Conformément à ce qu'il avait annoncé en 1995, le Conseil fédéral a mis en consultation un nouvel avant-projet de loi sur la réduction des émissions de CO2 dont l'objectif est de parvenir, d'ici à l'an 2010, à une diminution de 10% des rejets de dioxyde de carbone dans l'atmosphère par rapport à 1990. Pour ce faire, le gouvernement table sur les efforts volontaires des entreprises et des particuliers ainsi que sur certaines mesures déjà en vigueur ou prévues dans le cadre de la politique de l'énergie (programme Energie 2000 et loi sur l'énergie), de la politique des transports (redevance poids lourds liée aux prestations) et de la politique des finances (augmentation de 10 centimes du litre d'essence pour le financement des NLFA). La taxe sur le CO2 qui avait été vivement combattue en 1994 n'y figure qu'à titre subsidiaire, puisque son prélèvement effectif n'interviendra qu'en 2004 et ce seulement si les mesures décrites ci-dessus ne suffisaient pas à atteindre les objectifs fixés. Pour des raisons de transparence, les montants maximum de la taxe ont néanmoins déjà été inscrits dans le projet du gouvernement: ceux-ci devraient s'élever à CHF 201 par tonne de CO2 pour les carburants et à CHF 30 par tonne de gaz carbonique pour les combustibles. D'un montant global de quelque CHF 3 milliards par année dès 2010, le produit de la taxe sera intégralement redistribué à la population et aux milieux économiques, soit par le biais de chèques aux particuliers, soit sous la forme d'une réduction des cotisations AVS payées par les entreprises à leurs employés.
Cette nouvelle version de loi sur la réduction des émissions de dioxyde de carbone a été, dans l'ensemble, favorablement accueillie par les organismes consultés: ainsi, le Vorort et les partis bourgeois – qui avaient exprimé les plus fortes réticences à l'encontre du projet de taxe sur le CO2 de 1994 – ont salué la volonté du gouvernement de n'introduire plus qu'à titre subsidiaire cet instrument incitatif; l'association faîtière de l'économie a néanmoins réitéré son opposition à l'adoption d'un tel impôt en solitaire, alors que le PRD et l'UDC ont pour leur part souhaité que la compétence de lever la taxe soit transférée du Conseil fédéral au parlement. L'accueil réservé au projet par le parti socialiste et les milieux écologistes a été davantage mitigé: qualifiant les propositions du gouvernement de premier pas dans la bonne direction, le PS a regretté que le Conseil fédéral ait renoncé à l'instauration obligatoire de la taxe et s'est par ailleurs prononcé en faveur d'une réduction des émissions de CO2 de 20% par rapport à 1990. De leur côté, les verts ont souhaité que le seuil de 10% retenu par le gouvernement soit porté à 15%, mesure complétée par l'introduction d'une taxe sur l'énergie et d'une réforme fiscale écologique. Quant aux cantons, ils ont globalement apporté leur soutien au nouveau projet qui n'a été véritablement rejeté que par les organisations de transport routier.

Au vu de l'écho globalement positif obtenu par l'avant-projet de loi sur la réduction des émissions de CO2 durant la procédure de consultation, le Conseil fédéral a transmis au parlement un message relatif à cet objet. Visant à concrétiser à l'échelon national les engagements contractés par la Suisse dans le cadre de la Convention des Nations Unies sur les changements climatiques, la nouvelle politique proposée par le gouvernement reprend les grandes orientations de l'avant-projet: Ainsi, la loi sur le CO2 a pour but principal de parvenir, d'ici 2010, à une réduction totale de 10% des rejets de gaz carbonique dans l'atmosphère par rapport à leur niveau de 1990. Deux objectifs partiels ont en outre été fixés pour les combustibles (-15% par rapport à 1990) et les carburants (-5%). Pour atteindre ces résultats, le Conseil fédéral table avant tout sur l'augmentation des droits de douane sur les carburants prévue dans le cadre du financement des transports publics, sur la taxe poids lourds liée aux prestations, sur la taxe sur le transit alpin ainsi que sur la LEn et le programme Energie 2000. Ces diverses mesures qui relèvent des politiques sectorielles des finances, des transports et de l'énergie seront en outre complétées par des actions librement consenties par les consommateurs de combustibles fossiles ou de carburants.
Ne figurant dans le projet de loi qu'à titre subsidiaire, la taxe sur le CO2 n'interviendra qu'à partir de 2004 et seulement au cas où les mesures décrites ci-dessus s'avéreraient inaptes à réaliser les objectifs fixés. Son montant maximal a néanmoins déjà été établi à CHF 210 par tonne de CO2 afin de permettre aux milieux concernés d'évaluer la taxe maximale dont ils auront éventuellement à s'acquitter. En donnant par ailleurs la possibilité aux entreprises suisses d'être exemptées de la taxe si celles-ci s'engagent formellement à limiter de manière appropriée leurs émissions de gaz carbonique, la réglementation proposée évite que la compétitivité de la place économique helvétique soit diminuée au niveau international. Quant aux éventuelles recettes qui pourraient découler de cette ponction incitative, elles n'auront aucun effet sur le budget de la Confédération puisqu'elles seront intégralement redistribuées aux ménages et aux entreprises, après déduction des frais d'exécution.
A la publication du message, les réactions des divers milieux concernés furent pour le moins contrastées: Les défenseurs de l'environnement – qui à l'image du WWF et de la FES avaient demandé que l'objectif de réduction des émissions de CO2 d'ici l'an 2010 soit porté à 20% – virent d'un oeil peu enthousiaste les mesures envisagées. En revanche, le Vorort et le Forum pour l'énergie se déclarèrent globalement satisfaits par le projet du gouvernement, surtout en ce qui concerne le caractère facultatif de la taxe qui ne devra intervenir qu'en dernier recours, ont-ils précisé. Quant à l'économie pétrolière, elle a jugé que la loi sur le CO2 était prématurée en l'absence d'un consensus international sur la question.

