Die meisten Medien, aber auch eine weitere Öffentlichkeit reagierten mit Bestürzung und Empörung auf die von der PUK publik gemachten Zustände in der Bundesanwaltschaft (BA). In der Fragestunde vom 4. Dezember verlangten 49 Nationalrätinnen und Nationalräte vom Vorsteher des EJPD Auskunft darüber, ob über sie eine Fiche geführt werde. Eine Woche nach der Publikation des Berichtes hatten zudem 800 Bürgerinnen und Bürger Einsicht in ihre Fiche gefordert, nach zwei Wochen war die Zahl der Auskunftsbegehren bereits auf 10'000 angestiegen. Bundesrat Koller sicherte zu, dass die Fichen – allerdings ohne Angaben über Quellen und laufende Verfahren – auf Verlangen eingesehen werden könnten; zur Lösung von Streitfällen setzte er Alt-Bundesrichter Häfliger als Ombudsmann ein.
Der Bundesrat zeigte sich in seiner offiziellen Stellungnahme zum PUK-Bericht über die Enthüllungen nicht sonderlich beunruhigt. Er sah darin weniger ein bewusstes Ausspionieren von kritischen Bürgerinnen und Bürgern als vielmehr einen gewissen Übereifer von Polizeibeamten, wobei man zu lange an veralteten Feindbildern festgehalten habe. Zudem sei die Organisation der Registratur mit ihrer Vermischung von Daten unterschiedlichster Qualität ungeschickt gewesen, da damit der falsche Eindruck erweckt werde, dass die politische Polizei kritische, aber unbescholtene Bürger in den gleichen Topf werfe wie Spione und Terroristen. Zu den Anträgen der PUK in Bezug auf die Reorganisation der Bundesanwaltschaft äusserte er sich skeptisch. Gegen den Ausbau der parlamentarischen Aufsicht meldete er aus Gründen der Gewaltentrennung Vorbehalte an, und auch für die Entflechtungsmotion konnte er sich nicht erwärmen, da damit der Informationsfluss zwischen Bundesanwalt und Ermittlungsbehörden beeinträchtigt wäre.
Das Parlament überwies jedoch sämtliche Anträge der PUK. In der ausführlichen Debatte mit 55 Einzelvotanten verurteilten die Linken und die Grünen, denen ja die Aufmerksamkeit der politischen Polizei vor allem gegolten hatte, die Bundesanwaltschaft, aber auch die Bundesräte Furgler und Friedrich, unter deren Federführung der Staatsschutz in letzter Zeit ausgebaut worden war. Die Fraktionen der GP und der SP reichten Motionen ein, welche die Abschaffung der politischen Polizei und die Einsetzung einer PUK für die Geheimdienste der Armee fordern (Mo. 89.744 und Mo. 89.940). Diese Begehren lehnten die bürgerlichen Redner zwar ab, aber nur wenige unter ihnen hatten freundliche Worte für die Aktivitäten der politischen Polizei und deren Schnüfflertätigkeit. Als prononcierteste Verteidiger des von den Bundesbehörden praktizierten Staatsschutzes traten die beiden Christlichdemokraten Portmann (GR) und Zbinden (FR) sowie Sager (svp, BE) auf.