Dans le courant du mois de mai, un accord de principe portant notamment sur les indemnisations en cas d'établissement d'un dépôt pour déchets faiblement et moyennement radioactifs sur le site du Wellenberg a été signé par la CEDRA, la commune de Wolfenschiessen et le canton de Nidwald. Selon les termes de cet accord, la commune nidwaldienne se verra attribuer CHF 3,5 millions par année durant quarante ans. Par ailleurs, la société électrique du canton sera approvisionnée gratuitement en courant électrique pour un montant annuel d'environ CHF 3,5 millions. Appelée à voter en juin sur cet objet, la population de Wolfenschiessen s'est prononcée en faveur de l'accord. Le vote cantonal sur l'octroi des concessions concernant l'autorisation générale est, quant à lui, attendu en 1995 (C'est dans la perspective du vote cantonal relatif à ces concessions qu'une initiative visant à la réforme de la Landsgemeinde a été approuvée en octobre par la population nidwaldienne. Désormais, toute élection ou votation marquante passera par le secret de l'isoloir, ce qui devrait permettre la participation d'un plus grand nombre de citoyens lors de décisions politiques particulièrement importantes).

Peu après le vote de la commune de Wolfenschiessen, la Société coopérative pour la gestion des déchets nucléaires au Wellenberg (GNW) a présenté au Conseil fédéral une demande d'autorisation générale pour l'aménagement des constructions et installations nécessaires à un dépôt final pour déchets de faible et moyenne activité d'une capacité de 150'000 m3. Estimant que les aspects financiers et politiques l'avaient emporté sur la sécurité et les arguments scientifiques, les organisations écologistes et antinucléaires ont aussitôt réaffirmé leur opposition au projet. Mise à l'enquête publique, la demande d'autorisation a fait l'objet de près de 1000 oppositions émanant principalement du Comité «Stop Wellenberg». Par ailleurs, la Coalition Anti-Nucléaire (CAN), qui regroupe 25 associations écologistes et antinucléaires, et le WWF ont déposé deux recours auprès de l'Office fédéral de l'énergie. La commune d'Engelberg (OW), qui jouxte celle de Wolfenschiessen, a quant à elle souhaité recevoir des mesures financières compensatoires pour les pertes que l'établissement du dépôt engendrera sur son économie touristique. Cette requête a reçu l'appui du gouvernement du canton d'Obwald (La GNW a également déposé deux demandes de concession dans la commune de Wolfenschiessen, l'une relative à l'utilisation du sous-sol, l'autre à l'exploitation d'un dépôt pour déchets radioactifs).

La question relative à l'entreposage des déchets faiblement et moyennement radioactifs sur le site du Wellenberg (NW) a constitué le principal enjeu de la politique énergétique suisse durant l'année sous revue. Déposée en 1994 par la Société coopérative pour la gestion des déchets nucléaires au Wellenberg (GNW), la demande d'autorisation générale pour la réalisation d'un dépôt final de 150'000 m3 a reçu, au mois de janvier, l'approbation du Conseil d'Etat nidwaldien. La prise de position favorable du gouvernement cantonal – fondée sur un rapport élaboré en 1994 par un groupe de travail qui avait conclu que le site du Wellenberg était approprié à l'établissement d'un tel dépôt – a néanmoins été assortie de plusieurs recommandations et réserves en matière de sécurité de l'installation. Les autorités nidwaldiennes se sont parallèlement prononcées en faveur de l'octroi de deux concessions, l'une concernant l'utilisation du sous-sol cantonal et l'autre l'exploitation même du dépôt pour une durée de 50 ans. Après que la Division pour la sécurité des installations nucléaires eut, à son tour, conclu à la pertinence du choix du site du Wellenberg, le Conseil fédéral a approuvé fin avril l'adaptation du plan directeur cantonal en vue de l'implantation du dépôt final.

C'est au terme d'une campagne extrêmement vive que la population du canton de Nidwald – appelée à se prononcer à titre consultatif sur la prise de position de leur gouvernement et, par ailleurs, sur l'octroi des deux concessions – a décidé de désapprouver les deux objets qui lui étaient soumis avec respectivement 51,9% et 52,5% des voix lors de la votation du 25 juin. Premier vote cantonal à se dérouler dans le secret de l'isoloir et non lors d'une Landsgemeinde, la participation a atteint 72,3%. Les partisans du projet – les autorités cantonales et communales ainsi que les partis bourgeois – avaient motivé leur position en invoquant entre autres la nécessité de trouver une solution à un problème d'importance nationale. Du côté des opposants, le parti socialiste, le mouvement Nidwald démocratique, plusieurs organisations écologistes nationales et les communes avoisinantes de Dallenwil et d'Engelberg (OW) avaient notamment argué que le site du Wellenberg avait davantage été retenu pour des motifs politiques que scientifiques.

