En mai, le Conseil fédéral a donné son accord à la mise en œuvre des mesures proposées par le DDPS en vue d’adapter les priorités pour l’armée, et d’optimiser de ce fait la réforme de cette dernière, engagée en 2004 (« Armée XXI »). Prévues pour entrer pleinement en vigueur à partir de 2008, ces diverses mesures ont été rendues nécessaires, selon le DDPS, par l’évolution des menaces – le terrorisme étant une menace réelle, alors que la probabilité qu’une guerre classique éclate en Europe est peu probable – et la réduction des moyens financiers mis à sa disposition. Le déplacement des priorités se fera au profit des engagements de sûreté (protection d’ouvrages, de bâtiments ou d’axes, engagements dans les secteurs-frontière), ce qui permettra notamment d’affecter les unités formées pour ces opérations de sûreté aux engagements en faveur des autorités civiles (protection de conférences, tâches de surveillance). À ce titre, les capacités consacrées à la défense militaire classique du territoire seront à l’avenir réduites de moitié : seuls 18'000 soldats se concentreront en effet désormais sur cette tâche. Malgré l’adaptation des priorités de l’armée, le conseiller fédéral Samuel Schmid, chef du DDPS, a précisé que les missions de celle-ci ne changeaient pas, son but restant la défense du pays. Il a ajouté que les effectifs totaux de l’armée seront maintenus à 220'000 hommes, répartis entre 120'000 actifs, 20'000 recrues et 80'000 réservistes. Le système de milice, tout comme l’obligation de servir sont en outre conservés. Dans la ligne des efforts menés jusqu’alors au niveau de la politique de sécurité, l’armée devra également pouvoir engager simultanément 500 militaires pour des opérations de maintien de la paix à l’étranger à partir de 2008. Ce remaniement de l’armée doit entraîner, selon les estimations du DDPS, des économies d’environ CHF 150 millions par année, l’augmentation des effectifs affectés à des missions de maintien de la paix engendrant de son côté des coûts supplémentaires de l’ordre de CHF 35 à 45 millions par an. Le Conseil fédéral a toutefois dû constater que les économies ainsi réalisées étaient insuffisantes pour atteindre les objectifs du programme d’allégement budgétaire 2004, qui demandait 145 millions d’économies supplémentaires. Le DDPS a communiqué que celles-ci seraient donc réalisées dans les investissements. Dans le cadre de cette redéfinition des priorités de l’armée, Samuel Schmid a cependant averti que l’armée aurait toujours besoin de CHF 4 milliards par année. Dans le cas contraire, le conseiller fédéral a averti qu’il faudrait revoir les missions de celle-ci, ses effectifs ou encore son niveau technologique. D’un point de vue juridique, les mesures prises par le Conseil fédéral n’ont pas entraîné de modifications de lois. En revanche, les chambres devront se prononcer sur la révision d’une ordonnance, en 2006, afin que le remaniement puisse être mis en œuvre dès le 1er janvier 2008, et être mené à bien jusqu’en 2011.
Dans un sondage réalisé peu après l’annonce de ces mesures, 60% des personnes interrogées se sont déclarées favorables à ces dernières, 26% contre, alors que 15% n’avaient pas d’opinion sur la question.

Plusieurs interventions parlementaires ont également été déposées en relation avec les nouvelles mesures proposées par le DDPS. Parmi celles-ci, un postulat du conseiller national Baumann (udc, TG) (Po. 05.3460) a demandé au Conseil fédéral de remettre au parlement un rapport intermédiaire sur la politique de sécurité avant de mettre en œuvre les mesures de transformation de l’armée décidées au mois de mai. Le conseiller national a estimé que les nouvelles priorités fixées par le Conseil fédéral à l’armée n’étaient pas suffisamment justifiées, et que ce dernier se devait d’expliquer en détails de tels changements de stratégie, les conséquences qui en résultaient, de même que les nouveaux objectifs et les moyens qui permettraient de les atteindre. Une des principales inquiétudes des parlementaires était que le gouvernement les tienne à l’écart de la conception et/ou de l’approbation de ces nouvelles mesures. Dans sa réponse à une interpellation de la groupe de l'udc (Ip. 05.3240), le Conseil fédéral a précisé que les étapes de développement planifiées ne requéraient pas de modifications de lois formelles – notamment de la loi fédérale sur l’armée et l’administration militaire (LAAM) –, mais qu’il s’efforcerait d’intégrer les milieux publics, le parlement et les partis politiques dans les travaux sous une autre forme. Le gouvernement a déclaré en outre que la réalisation de certaines décisions impliquerait la modification de l’ordonnance sur l’organisation de l’armée, et qu’il procéderait dans ce contexte à une consultation avant que le message ne soit approuvé à l’intention du parlement.

