Le nouveau chef de l’armée a été désigné à la fin du mois d’octobre. Il s’agit du divisionnaire Christophe Keckeis, commandant remplaçant des Forces aériennes. Ce parfait bilingue a été choisi parmi les 12 candidats (sur 18 au total) au terme d’un procédure de sélection que Samuel Schmid a tenu à diriger personnellement. Avant la mise en œuvre intégrale d’Armée XXI, il occupera la tête de l’Etat-major général en remplacement de Hans-Ulrich Scherrer. Cette nouvelle fonction de chef de l’armée n’existera en effet qu’avec la réalisation de la réforme de l’armée. Sa principale tâche sera, dans un premier temps, de veiller à son bon déroulement. Hiérarchiquement, il sera placé juste en-dessous du chef de département et devra notamment faire le lien entre l’armée et la politique, cette dernière ayant le dernier mot. Sous ses ordres se trouveront en revanche les Forces aériennes et terrestres, l’instruction supérieure des cadres, la base logistique de l’armée, l’état-major de planification et celui de conduite.

Au mois de juin, le conseiller fédéral Samuel Schmid a nommé Roland Nef, un brigadier appenzellois de 48 ans, pour succéder dès le 1er janvier 2008 au chef de l’armée Christoph Keckeis.

A la fin du mois de février, le Conseil fédéral a nommé le divisionnaire André Blattmann à la tête de l’armée sur proposition du chef du DDPS, Ueli Maurer. Ce titulaire d’un MBA de 52 ans originaire de Hinwil (ZH) assurait l’intérim au poste de chef de l'armée depuis le départ de Roland Nef (voir ici). Il a ainsi été promu au grade de commandant de corps. Cette nomination a été jugée surprenante par divers commentateurs car elle s’est faite aux dépens du divisionnaire Hans-Ulrich Solenthaler (62 ans) dont la conception de l’armée se rapprochait fortement de la vision conservatrice du chef du DDPS et de l'UDC.

Au mois d'avril, le Conseil fédéral a donné son avis concernant le rapport de la commission de gestion du Conseil national (CdG-CN) de novembre 2008 sur les circonstances de la nomination de Roland Nef au poste de chef de l’armée (voir ici). Dans son rapport, la CdG-CN avait recommandé au Conseil fédéral de prendre des mesures pour améliorer le processus de sélection des personnes amenées à occuper des postes à très haute responsabilité, de mener une réflexion de fond sur l’implication du Conseil fédéral lors de la procédure de sélection de certaines fonctions sensibles de l’administration fédérale, de mettre en place des ajustements au niveau du déroulement du contrôle de sécurité relatif aux personnes (CSP) et finalement de régler de manière contraignante la situation juridique relative au versement d’indemnités lors d’une cessation d’un commun accord des relations de travail. Dans sa réponse, le Conseil fédéral a refusé de subordonner le service spécialisé du CSP à la Chancellerie fédérale. Il estimait que 90% des CSP se faisaient pour le DDPS et que l'exécution de ces procédures exigeait une très bonne connaissance des domaines concernés. Il a par contre proposé des modifications prenant en compte, totalement ou partiellement, les autres recommandations de la CdG-CN. Il a notamment accepté la recommandation demandant une exécution du CSP avant même la nomination pour les postes à très haute responsabilité et celle posant clairement l'indépendance du service spécialisé CSP.

Ende März 2016 trat der Chef der Armee (CdA), Korpskommandant André Blattmann zurück. Seine vorzeitige Demission wurde auf Ende März 2017 festgelegt. Blattmann war seit 2009 CdA und davor seit zwei Jahrzehnten in der Armeeorganisation engagiert, zunächst als Kommandant einer Rekrutenschule, später in diversen Stabsfunktionen. Als Grund für seinen Rücktritt wurde die anstehende Umsetzung der Weiterentwicklung der Armee (WEA) genannt, die durch eine andere Person angetrieben werden solle. Etwas anders wurde der Abgang Blattmanns in der Presse kommentiert, wo unter anderem auch das Verhältnis zum neuen VBS-Vorsteher Parmelin angesprochen wurde („Parmelin räumt auf”). Der Wechsel erfolgte in gegenseitigem Einvernehmen, wie beide Herren stets betonten. Der Zeitpunkt sei geeignet, weil so eine neue Armeespitze die WEA umsetzen könne und nicht jene dies tun würde, welche die WEA auch geplant habe. Ein neuer CdA soll durch eine Findungskommission gesucht werden.

Ein halbes Jahr nach Bekanntwerden des Rücktritts von Armeechef Blattmann gab der Bundesrat bekannt, Philippe Rebord zum neuen CdA gewählt zu haben. Unter Beförderung zum Korpskommandanten werde der Divisionär das Amt per 1. Januar 2017 antreten. Rebord trat 1985 in die Armee ein, wo er zunächst als Instruktor tätig war, ehe er Stabschef der Generalstabsschulen wurde. Ab 2009 kletterte der Romand weiter die armeeinterne Karriereleiter hoch und war seit April 2016 bereits stellvertretender CdA.
Die Besetzung dieser Schlüsselposition rief unterschiedliche mediale Resonanz hervor. Deutschschweizer Medien schrieben über eine Übernahme der Armee durch Westschweizer (weil mit VBS-Chef Parmelin ebenfalls ein Romand en Charge ist) und kolportierten Kritik aus (Deutschschweizer) Armeekreisen. Grundsätzlich stiess der Personalentscheid jedoch auf positiven Widerhall, gerade auch in Westschweizer Medien. Der Verteidigungsminister sah sich jedoch gleichwohl bemüssigt, zu betonen, dass der Entscheid auf die Kompetenzen des Kandidaten und nicht auf die Sprachen-Frage zurückzuführen sei. Einig war sich die Tagespresse am Folgetag der Ernennung darüber, dass der neue CdA zahlreiche Hürden zu meistern haben werde.

Thomas Süssli a été nommé au poste de chef de l'Armée par le Conseil fédéral. Le 1er janvier 2020, il prendra la relève de Philippe Rebord qui quitte sa fonction en raison de problèmes de santé.
Laborantin de formation, Süssli se réoriente dans le domaine bancaire et se spécialise dans l'informatique. Après son instruction en tant qu'officier et un engagement pour l'ONU, il rejoint en 2008 l'état-major de la brigade logistique 1 comme sous-chef d'état-major de la logistique et remplaçant du commandant. En 2015, il réintègre le corps des officiers de carrière et est nommé commandant de la brigade logistique 1 avec promotion au grade de brigadier. Trois ans plus tard, il est promu divisionnaire et devient chef de la Base d'aide au commandement. Parmi les treize autres candidats et candidates en lice pour le poste, figurait la brigadière valaisanne Germaine Seewer, la femme la plus haute gradée en Suisse. Elle a failli être nommée par Viola Amherd, qui a justifié son choix en faveur du milicien pour ses expériences, civiles, militaires et ses connaissances dans le domaine cyber. La SSO a exprimé sa surprise, mais juge le choix «pertinent». Thomas Süssli profitera des quelques mois qui lui restent avant son entrée en fonction, pour améliorer son français.