Im Zusammenhang mit den in Volksabstimmungen getroffenen ablehnenden Einbürgerungsentscheiden im Vorjahr war von Juristen und Politikern auch die Verletzung von verfassungsmässigen Grundrechten vermutet worden. Namentlich gegen den Widerstand der SVP überwies der Nationalrat im Berichtsjahr eine Motion, welche vom Bundesrat gesetzliche Vorkehrungen für ein diskriminations- und willkürfreies Einbürgerungsverfahren verlangt. Der Ständerat wandelte den Vorstoss in ein Postulat um. Unter grosser Medienbeachtung wiederholte sich in der Luzerner Vorortsgemeinde Emmen das Geschehen des Vorjahres: Wiederum lehnten die Stimmberechtigten sämtliche Einbürgerungsgesuche von Personen aus dem ehemaligen Jugoslawien ab und stimmten gleichzeitig den Gesuchen von italienischen Staatsangehörigen zu. In der Basler Vorortsgemeinde Pratteln (BL) war es 1999 zu ähnlichen negativen Einbürgerungsentscheiden gegen Personen aus Südosteuropa gekommen. Eine Beschwerde eines Anwalts der Abgelehnten wegen Willkür und Verstoss gegen das Diskriminierungsverbot war von der Kantonsregierung mit dem Argument abgewiesen worden, dass kein Rechtsanspruch auf Einbürgerung bestehe. Das in der Folge angerufene kantonale Verwaltungsgericht gab den Klägern jedoch Recht und stellte fest, dass der Entscheid der Bürgergemeinde Pratteln willkürlich und diskriminierend gewesen sei. Es hob deshalb das Verdikt auf und wies die Gemeinde an, die Einbürgerungsgesuche nochmals zu beurteilen.

Im Kanton Aargau lehnten die Stimmberechtigten mit einem Neinstimmen-Anteil von 61% eine Volksinitiative der Schweizer Demokraten für obligatorische kommunale Volksabstimmungen an der Urne über Einbürgerungen ab. Demnach werden diese Entscheide weiterhin von der Gemeindeversammlung oder – in den Städten – vom Parlament gefällt. In Zürich bestätigte die Kantonsregierung einen Beschluss der Exekutive der Stadt Zürich, eine Volksinitiative der SVP für einen Urnenentscheid über Einbürgerungen als ungültig zu erklären. Sie bestätigte dabei die Begründung der Stadtregierung, dass die Initiative zu unlösbaren Widersprüchen zwischen dem Informationsanspruch der Stimmenden und dem Recht der Gesuchsteller auf den Schutz ihrer Privatsphäre führen würde. Die SVP rekurrierte gegen die Ungültigkeitserklärung beim Bundesgericht. Im Kanton Luzern reichten die Grünen eine Volksinitiative für ein Verbot von Volksentscheiden (sei es an der Gemeindeversammlung oder an der Urne) bei kommunalen Einbürgerungsbeschlüssen ein. Zuständig sollen in Zukunft die Exekutive oder eine spezielle Kommission sein.

Im Kanton Bern fand eine Volksabstimmung zu der von der Regierung beantragten und vom Parlament gegen die Stimmen der SVP beschlossenen neuen Vorschrift statt, dass kommunale Einbürgerungsentscheide überall durch die Exekutiven zu fällen sind. Bei rund zwei Dritteln der bernischen Gemeinden war dafür bisher die Legislative (Gemeindeversammlung oder Parlament) zuständig gewesen. Am 25. September wurde die neue Regelung gegen den Widerstand der SVP mit rund 60% Ja-Stimmen angenommen. Auch im Kanton Appenzell-Ausserrhoden sind in Zukunft die Gemeindeexekutiven für Einbürgerungsentscheide zuständig. Gegen ein vom Kantonsparlament beschlossenes Gesetz wurde das Referendum nicht ergriffen. In der Stadt Zürich reichten die PdA und die Alternative Liste eine Volksinitiative mit demselben Ziel ein; das Parlament hiess eine analoge Motion gut. Im Kanton Zürich wurde mit der Annahme der neuen Kantonsverfassung die Bestimmung aufgehoben, dass über die Erteilung des Gemeindebürgerrechts nur ortsansässige Gemeindebürger entscheiden dürfen.