Les réactions à ce remaniement des priorités de l’armée ont été nombreuses. Si le PDC et une partie du PRD ont apporté leur soutien – sous certaines conditions – à ces adaptations, la Société suisse des officiers et l’UDC ont crié au démantèlement de la défense classique. De leur côté, le PS, les Verts et le GSsA ont affirmé leur volonté de briser le tabou de l’obligation de servir. S’appuyant sur le rejet du programme d’armement 2004 par les chambres, les socialistes ont notamment fait plusieurs propositions concrètes en présentant leur conception de l’armée suisse et de sa mission dans un papier de position publié au mois de mai. Selon eux, la tâche principale de l’armée doit désormais être l’engagement dans des missions de maintien de la paix organisées sous l’égide de l’ONU ou de l’OSCE. À ce titre, ils ont réclamé la création d’un bataillon d’environ 1500 soldats au maximum, qui puisse être engagé à tout moment dans des missions de paix à l’étranger. Dans cette perspective, le PS a proposé une armée de 50'000 hommes, composée d’un noyau dur de 12'000 militaires professionnels et de 38'000 volontaires de milice, c’est-à-dire des personnes dont l’activité professionnelle principale serait une activité civile, mais qui s’engageraient contractuellement à suivre une formation militaire. Or, comme les socialistes l’ont précisé, cela impliquerait la levée de l’obligation de servir, incompatible avec des effectifs aussi modestes. Quant aux coûts d’une telle armée, ils seraient de CHF 2.5 milliards au lieu des 4.7 milliards inscrits au budget de l’année sous revue. ((Notons que la Jeunesse socialiste a critiqué le papier de position du PS, jugeant que celui-ci n’allait pas dans la bonne direction. Pour la JS en effet, l’armée ne doit aucunement être réformée, mais supprimée) Le PS a appelé le PRD et le PDC à réfléchir avec lui sur ces réformes. Les socialistes n’ont cependant pas souhaité y associer l’UDC, jugée « trop éloignée » pour permettre l’entame d’un dialogue. Les démocrates du centre ont de leur côté réitéré en fin d’année leurs vives critiques vis-à-vis du projet de remaniement de l’armée du Conseil fédéral – prenant le relais de celles émises par la Société suisse des officiers – et ont attaqué de ce fait indirectement le conseiller fédéral UDC Samuel Schmid.

Suite à la mise en consultation de l’avant-projet au mois de janvier, le gouvernement a présenté son message concernant les modifications de l’organisation de l’armée et de la loi fédérale instituant des mesures destinées à améliorer les finances fédérales au mois de mai. Les mesures proposées correspondaient à des adaptations légales concernant la réalisation de l’étape de développement 2008/2011 de l’armée. Elles étaient présentées aux chambres fédérales en deux projets distincts : le premier concernait la loi fédérale instituant des mesures destinées à améliorer les finances fédérales, et le second la révision de l’ordonnance de l’Assemblée fédérale sur l’organisation de l’armée. Pour le Conseil fédéral, la montée du terrorisme a modifié la nature des dangers qui menacent la Suisse. Dans ce contexte, il a proposé de renforcer les capacités de l’armée pour des engagements subsidiaires et la sûreté sectorielle. Cela a conduit, avec les restrictions financières résultant des programmes d’allégement budgétaires 03 et 04, à un redimensionnement des moyens destinés à la défense face à une attaque militaire dirigée contre le pays. A ce titre, le Conseil fédéral a proposé que les capacités de l’armée concernant les engagements probables soient augmentées au moyen d’un recentrage des armes de combat lourdes sur l’infanterie. Il a également proposé une réorganisation des structures de conduite à l’échelon de l’armée et des brigades, afin d’augmenter la flexibilité et la capacité d’adaptation. De plus, afin d’octroyer à l’armée une plus grande sécurité en matière de planification, le Conseil fédéral a proposé de modifier la loi fédérale instituant des mesures destinées à améliorer les finances fédérales, de telle sorte que le plafond de dépenses soit prolongé de trois années supplémentaires (projet 1). Le gouvernement souhaitait en effet que le plafond déjà attribué dans le cadre du Programme d’allégement budgétaire 04 soit ainsi prolongé jusqu’à la fin de la réalisation de l’étape de développement 2008/2011.

Au Conseil national, les deux projets ont fait l’objet de propositions de renvoi au Conseil fédéral, dont une déposée par la minorité de la Commission de la politique de sécurité emmenée par Ulrich Schlüer (udc, ZH). Le conseiller national UDC Pirmin Schwander (SZ) a de son côté plaidé pour une non-entrée en matière sur le second projet. Ulrich Schlüer a motivé sa position en expliquant qu’il était prématuré d’envisager une nouvelle réforme au stade actuel de la refonte prévue par Armée XXI. Tout en rappelant la nécessité de garantir le mandat constitutionnel et l’importance de ne pas réduire la capacité défensive de l’armée, le zurichois a exigé que les domaines et les moyens d’intervention de l’armée sur le plan de la sécurité intérieure soient clairement définis par le Conseil fédéral, et que la Suisse ne soit ainsi pas contrainte de rejoindre une alliance militaire. Cette argumentation n’a toutefois pas été suivie par les radicaux, ni par le PDC. Le conseiller fédéral Samuel Schmid a, pour sa part, souligné que l’étape de développement 2008/2011 était « modérée et supportable », et en a profité pour mettre en garde les députés contre un éventuel retard, qui risquerait de compromettre le passage progressif à cette étape. Les députés ont finalement décidé d’entrer en matière sans opposition sur le premier projet, et par 153 voix contre 11 pour le second, rejetant l’ensemble des propositions de renvoi.