Au lendemain de ce scrutin, le président de la CEDRA a annoncé la suspension provisoire du projet d'entreposage de déchets radioactifs au Wellenberg tout en soulignant que, selon lui, le site nidwaldien demeurait néanmoins adéquat tant des points de vue technique que géologique. La perspective de nouvelles mesures exploratoires sur le territoire communal nidwaldien n'a ainsi pas été exclue. Quoi qu'il en soit, le gouvernement cantonal a déclaré ne plus vouloir donner suite à ce projet, laissant dès lors l'initiative aux autorités fédérales (Par ailleurs, le parlement nidwaldien n'est pas entré en matière sur une pétition du PS cantonal qui requérait le dépôt, à l'échelon fédéral, d'une initiative demandant que la discussion relative à l'entreposage final des déchets radioactifs ne soit relancée qu'une fois la production d'énergie nucléaire stoppée). Jugeant, quant à elle, que le non nidwaldien sanctionnait l'ensemble de la politique nucléaire suisse, la Fondation suisse de l'énergie (FSE) a exigé une réduction massive des déchets radioactifs.

Malgré le refus du canton de Nidwald d'octroyer les deux concessions nécessaires à l'établissement d'un dépôt pour déchets faiblement et moyennement radioactifs sur le territoire de la commune de Wolfenschiessen (NW), la Société coopérative pour la gestion des déchets nucléaires au Wellenberg (GNW) a réaffirmé – sur la base des dernières investigations menées par la CEDRA en novembre 1995 – son attachement à ce site, qualifié de parfaitement approprié d'un point de vue technique. Ce jugement devait d'ailleurs être partagé quelque temps après par la Commission pour l'élimination des déchets radioactifs (KNE) ainsi que par la Division pour la sécurité des installations nucléaires (DSN) qui sont toutes deux parvenues à la conclusion qu'aucun motif de nature sécuritaire ne pouvait être invoqué contre l'octroi de l'autorisation générale nécessaire à la réalisation du lieu de stockage. Une étude sur les résultats du scrutin nidwaldien ayant établi que l'opposition au projet aurait été moindre si les deux concessions (l'une concernant une opération de sondage et l'autre l'exploitation même du dépôt) n'avaient pas été soumises en même temps au verdict populaire, la société promotrice et la CEDRA ont dès lors proposé que les autorités politiques aient recours à une stratégie par étapes: conformément à cette tactique, les Nidwaldiens seraient rappelés une première fois aux urnes afin de se prononcer sur la seule question relative à l'opération de sondage. Selon le résultat enregistré à l'issue de ce scrutin, une seconde consultation pourrait alors avoir lieu concernant la seconde concession. Si l'OFEN et le gouvernement cantonal ont jugé cette proposition intéressante, les opposants au dépôt l'ont en revanche vivement repoussée.
Dans sa réponse à une interpellation Engelberger (prd, NW) (Ip. 96.3200), le Conseil fédéral devait de son côté déclarer ne pas vouloir poursuivre pour l'heure la procédure d'autorisation générale concernant l'établissement d'un dépôt au Wellenberg. Il a néanmoins annoncé que la révision totale de la loi sur l'énergie atomique consacrerait une nouvelle répartition des tâches entre la Confédération et les cantons afin d'éviter que la réalisation d'infrastructures de ce type ne se heurte continuellement à un blocage. Peu après avoir discuté avec le gouvernement nidwaldien des modalités suivant lesquelles le projet du Wellenberg pourrait être poursuivi, le chef du DFTCE a fait savoir par écrit aux autorités cantonales que le territoire communal de Wolfenschiessen demeurait à ses yeux l'endroit le plus approprié pour accueillir un dépôt pour déchets faiblement et moyennement radioactifs. Moritz Leuenberger a dès lors laissé entendre que la tenue d'un second scrutin populaire sur cet objet était tout à fait envisageable.