Im Kanton Schwyz, wo bisher besonders häufig Gemeindeversammlungen über Einbürgerungen entschieden, nahm das Volk mit knappem Mehr (52%) eine Volksinitiative der SVP an, die explizit geheime Abstimmung ermöglichen will. Die Regierung gab im Herbst einen Vorschlag in die Vernehmlassung, der diese Forderung unter Berücksichtigung der vom Bundesgericht im Jahr 2003 verlangten Begründungspflicht für eine Ablehnung umsetzt. Sie lehnte sich dabei an die parlamentarische Initiative Pfisterer an und verlangt, dass, wer bei Einbürgerungsgesuchen den Antrag auf eine geheime Abstimmung stellt, eine Begründung für die Gesuchsablehnung abgeben muss. In der Luzerner Vorortsgemeinde Emmen, wo serienweise negative Einbürgerungsentscheide in Volksabstimmungen an der Urne für Aufsehen gesorgt hatten, kam man von dieser, vom Bundesgericht beanstandeten Art der Beschlussfassung wieder ab. Die Stimmberechtigten optierten im Verhältnis zwei zu eins dafür, in Zukunft eine Einbürgerungskommission über die Gesuche entscheiden zu lassen. Sogar die lokale SVP, welche mit einer Volksinitiative für die Einführung der Urnenabstimmung verantwortlich gewesen war, befürwortete diesen Systemwandel.

In den Kantonen und Gemeinden blieb die Regelung der Einbürgerung ein beliebtes Aktionsfeld der SVP im Berichtsjahr. Im Kanton Solothurn reichte sie das Referendum gegen eine Gesetzesrevision ein, weil diese den Entscheid über die zuständige Einbürgerungsinstanz (Kommission, Exekutive oder Gemeindeversammlung) den Gemeinden überlassen wollte. Die Neuerung wurde in der Volksabstimmung gutgeheissen. Ebenfalls erfolglos bekämpfte die SVP in Obwalden das revidierte Einbürgerungsgesetz, welches unter anderem eine Anpassung an die Bundesgerichtsentscheide (Begründungspflicht für eine Ablehnung) vornahm.

In den Kantonen und Gemeinden blieb die Regelung der Einbürgerung weiterhin ein beliebtes Aktionsfeld der SVP. Der Freiburger Grosse Rat beschloss, dass die kommunalen Einbürgerungsentscheide in Zukunft durch die Exekutive und nicht mehr durch die Gemeindeversammlung oder das Gemeindeparlament gefällt werden sollen. Die SVP reichte dagegen das Referendum ein. Eine solche Regelung kennen bereits die Kantone Genf, Neuenburg und Waadt sowie seit 2005 auch der Kanton Bern. Im Kanton Wallis stimmte das Volk mit 72% Ja-Stimmen einer Übertragung der Kompetenz zur kommunalen Einbürgerung von der Bürger- auf die Einwohnergemeinde zu. Nur die SVP kämpfte dagegen, die Bürgergemeinden selbst waren damit aber einverstanden, da sie gemäss revidiertem Bundesrecht nur noch verwaltungskostendeckende Einbürgerungsgebühren verlangen dürfen. Im Aargau bekämpfte die SVP das Vollzugsgesetz zu dieser neuen nationalen Regelung, dass die Gemeinden nur noch kostendeckende Einbürgerungsgebühren verlangen dürfen, mit einem Behördenreferendum. Das Volk nahm die von der SVP als „Gratiseinbürgerung“ bekämpfte Vorlage deutlich (68% Ja) an.