Dans le cas du premier projet (Loi fédérale instituant des mesures destinées à améliorer les finances fédérales), les députés ont été saisis de deux propositions de minorité. La première, présentée par le socialiste Hans Widmer (LU), portait sur un abaissement du plafond des dépenses pour l’armée à 10 milliards de francs. La seconde, formulée par l’écologiste Josef Lang (ZG) et soutenue par les socialistes, préconisait la suppression d’un tel « plancher », qui privilégie l’armée en lui assurant un certain niveau minimal de dépenses. Ces deux propositions ont cependant été rejetées au plénum, par 109 voix contre 60, et par 109 voix contre 61, respectivement. Au vote sur l’ensemble, le projet du Conseil fédéral a été adopté par 109 voix contre 64.

S’agissant du second projet (Ordonnance de l'Assemblée fédérale sur l'organisation de l'armée), le député Hans Widmer (ps, LU) a déposé une proposition de minorité qui visait à réduire de moitié le nombre de réservistes (ramené ainsi à 40'000). Le bernois Paul Günter (ps) a demandé, quant à lui, une réduction des effectifs de l’armée de 140'000 à 100'000 hommes, les socialistes souhaitant par là marquer leur opposition à la multiplication des interventions de l’armée sur le plan de la sécurité intérieure. Le plénum a toutefois rejeté ces deux propositions, respectivement par 112 voix contre 63, et par 108 voix contre 61. Au vote sur l’ensemble, l’ordonnance en question a finalement été rejetée par 101 voix contre 73, socialistes et démocrates du centre la combattant.

Suite à l’examen des deux projets concrétisant la réalisation de l’étape de développement 2008/2011 de l’armée suisse par le Conseil national fin 2006, le Conseil des Etats s’est saisi de cet objet au mois de mars. L’entrée en matière sur les deux projets (loi fédérale instituant des mesures destinées à améliorer les finances fédérales et révision de l’ordonnance de l’Assemblée fédérale sur l’organisation de l’armée) n’a pas été contestée. La question était de savoir si le choix de la petite réforme de l’armée proposée par le Conseil fédéral était uniquement un compromis justifié sur le plan politique ou s’il constituait également une solution objectivement fondée. Le gouvernement, suite au rejet du second projet par le Conseil national, avait en effet été contraint de faire des concessions : d’un concept d’origine qui prévoyait une réduction de moitié des bataillons de chars ainsi qu’un développement des opérations militaires de promotion de la paix, il a renoncé, dans le nouveau concept, à accroître les interventions à l’étranger, et s’est contenté de réduire le nombre de bataillons de chars de 8 à 6 (au lieu de 4). Malgré de nombreuses critiques de députés issus de tous bords, cette seconde mouture a été adoptée à l’unanimité (26 voix contre 0 et 9 abstentions) par les députés, de même pour le premier projet (35 voix contre 0 et 1 abstention). En vote final, le premier projet a été adopté par 125 voix contre 68 au Conseil national et à l’unanimité au Conseil des Etats.

Le Conseil des Etats ayant émis une divergence sur le second projet, le Conseil national a à nouveau débattu de celui-ci au mois de juin. Le démocrate du centre Theophil Pfister (SG) a alors proposé de ne pas entrer en matière sur ce projet, tandis que Pirmin Schwander (udc, SZ) a déposé une proposition de renvoi au Conseil fédéral. Les deux députés ont motivé leurs propositions respectives par le fait que les étapes de développement prévues allaient à l’encontre des impératifs de sécurité actuels et risquaient de fragiliser le système de milice. Ces deux propositions ont toutefois été rejetées à une large majorité par le plénum. Lors de la discussion par article, une minorité Schlüer (udc, ZH) a demandé que soit précisé à l’art. 2 de l’ordonnance que « l’armée accomplit dans son ensemble les missions qui lui sont attribuées », afin d’éviter toute différenciation entre les unités de combat et les troupes affectées à des missions de surveillance. Si la majorité de la commission estimait qu’une telle précision était inutile, le conseiller fédéral Samuel Schmid a toutefois soutenu la proposition de minorité, soulignant que cette précision permettrait de mettre fin aux désaccords en levant certains malentendus. Les députés ont finalement soutenu la proposition de minorité par 92 voix contre 67. Dans la suite des débats, la question de la réduction du nombre de bataillons de chars a constitué le principal point d’achoppement. Alors que la minorité représentée par le groupe UDC proposait que le nombre de six bataillons de chars soit expressément mentionné dans l’ordonnance, Verts et socialistes ont déposé une proposition de minorité visant à une réduction de leur nombre à quatre. A l’instar du Conseil des Etats, le plénum a cependant décidé de laisser cette décision au Conseil fédéral et a approuvé l’ensemble du projet par 106 voix contre 46. Le Conseil des Etats a ensuite éliminé de manière tacite les divergences qui subsistaient.