Nach den Nationalratswahlen kündigte Ueli Maurer seinen Rücktritt vom Parteipräsidium an. Er war der SVP zwölf Jahre lang vorgestanden. Als Rücktrittsgrund nannte Maurer, dass er mit der Partei alle Ziele erreicht habe. Als mögliche Kandidaten für seine Nachfolge galten die Nationalräte Toni Brunner (SG) und Adrian Amstutz (BE). Auch der Generalsekretär der SVP, Gregor Rutz, teilte seinen Rücktritt mit. Er war seit sieben Jahren im Amt gewesen.

An der Delegiertenversammlung vom 1. März in Frauenfeld (TG) wurde Toni Brunner zum neuen Parteipräsidenten gewählt. Der St. Galler, der 1995 als 21-Jähriger in den Nationalrat gewählt worden war, gilt als Ziehsohn Christoph Blochers. Die SVP-Kantonalpartei St. Gallen hatte während seines Präsidiums grossen Zuwachs verbuchen können. In der Presse überwog die Einschätzung, dass Brunners Vorteile vor allem in seiner optimistischen Ausstrahlung und lockeren Art liegen. Seine Dossierkenntnisse wurden jedoch als nicht sehr gut bezeichnet. Als weiteren Nachteil Brunners wurden seine schlechten Französischkenntnisse genannt – er kündigte jedoch an, diese zu verbessern. Auch die vorgeschlagenen Vizepräsidenten, darunter Blocher, wurden gewählt. Die Delegierten bestätigten den Fraktionsausschluss von Schmid und Widmer-Schlumpf deutlich, einige Gegenstimmen dazu gab es aus den Kantonen Bern und Graubünden. Der Oppositionskurs der SVP wurde mit 506 zu 25 Stimmen befürwortet. Die Delegierten stimmten auch der Idee zu, ein Ja zur Personenfreizügigkeit mit Rumänien und Bulgarien von einem Entgegenkommen der EU in Steuerfragen abhängig zu machen.

Im Januar 2016 hatte Toni Brunner (svp, SG), der amtierende Parteipräsident der SVP, angekündigt, sein Amt niederzulegen. Der Toggenburger hatte der Partei acht Jahre lang vorgestanden und machte sie in seinem letzten Präsidialjahr bei den eidgenössischen Wahlen 2015 mit einem Wählendenanteil von 29.4 Prozent zur stärksten Partei seit Einführung der Proporzwahlen. Brunner hatte das Amt angetreten, als Christoph Blocher (svp, ZH) im Bundesrat nicht mehr bestätigt worden war und die SVP kurze Zeit als reine Oppositionspartei angeführt. Bei seinem Abtritt verfügte die SVP wieder über zwei Bundesräte. Neben Toni Brunner gab auch Christoph Blocher bekannt, sein Amt als Vizepräsident abzugeben, und auch der langjährige Generalsekretär der Partei, Martin Baltisser, der bereits in den 1990er Jahren und dann ein zweites Mal seit 2009 das Generalsekretariat geführt hatte, gab seinen Rücktritt bekannt. Dies wurde in der Presse als «Ende einer Ära» (Liberté) oder gar als «Zeitenwende» (NZZ) beschrieben.

Gleichzeitig mit der Bekanntgabe des Rücktritts von Brunner schlug die SVP-Leitung als Nachfolger den Berner Nationalrat Albert Rösti (svp, BE) vor. In der Presse wurde der «Null-Charisma-Mann» als «brav» (BaZ) bezeichnet. Er sei zwar «sanft im Auftritt, aber absolut linientreu» wusste der Tages-Anzeiger. Es könne deshalb von Kontinuität ausgegangen werden. Auch die Zeitung «Der Bund» rechnete nicht damit, dass sich mit einem Berner Präsidenten an der Ausrichtung der Partei etwas ändern werde. Die Zeit in der «eine gemässigte Berner SVP gegen den neoliberalen Zürcher Flügel kämpfte» sei vorbei. Immerhin habe der «Hardliner [...] Berner Rundungen» meinte die BZ. Da er im Gegensatz zu Toni Brunner gut französisch spreche, wurden der SVP mit Rösti grössere Chancen in der Romandie prophezeit. Rösti selber sprach sich in Interviews für Kontinuität aus. Er sehe es als Herausforderung, die Stärke der Partei zu halten, und es sei nicht ohne Risiko, eine Partei auf ihrem Höhepunkt zu übernehmen. An der Delegiertenversammlung Ende April 2016 wählte die Delegiertenversammlung dann ein neues SVP-Präsidium. Einstimmig wurde Albert Rösti mit 511 Stimmen (ohne Enthaltungen) zum neuen Präsidenten gewählt. Gegenkandidierende hatten sich keine gemeldet.

Die grösseren personellen Veränderungen an der Parteispitze betrachtete die Partei auch als guten Zeitpunkt, die seit den 1990er Jahren und dem Aufstieg der Partei kaum veränderten Organisationsstrukturen anzupassen. Von den Delegierten wurde zudem eine Statutenänderung gutgeheissen, die drei (statt bisher sieben) Vizepräsidien vorsah, die gemeinsam mit dem Präsidenten den Parteileitungsausschuss bilden, der das Tagesgeschäft der Partei führen soll. Ins Vizepräsidium wurden Céline Amaudruz (svp, GE), Thomas Aeschi (svp, ZG) und Oskar Freysinger (VS, svp) gewählt. Diesem Ausschuss gehörten zudem neben Christoph Blocher als Strategieverantwortlichen auch Walter Frey als Kommunikationsverantwortlicher, Thomas Matter (svp, ZH) als Finanzchef sowie Fraktionspräsident Adrian Amstutz (svp, BE) an. Damit werde die strategische Führung gestärkt und die Fachkompetenz in den Gremien erweitert, so die Partei in ihrem Jahresbericht. Zum neuen Generalsekretär hatte der Zentralvorstand bereits einen Tag vor der Delegiertenversammlung Gabriel Lüchinger gewählt.