Au cours de la session spéciale du mois d'avril, le Conseil des Etats a entamé les délibérations concernant le projet de loi sur une réduction des émissions de CO2. La petite Chambre est entrée en matière sans opposition. La principale pierre d'achoppement fut l'attribution de la compétence pour l'introduction de la taxe. Reconnaissant que le parlement ne pouvait pas garantir la rapidité nécessaire de la mise en application de la loi, ni un accord entre les deux chambres, le Conseil des Etats a suivi la majorité de sa commission en donnant sa préférence au Conseil fédéral. Il a aussi ajouté au projet de loi, un article demandant au gouvernement de s'engager à présenter aux Chambres fédérales en temps opportun des projets pour la période après 2010. Le Conseil fédéral ne fixera la hauteur et la date d’entrée en vigueur de la taxe que suite à une procédure de consultation. Il prendra en considération les prix des combustibles fossiles des Etats voisins, a assuré le conseiller fédéral Leuenberger. Finalement, la loi a été approuvée à l'unanimité.

Au Conseil national, une fraction de l'UDC a recommandé le renvoi du projet de loi au Conseil fédéral afin que ce dernier établisse toutes les répercussions d'une taxe énergétique sur l'économie suisse. Les députés ont toutefois suivi la majorité de la Ceate en acceptant l'entrée en matière par 113 voix contre 50. La majorité de la Ceate a souhaité étendre le champ d'application de la loi sur le C02 aux émissions de CH4 (méthane) et de N20 (protoxyde d'azote). Les parlementaires n'ont pas suivi cette proposition, ils ont préféré se rallier au Conseil des Etats. Moritz Leuenberger a précisé que la taxation des émissions de méthane et de protoxyde d'azote serait traitée dans le cadre de la loi sur l'agriculture. Une proposition, réclamant une diminution des émissions de C02 de 20% au minimum, fut rejetée. Enfin, la question de la compétence pour l'introduction de la taxe fut le point central des débats. La majorité de la commission était d'avis de la donner au parlement. Les socialistes et les écologistes ont combattu cette proposition, donnant leur préférence au Conseil fédéral. L'UDC souhaitait accorder la compétence au parlement et proposa d'y ajouter le référendum facultatif. Finalement, les députés ont décidé, par 95 voix contre 75, que la compétence irait à l'Assemblée fédérale, mais ils ont renoncé au référendum facultatif. Deux propositions furent rejetées par le plénum: l'une souhaitait ajouter à la taxe les énergies non renouvelables, l'autre demandait que la taxe soit utilisée pour diminuer les charges salariales. Dans la votation finale, le Conseil national a approuvé la nouvelle loi sur la réduction des émissions de C02 par 61 voix contre 29, avec 48 abstentions.

Saisi à nouveau du projet, le Conseil des Etats n'a pas voulu céder sur la compétence de l'introduction de la taxe. Considérée comme une tâche avant tout exécutive, la compétence de l'introduction d'une taxe sur le CO2 a été maintenue au Conseil fédéral, par 22 voix contre 14.

Dans la procédure d’élimination des divergences, le Conseil national n’a pas cédé sur la compétence de l’introduction de la taxe sur le CO2. Il l’a maintenue du ressort des Chambres fédérales, par 91 voix contre 63. Le Conseil des Etats est revenu sur la question au cours de la session de printemps. Il a également campé sur ses positions en maintenant cette compétence à l’exécutif, par 20 voix contre 18. A la session d’été, le National ne cédant pas, une conférence de conciliation a été nécessaire. Elle a proposé une solution de compromis: le Conseil fédéral pourra introduire la taxe sur le CO2, si l’objectif de réduction du volume d’émissions n’est pas atteint. Toutefois, l’exécutif devra tenir compte de l’efficacité d’autres taxes sur l’énergie, des mesures adoptées par d’autres Etats, des prix des combustibles et des carburants dans les Etats voisins, de la capacité concurrentielle de l’économie en général et des différents secteurs économiques. Cependant, le montant de la taxe sera soumis à l’approbation de l’Assemblée fédérale. La Chambre haute a accepté la variante proposée sans discussion, la Chambre basse par 101 voix contre 36. Dans les votes finaux, la Chambre des cantons a accepté le projet par 38 voix contre 1, celle du peuple par 143 voix contre 44 et 7 abstentions. Au National, l’opposition était à majorité UDC, suivie de quelques radicaux et membres du PdL.