La missive que le conseiller fédéral Moritz Leuenberger avait transmise au gouvernement nidwaldien en décembre 1996 pour confirmer à ce dernier l'attachement qu'il porte au Wellenberg (NW) en tant que site le plus approprié à l'établissement d'un dépôt pour déchets faiblement et moyennement radioactifs a été portée à la connaissance des opposants à ce projet en début d'année. Ces derniers ont alors immédiatement décidé de relancer leur action de protestation via une récolte de signatures en faveur d'une résolution demandant aux autorités fédérales de respecter le résultat négatif sorti des urnes lors de la votation cantonale de juin 1995. Dans cette optique, les opposants ont demandé que le chef du DFTCE renonce à la stratégie par étapes élaborée en 1996 et qu'en conséquence, le projet visant à creuser une galerie de sondage dans le sous-sol de la commune de Wolfenschiessen soit abandonné. Ayant décidé de ne pas exclure d'emblée la tenue d'un second scrutin cantonal sur cette question, les autorités fédérales ont institué un groupe de travail chargé d'éclaircir certains aspects techniques du projet, puis de soumettre – d'ici à la fin de l'année sous revue – des propositions à un comité directeur de nature politique dont dépendra la suite à donner à ce dossier. Estimant de leur côté qu'il convenait de repenser la politique suisse d'entreposage des déchets radioactifs dans son ensemble et non pas se limiter au seul examen du Wellenberg, les associations antinucléaires «Komitee für eine Mitsprache des Nidwaldnervolkes bei Atomanlagen» (MNA) et «Arbeitsgruppe kritisches Wolfenschiessen» (AkW) ont refusé de siéger au sein du groupe de travail. En l'absence de représentants de l'opposition, le groupe d'experts a jugé que le choix du Wellenberg était toujours pleinement justifié d'un point de vue technique et qu'il fallait dès lors poursuivre les investigations sur ce site. Sur le plan politique cependant, le DFTCE a confirmé formellement à la mi-juin sa décision de suspendre la procédure d'autorisation générale liée au dépôt, et ce tant que la confirmation des données actuelles n'aura pu être apportée par le percement de la galerie de sondage.

Les expertises des deux groupes de travail mis sur pied par la Confédération à la demande du gouvernement nidwaldien ont conclu que le projet de dépôt final de déchets faiblement et moyennement radioactifs au Wellenberg (NW) méritait d'être poursuivi. Le groupe technique a estimé que le projet répondait à un niveau de sécurité élevé, malgré un risque de séisme supérieur à la moyenne dans la région. Il a conclu à la nécessité de creuser une galerie de sondage afin de mieux connaître les entrailles de la montagne. Cette étape est indispensable au DETEC pour décider de la poursuite ou de l'abandon du projet. S'il devait être poursuivi, les Nidwaldiens seraient appelés aux urnes une nouvelle fois. En cas de refus réitéré, le site du Wellenberg ne pourrait plus entrer en ligne de compte pour un dépôt final. La seconde étude a insisté sur les intérêts de la région à accepter le dépôt final. Sa construction engendrerait un chiffre d'affaires annuel de CHF 23 millions pendant quarante ans et entraînerait la création directe ou indirecte de 130 emplois. Néanmoins, le dépôt pourrait nuire au tourisme dans la région, mais les conséquences n'ont pas été quantifiées. En outre, le projet d'un dépôt final de déchets radioactifs international a été relancé par la participation de la CEDRA à des recherches préliminaires en vue de la création d'un dépôt multinational en Australie. Des spécialistes des Etats-Unis, du Canada, de la Grande-Bretagne et de la Suisse se sont associés à ce projet intitulé Pangea. La CEDRA a précisé que cette participation n'aura pas de conséquences sur la recherche d'un site de dépôt final en Suisse.

En mars 2000, le Conseiller fédéral Leuenberger s'est entretenu avec une délégation du gouvernement de Nidwald afin de définir les démarches à entreprendre en vue de créer un dépôt pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs au Wellenberg. Il a été décidé de déterminer au moyen d'une galerie de sondage les résultats obtenus et l'opportunité de principe d'implanter le dépôt au Wellenberg. Malgré l'opposition des associations locales, Moritz Leuenberger a confirmé sa volonté de poursuivre le projet Wellenberg.

