In der Debatte im Nationalrat über den Voranschlag 2009 stellte die SVP-Fraktion zwei Rückweisungsanträge, welche beide abgelehnt wurden. Der erste forderte, den Voranschlag zurückzuweisen, um ihn derart zu überarbeiten, dass die Ausgaben um maximal 2% anstatt 3% anwachsen. Der zweite Antrag forderte, bei den geplanten Einnahmen mit einem kleineren Wirtschaftswachstum zu rechnen. Die meisten Minderheitsanträge zu den einzelnen Verwaltungseinheiten fanden keine Zustimmung. Beim Bundesamt für Kultur konnte sich aber ein Antrag der nationalrätlichen Kommission für Wissenschaft, Bildung und Kultur durchsetzen, welcher sich für eine stärkere Förderung des Schweizer Films und eine Erhöhung des Beitrages für Heimatschutz und Denkmalpflege einsetzte. Ebenfalls durchsetzen konnte sich ein Minderheitsantrag in Bezug auf das Bundesamt für Sport, welcher mehr Geld für die Bekämpfung von Doping im Sport forderte. Sehr knapp mit 87 zu 81 Stimmen nahm die grosse Kammer auch einen Antrag zur Unterstützung der Ausfuhr von landwirtschaftlichen Verarbeitungsprodukten an. Im Bereich des Wohnungswesens lehnte der Nationalrat eine gezielte Aufstockung der Beiträge an die Förderung von gemeinnützigen Bauträgern ab resp. verringerte den Betrag, der vom Bundesrat vorgesehen war. Ebenfalls angenommen wurden ein Minderheitsantrag von links-grüner Seite für die Aufstockung der Beiträge im Bereich der Energie- und Abwärmenutzung sowie ein Antrag für die Erhöhung der Unterstützung des Alpinen Museums in Bern. In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat alle Bundesbeschlüsse an.

Der Ständerat folgte beim Voranschlag 2009 im Bereich des Denkmal- und Heimatschutzes der Erhöhung der Beiträge des Nationalrates. Eine weitere Erhöhung im Bereich der Filmförderung lehnte er jedoch ab. Im Bereich der Entschädigung von J+S-Aktivitäten folgte der Ständerat dem Nationalrat. Allerdings lehnte er eine Erhöhung der Unterstützung der Doping-Bekämpfung ab und folgte damit dem Bundesrat. Dies tat er ebenfalls bei der Förderung von gemeinnützigen Bauträgern, wo der Bundesrat mehr Gelder verlangt hatte als der Nationalrat. Sehr knapp fiel der Entscheid, bei den Ausfuhrbeiträgen für landwirtschaftliche Verarbeitungsprodukte der grossen Kammer zu folgen. Auch im Bereich der Energie- und Abwärmenutzung folgte der Ständerat dem Nationalrat. Trotz Bedenken von Bundesrat Merz folgte der Ständerat auch bei der Unterstützung des Alpinen Museums dem Nationalrat. In der Gesamtabstimmung wurden die Bundesbeschlüsse einstimmig angenommen.

Im Nationalrat warem beim Voranschlag 2009 noch drei Differenzen zu bereinigen. Einerseits die Erhöhung der Gelder für die Förderung des Schweizer Films, dann die erhöhte Unterstützung der Doping-Bekämpfung im Sport und schliesslich die Förderung von gemeinnützigen Bauträgern. Der Nationalrat schloss sich in allen drei Angelegenheiten dem Ständerat an.

Das vom Parlament verabschiedete Budget 2009 sah bei veranschlagten Ausgaben von 59 020 Mio Fr. und Einnahmen von 59 968 Mio Fr. einen Einnahmeüberschuss von 949 Mio Fr. vor. Die veranschlagten Ausgaben lagen 2166 Mio Fr. oder 3,8% über dem Budget des Vorjahres. Am meisten zusätzliche Mittel benötigten die soziale Wohlfahrt (+726 Mio oder 4,2%), die Finanzen und Steuern (+266 Mio oder 2,5%) und der Verkehr (+230 Mio oder 3,0%). Der Bundesrat rechnete mit um 3,4% (+1,9 Mia) höheren Einnahmen als im Vorjahr. Mit höheren Erträgen rechnete er vor allem bei der direkten Bundessteuer (+8,0% oder +1311 Mio) und bei der Mehrwertsteuer (+3,8% oder 770 Mio). Mit Mindereinnahmen rechnete er hingegen vor allem bei den Stempelabgaben (-11,1% oder -325 Mio).