La centrale de Mühleberg (BE) a également fait l'objet d'une certaine curiosité puisque sa sécurité a été mise en doute par un rapport de l'Institut d'écologie appliquée de Darmstadt (RFA), présenté par l'Association «Mühleberg sous la loupe». Cette étude décèle des points faibles dans la conception de l'enceinte de confinement (trop petite), dans la cuve pressurisée du réacteur (étanchéité des soudures) et dans le système d'arrêt d'urgence (fiabilité). Conjuguées à une obsolescence générale de l'installation, ces déficiences augmentent, selon l'Institut, le risque de fusion du coeur. Ces conclusions furent infirmées par plusieurs acteurs, dont les Forces motrices bernoises (FMB) – propriétaires de l'installation – et le DFTCE. Le Conseil fédéral, en réponse à des questions des députés Brügger (ps, FR) et Paccolat (pdc, VS), affirma n'avoir aucun doute quant à la sécurité de la centrale, celle-ci bénéficiant d'aménagements de sécurité supplémentaires récents. L'association «Mühleberg sous la loupe» demanda, en vertu de ces nombreuses protestations, l'instauration d'un dialogue public sur la sûreté de l'installation. Celui-ci eut lieu entre les autorités fédérales et l'Institut susmentionné sans que, toutefois, leurs experts respectifs ne parviennent à s'accorder. Le 9 novembre 1990, les FMB ont présenté, à l'OFEN, leur requête d'exploitation illimitée de Mühleberg.

Parallèlement aux efforts entrepris pour augmenter la puissance des centrales nucléaires (le programme «énergie 2000» prévoit une augmentation de 10%) et en raison du moratoire, se dessine, parmi les exploitants de centrales nucléaires, une tendance visant à prolonger de moitié la durée d'exploitation des centrales, initialement programmée à 40 ans. Une telle prolongation de leur durée de vie devra être accompagnée par une lutte constante contre le vieillissement et par un contrôle strict de la sécurité car il a été constaté que la majorité des incidents était dû au vieillissement et à l'usure des matériaux. Les forces motrices bernoises (FMB) ont présenté au Conseil fédéral la demande d'un permis non-limité dans le temps pour l'exploitation de la centrale de Mühleberg (BE) et d'une autorisation pour augmenter de 10% la puissance du réacteur. Le Conseil d'Etat et le Grand Conseil bernois se sont déclarés favorables à cette requête en dépit de l'opposition des socialistes et des écologistes. Toutefois, ce préavis devra encore être soumis à une votation populaire cantonale consultative en 1992. La Division de sécurité des installations nucléaires de l'OFEN a transmis un préavis favorable quant à l'octroi d'un permis illimité. Sur cette question, deux motions ont été déposées au Conseil national, la première par le groupe écologiste (Mo. 90.565), qui propose au Conseil fédéral de retirer l'autorisation d'exploiter la centrale de Mühleberg, la seconde par la conseillère nationale Bäumlin (ps, BE) (Mo. 91.3023) qui demande au gouvernement de faire exécuter une contre-expertise de la centrale par un organisme international indépendant. En 1990 déjà, l'association «Mühleberg unter der Lupe», se basant sur un rapport de l'institut d'écologie appliquée de Darmstadt (RFA) avait mis en cause la sécurité de la centrale. De nombreuses oppositions à l'octroi d'un permis définitif, issues de Suisse, d'Allemagne et d'Autriche, avaient été envoyées au DFTCE.

A la surprise des observateurs, la population bernoise s'est prononcée à une majorité de 51,4% des voix contre l'octroi d'un permis non-limité dans le temps pour l'exploitation de la centrale de Mühleberg (BE) et l'autorisation d'augmenter de 10% la puissance du réacteur. Elle a ainsi désavoué ses autorités qui s'étaient déclarées favorables à la requête des Forces Motrices Bernoises (FMB). Ce vote n'avait toutefois qu'une valeur consultative, la décision finale relevant de la compétence du Conseil fédéral. Les incertitudes quant à la sécurité de la centrale, qui est en fonction depuis vingt ans, et les risques accrus du fait de l'augmentation de la puissance du réacteur ont pesé de façon décisive dans le résultat de la votation. Au lendemain de la votation; le chef du DFCTE s'est à nouveau entretenu avec le gouvernement bernois, ainsi qu'avec des représentants des partisans et des adversaires de la demande des FMB. Les organisations écologistes ont reproché au gouvernement de mener une politique trop favorable au nucléaire; ils ont même entamé une procédure pour demander la récusation d'Adolf Ogi sur le dossier de Mühleberg, car, selon elles, le «parti-pris» du DFTCE, en particulier des membres de la Division de la sécurité des installations nucléaires (DSN), en faveur du nucléaire rendait impossible une décision neutre.

