En juin 1999, Moritz Leuenberger avait créé le groupe d'experts EKRA afin de comparer les différents modèles de gestion des déchets radioactifs (stockage final géologique, entreposage à long terme contrôlé et récupérable et stockage intermédiaire) et de proposer des démarches à adopter. Le rapport et le modèle proposés par le groupe EKRA étaient prévus pour s’inscrire dans la loi sur l’énergie nucléaire (LENu). Les travaux de l’EKRA, rendus publics en février, recommandaient un modèle de stockage géologique durable associant le stockage final à la possibilité de récupérer les déchets: les objectifs sous-jacents étaient, d’une part, de garantir la sécurité de l’être humain et de l’environnement et, d'autre part, de laisser la liberté aux générations futures de décider de fermer le dépôt ou d'en maintenir l'accès grâce à la réversibilité. L'EKRA a toutefois souligné la précarité de faire des prévisions sur 100 000 ans. Le modèle proposé par l'EKRA prévoyait en plus du dépôt principal l'aménagement d'un dépôt test et d'un dépôt pilote, soumis à une phase d'observation prolongée. Au niveau du site type, l'EKRA concluait que Wellenberg (NW) satisfaisait aux exigences du stockage final géologique aussi bien qu'à celles du stockage géologique durable contrôlé. Pour l'EKRA, les options de stockage à l'étranger ne constituaient pas une alternative à la solution du problème en Suisse. Ainsi d'après eux, il convenait de poursuivre le programme lié aux déchets nucléaires avec le modèle du Wellenberg actualisé comme point de départ.

En octobre, le groupe d’experts pour les modèles de gestion des déchets radioactifs (EKRA), présidé par le professeur Wildi, a publié son deuxième rapport au sujet du modèle de stockage géologique durable contrôlé. Le document réaffirme qu'un dépôt en profondeur est plus adapté qu'un dépôt en surface. La sécurité y sera meilleure, notamment face aux catastrophes, à la guerre, au terrorisme, aux chutes d’avion. Le "modèle Wildi" est composé de trois types de dépôts : le dépôt test, le dépôt pilote et le dépôt principal. Il offre la possibilité de maintenir ouvertes certaines parties – le dépôt pilote en particulier – pendant une phase de contrôle et d’observation prolongée. Il s’agit aussi de laisser la porte ouverte à la récupération des déchets en cas de défaillance de la sécurité. Conséquence : le groupe Wildi propose de mettre en place un système d’assurance spécial et d’en tenir compte dans la révision de la loi sur la responsabilité nucléaire. L’EKRA considère que la multiplication des droits d’opposition contre la construction d’un dépôt est problématique. Il suggère de retirer aux cantons et aux communes leur droit de veto et de transférer l’ensemble des compétences en matière d’énergie nucléaire à la Confédération. Le groupe "Wildi" reconnaît néanmoins l’importance de la participation des acteurs régionaux. Elle suggère la création d’un conseil de gestion pour l’élimination des déchets, une instance consultative dans laquelle la Confédération, les cantons, les producteurs de déchets, les organisations préposées à leur gestion, des organisations non gouvernementales (ONG) et associations régionales seraient représentées. Selon le deuxième rapport Wildi, le rôle de la Confédération doit être accru. Elle devrait fixer un calendrier contraignant de mise en service des dépôts souterrains, car tant pour le Wellenberg que pour le dépôt de Benken la procédure était, à ses yeux, trop lente. La commission recommande également de séparer les autorités qui délivrent les autorisations de celles qui assurent la surveillance. Elle demande aussi la création d’un organe de contrôle indépendant chargé de superviser la gestion financière et le programme de travail de la Coopérative pour l’entreposage des déchets radioactifs (NAGRA). Le groupe plaide enfin pour l’encouragement des programmes pluridisciplinaires de recherche sur la gestion des déchets et pour la formation de spécialistes.

L'Allemagne a donné raison à ses concitoyens en contestant le Benken comme site d'entreposage définitif des déchets radioactifs. Elle critiquait la procédure suisse et invitait Berne à reprendre à zéro son évaluation des solutions de stockage, moyennant des alternatives. Après les avoir gelé, les autorités allemandes ont rejeté les conclusions du groupe d'experts allemands (AkEnd) qu'elles avaient mandaté pour se pencher sur la procédure de sélection suisse. L'AkEnd avait conclu dans son rapport que cette dernière remplissait les exigences en place sur le plan international. La préférence accordée pour des raisons de sécurité au Benken en vue de la réalisation du dépôt suisse de HAA/LMA en profondeur lui paraissait justifié. Le reproche d'avoir intentionnellement choisi un site proche de la frontière était sans fondement. L'avis de AkEnd ne reflétait pas l'opinion du Ministère fédéral allemand.

