sont revenus sur leur décision prise lors de la première lecture en mai. En matière de contingentement laitier, le Conseil national a suivi le Conseil des Etats mais sans privilégier les régions de montagne. Les parlementaires se sont également logiquement ralliés aux conseillers aux Etats et ont supprimé les parts de contingents tarifaires pour le beurre. Cette disposition, étroitement liée au système de contingentement laitier, était dès lors appelée à disparaître. Les importations de viande ont été réglementées selon les souhaits du Conseil fédéral et de la majorité de la commission. Par souci de transparence, le système des enchères a été retenu. Une minorité, emmenée par le démocrate du centre Hansjörg Walter (TG), a tenté, sans succès, d’obtenir du gouvernement l’assurance que les grands distributeurs ne monopoliseraient pas les contingents d’importation au détriment des boucheries artisanales. Joseph Deiss a pris l’exemple des enchères de contingents de spécialités de viande (jambon de Parme entre autres), où la crainte de la prise de contrôle du marché par les grands distributeurs ne s’était pas réalisée. La différence concernant les Indications Géographiques Protégées a été éliminée. Le Conseil national a accepté la solution du Conseil des Etats qui n’oblige pas que les produits obtenant une telle protection ne soient fabriqués à partir de matières premières suisses. La viande des Grisons pourra ainsi toujours être produite à base de viande de bœuf argentin. Le plafonnement du revenu et de la fortune pour l’attribution de paiements directs a été maintenu, sans que soit admise la proposition du Conseil des Etats de traiter différemment les exploitants mariés. Contre l’avis de sa commission, le plénum a suivi la minorité Eberhard (pdc, SZ) demandant une aide financière supplémentaire pour la culture d’arbres fruitiers à hautes tiges. Le montant n’a toutefois pas passé l’écueil du vote sur le frein aux dépenses, le quorum n’ayant pas été atteint. La chambre basse a par ailleurs maintenu ses positions concernant l’interdiction de l’importation de produits issus de modes de production non autorisés en Suisse.

Les deux dernières divergences ont été aplanies tacitement avec l’acceptation des solutions de la chambre haute concernant les limites de revenu et de fortune pour les paiements directs, ainsi que celle relative au refus d’accorder un soutien à la culture d’arbres fruitiers à haute tige. Le plénum a suivi les recommandations de la commission compétente, recommandant d’accepter le modèle prévoyant une limite, tout en admettant son rehaussement pour les exploitants mariés. Sur le second thème, le Conseil national a renoncé à cette exigence émanant de ses rangs et a suivi la décision du Conseil des Etats.

L’Arrêté fédéral sur les moyens financier destinés à l’agriculture avait été définitivement accepté au début du mois de juin. Les autres textes constitutifs de la Politique agricole 2007 ont été adoptés à la fin de cette même session d’été. La loi sur l’agriculture a été acceptée à l’unanimité au Conseil des Etats et par 92 voix contre 17 au National. Les lois fédérales sur le droit foncier rural, sur le bail à ferme agricole, sur les épizooties, sur la protection des animaux, ainsi que la modification du Code civil suisse ont été soutenus à l’unanimité dans les deux chambres.

Sur les six divergences demeurant avant ce troisième examen de la réforme par la chambre haute, quatre ont été éliminées : l’édiction par le Conseil fédéral de dispositions relatives à la déclaration des produits issus de mode de production interdits en Suisse (relèvement des droits de douane ou interdiction de leur importation), la réglementation concernant le contingentement laitier (renoncement à une traitement particulier pour les régions de montagne), la mise aux enchères des contingents de viande et une modification de la loi sur les épizooties (compétence du Conseil fédéral de fixer le montant des taxes perçues sur le commerce du bétail afin de couvrir les coûts de prévention et de lutte contre les épizooties). Le Conseil des Etats a cependant maintenu sa position favorable à une augmentation du plafond de revenu et de fortune pour l’octroi de paiements directs aux exploitants mariés dont le conjoint exerce une activité rémunérée. Il a également confirmé son refus d’accorder un soutien financier supplémentaire à la culture d’arbres fruitiers à haute tige.