Etudiant la demande d'étude de forage et de dépôt, les autorités nidwaldienne, sous conseil d'experts, ont jugé qu'elle remplissait les conditions et était donc de facto recevable. La votation était prévue pour l'automne 2001. C'est la deuxième fois après le non de 1995 que le souverain nidwaldien est appelé à retourner aux urnes sur le thème du dépôt de déchets nucléaires. Les associations écologistes et les stations touristiques ont déjà fait part de leur opposition.

Deux oppositions se sont faites connaître contre la concession pour la galerie de sondage du Wellenberg (NW) que le gouvernement de Nidwald avait octroyé à la Société coopérative pour la gestion des déchets nucléaires au Wellenberg (GNW). Les réfractaires, à savoir la station d’Engelberg et la commune de Klosterdorf, ont toutefois réussi à trouver un compromis avec le GNW et ont retiré leur plainte. La votation cantonale sur la galerie de sondage a été agendée en septembre 2002.

Malgré l’appui de Moritz Leuenberger, les nidwaldiens ont, comme en 1995 (en 1995, un projet qui liait sondage et entreposage définitif avait été rejeté à 52,5%), refusé le projet de galerie de sondage au Wellenberg (NW) par 57,5% des voix, participation 71,3%. Avec ce non, ils ont désavoué leur Conseil d’Etat qui avait octroyé la concession, estimant que les conditions pour une telle galerie étaient remplies, même si certaines questions restaient ouvertes. Ce résultat négatif a été un revers pour la question de l’élimination des déchets radioactifs et diverses voix, dont la Société coopérative pour la gestion des déchets nucléaires au Wellenberg (GNW), se sont élevées pour demander l’élaboration de conditions-cadres qui permettent de trouver une solution politique au problème de ces déchets. La NAGRA devra remettre l’ouvrage sur le métier et trouver une alternative. Elle ne disposait pas de solution de rechange. Jusqu’à présent, les déchets faiblement à moyennement radioactifs provenant des centrales nucléaires suisses étaient placés dans les dépôts intermédiaires de ces centrales, tandis que ceux issus de la médecine et de la recherche allaient dans le dépôt intermédiaire (Zwilag) de Würenlingen (AG). Peu après le vote, le GNW a annoncé sa décision d’abandonner le projet au Wellenberg. Les recherches seront archivées et le site réaménagé.

Interpellé par deux interventions parlementaires (Teuscher, Ip. 02.3563 et Marty Kälin, Ip. 02.3592), le Conseil fédéral s'est exprimé sur les perspectives de la gestion des déchets nucléaires suite au rejet du dépôt en profondeur du Wellenberg (NW). Le Conseil fédéral voulait s'en tenir au modèle suisse de gestion des déchets radioactifs, dans lequel deux programmes étaient menés de front, l'un pour les déchet faiblement ou moyennement radioactifs (SMA), l'autre pour les éléments combustibles usés ainsi que les déchets hautement radioactifs ou moyennement radioactifs de longue durée (BE/HAA/LMA). Une nouvelle option était également à envisager, à savoir la réalisation d'un dépôt en profondeur unique pour toutes les sortes de déchets. Le Wellenberg abandonné, une nouvelle procédure de sélection pour un site de déchets SMA sera engagée. Toutefois, celle-ci exigeait une clarification législative préalable concernant les modalités de la gestion des déchets radioactifs. Le programme BE/HAA/LMA s’est poursuivi comme prévu. La Division principale de la sécurité des installations nucléaires (DSN) et la Commission fédérale de la sécurité des installations nucléaires examinera le rapport du Nagra sur la situation géologique du Weinland, remis en décembre 2002. Celui-ci avait trait à l'évacuation des déchets portant sur l'option de l'argile à opalines. Un groupe d'experts ad hoc de l'Agence de l'OCDE pour l'énergie nucléaire (AEN) interviendra dans le cadre de l'évaluation technique. La phase d'expertise durera environ deux ans et sera suivie d'une procédure de dépôt public. La décision du Conseil fédéral sur le justificatif de l'évacuation, la suite à donner au dossier et l'établissement d'un calendrier pour l'évacuation des BE/HAA/LMA ne tomberont pas avant le premier trimestre 2006.

Lors d’un vote consultatif, les Nidwaldiens ont, pour la quatrième fois, refusé le stockage des déchets radioactifs au Wellenberg. Une majorité de 79.7% des participants s’y sont opposé, suivant ainsi la prise de position des autorités cantonales et des principaux partis.