Les habitants de la zone voisine allemande de Benken ont contesté les résultats du Nagra et ont demandé à leurs autorités de mener de nouvelles analyses. Mandaté par deux groupes opposés aux dépôts, une analyse de l'Institut d'écologie de Darmstadt (D) a rendu une étude allant dans leur sens. Les experts critiquaient le manque de critères précis dans l'évaluation des analyses du site de dépôt, d'où une impression d'opacité et d'arbitraire. Autre grief, la population n'avait pas été suffisamment impliquée dans le choix du site. Sur le plan géologique, les experts allemands remettaient en cause les preuves que le Benken était optimal à long terme. L'étude recommandait un examen du risque de tremblements de terre ou de mouvements de l'écorce terrestre, qui ne peuvent pas être exclus dans la région du nord de la Suisse, située près d'une zone de fissures tectoniques. L’analyse allemande dénonçait aussi l'énoncé selon lequel les couches d'opaline argileuse, qui devraient accueillir les déchets radioactifs, formaient une couche pratiquement imperméable. Des pertes d'eau auraient été observées lors d'un forage d'essai dans la roche.

Compte tenu des dispositions de la nouvelle loi sur l'énergie nucléaire et dans un souci consensuel, l'OFEN a associé le canton d'accueil (Zurich) et ses voisins (Argovie, Schaffhouse, Thurgovie, ainsi que l’Allemagne) aux travaux préparatoires d'autorisation générale pour la construction d'un dépôt en profondeur au Benken. Trois organes de consultation ont été mis en place: une commission composée de représentants des gouvernements des cantons concernés et du Land de Bade-Württemberg, un forum placé sous la direction de la DSN, dans lequel les experts des cantons et du Land de Bade-Württemberg traitent et discutent des diverses questions et enfin, un groupe de travail s'occupant de l'information et de la coordination.

Le chef du DETEC, Moritz Leuenberger, a créé un comité consultatif chargé de suivre le choix des sites pour le dépôt des déchets nucléaires hautement radioactifs. Il doit aider à repérer les objections, à voir comment intégrer la population et renforcer son acceptation. Le comité est composé de cinq personnes regroupant des pro- et des antinucléaires.

Die Kernkraftbefürworter begrüssten die Vorschläge des Bundes zur Lösung der Endlagerfrage. Sie betrachten das Problem der Lagerung von radioaktiven Abfällen als zentrales Hindernis für den Bau neuer Atomkraftwerke und möchten eine möglichst rasche Klärung dieser Frage. Kritisiert wurde der Sachplanentwurf dagegen von der atomkritischen Schweizerischen Energiestiftung. Sie beanstandete unter anderem die ungenügenden Mitwirkungsmöglichkeiten der betroffenen Bevölkerung.

Laut dem Konzept des Bundesamts für Energie soll bei der Standortsuche für ein geologisches Tiefenlager maximale Transparenz herrschen, zudem sollen die betroffene Bevölkerung, politische Gruppierungen und ausländische Behörden mitwirken können. Ein Standortentscheid könnte demnach in 8-10 Jahren gefällt werden. In einer ersten Phase will der Bund geeignete Regionen evaluieren, dabei stehen sicherheitstechnische Kriterien im Vordergrund. In einem zweiten Schritt sollen je mindestens 2 potentielle Standorte für schwach- und mittelaktive sowie für hochradioaktive Abfälle ausgeschieden werden. Neben sicherheitstechnischen Gesichtspunkten sollen auch raumplanerische und sozioökonomische Aspekte berücksichtigt werden. Hierbei ist die Mitwirkung der betroffenen Regionen vorgesehen. In einer letzten Etappe wird der Bundesrat je einen Standort für schwach- und mittelaktive sowie für hochradioaktive Abfälle bezeichnen. Dieser Vorschlag muss vom Parlament genehmigt werden und untersteht dem fakultativen Referendum.

Gemäss der Kernenergieverordnung von 2005 muss der Bund einen Sachplan für die Lagerung von radioaktiven Abfällen in geologischen Tiefenlagern ausarbeiten. Im März 2006 legte das Bundesamt für Energie (BFE) einen Entwurf für einen Fahrplan vor, nach dem zu verfahren ist, um einen Entscheid über einen Standort für ein geologisches Tiefenlager zu ermöglichen und mehrheitsfähig zu machen. Das BFE konsultierte anschliessend die kantonalen Fachstellen für Raumplanung und ergänzte den Entwurf mit ihren Anregungen. Der überarbeitete Entwurf wurde den betroffenen Behörden des Bundes und den Nachbarstaaten ab November zur Stellungnahme vorgelegt, die Vernehmlassung war am Ende des Berichtsjahres noch nicht abgeschlossen.