Au mois de décembre, le Conseil fédéral a finalement décidé d'autoriser l'augmentation de 10% de la puissance du réacteur, mais seulement pour une période de 10 ans. Pour justifier sa décision, le gouvernement a invoqué la dépendance accrue de la Suisse pour son approvisionnement énergétique. Il a ajouté que la sécurité de la centrale serait maintenue à son niveau actuel par la réalisation de travaux supplémentaires et que l'augmentation de la puissance du réacteur n'entraînerait qu'un très léger réchauffement de l'Aar. Les partis écologiste et socialiste bernois, ainsi que les organisations anti-nucléaires ont vivement déploré la décision du Conseil fédéral qui, selon eux, met en cause l'armistice énergétique issu des votations de 1990 et contourne le moratoire de dix ans contre la construction de nouvelles centrales nucléaires. Certaines organisations ont également annoncé leur intention de suspendre leur participation au programme «Energie 2000». Pour leur part, les FMB se sont déclarées satisfaites tout en regrettant la limitation à 10 ans.

Une dizaine de personnes habitant à proximité de la centrale nucléaire de Mühleberg (BE) ont déposé un recours auprès de la Commission européenne des droits de l'homme de Strasbourg contre la décision du Conseil fédéral d'autoriser l'augmentation de la puissance de la centrale de Mühleberg. Le recours porte sur le fait que cette dernière risque de mettre en danger la vie et la santé des personnes résidant aux alentours de la centrale. Les plaignants ont également protesté contre la toute puissance et la partialité du Conseil fédéral et des services spécialisés du DFTCE.

La deuxième Chambre de la Commission européenne des droits de l'homme est entrée en matière sur la requête déposée en 1993 par une dizaine de personnes habitant à proximité de la centrale nucléaire de Mühleberg. Constituant une réaction à la décision du Conseil fédéral d'augmenter de 10% la puissance de la centrale bernoise, cette requête porte sur le droit suisse dans le domaine nucléaire qui exclut la possibilité de porter la décision du gouvernement devant une autorité judiciaire indépendante. Le verdict de la Commission de Strasbourg ne devrait pas être rendu avant deux ou trois ans.

La Commission européenne des droits de l'homme a jugé recevable le recours déposé en 1993 par une dizaine de particuliers contre l'autorisation d'exploitation de la centrale de Mühleberg qui fut prolongée en 1992 par le Conseil fédéral. Les recourants avaient motivé leur action en invoquant le fait que – contrairement à la réglementation de la CEDH sur les décisions concernant la protection de l'existence ou de la santé humaine – la législation nucléaire suisse ne prévoit aucune possibilité de s'opposer aux autorisations d'exploitation délivrées par le gouvernement devant un tribunal indépendant.

Au lendemain de la publication du rapport des Forces motrices bernoises (FMB) sur les alternatives possibles à la centrale de Mühleberg, la presse a annoncé que la Commission européenne des droits de l'homme avait donné raison aux dix habitants de la commune de Mühleberg (BE) concernant leur recours déposé suite à la prolongation de l'autorisation d'exploitation de la centrale bernoise décrétée en 1992 par le Conseil fédéral. Conformément aux arguments invoqués par les recourants, la Commission est arrivée à la conclusion que la procédure suisse d'autorisation en matière de centrales nucléaires viole bel et bien la CEDH du moment que celle-ci ne permet pas aux parties à la procédure de s'adresser à un tribunal indépendant et impartial. Cette étape préliminaire passée, l'affaire a été déférée à la Cour européenne des droits de l'homme dont le verdict pourrait contraindre la Suisse à adapter son droit en la matière (Signalons encore qu'une cinquantaine de militants de Greenpeace ont bloqué fin août l'entrée du site de Mühleberg en signe de protestation contre l'exploitation de la centrale jugée dangereuse en raison notamment de fissures constatées depuis 1990 dans la jupe du coeur du réacteur).

Alors qu'ils avaient obtenu gain de cause devant la Commission des droits de l'homme en 1996, les recourants contre la décision prise en 1992 par le Conseil fédéral de prolonger de dix ans l'exploitation de la centrale de Mühleberg (BE) et d'autoriser parallèlement l'augmentation de sa puissance de 10% ont finalement été déboutés par la Cour européenne des droits de l'homme. Par douze voix contre huit, les juges de Strasbourg ont en effet estimé que la législation suisse relative aux infrastructures nucléaires respecte la Convention européenne des droits de l'homme (CEDH), même si la procédure d'autorisation en la matière ne permet pas aux parties de s'adresser à un tribunal indépendant. Signalons cependant qu'une telle prérogative figurera dans le projet de révision totale de la loi sur l'énergie atomique qui sera mis en consultation en 1998 (Il est à noter que deux autres affaires similaires sont encore pendantes à Strasbourg, l'une concernant la prolongation de l'exploitation de Beznau II (AG), l'autre visant l'autorisation accordée en 1996 pour le dépôt intermédiaire central pour déchets radioactifs à Würenlingen (AG)).