Der Präsident der für die parlamentarische Kontrolle der Geheimdienste zuständigen Geschäftsprüfungsdelegation, Ständerat Hofmann (svp, ZH), hatte 2007 eine parlamentarische Initiative für die Übertragung der zivilen Nachrichtendienste an ein einziges Departement eingereicht. In der Folge hatten die GPK der beiden Parlamentskammern diesen Vorstoss unterstützt und der Delegation den Auftrag erteilt, die erforderlichen gesetzlichen Anpassungen für die Zusammenlegung des strategischen Nachrichtendienstes (SND) und des Dienstes für Analyse und Prävention (DAP) vorzuschlagen. Erster ist zur Zeit im VBS, letzterer im EJPD untergebracht. In ihrem im Frühjahr des Berichtsjahres präsentierten Vorschlag verzichtete die Delegation auf die Zusammenfassung der beiden Dienste und deren feste Einordnung in ein Departement, da diese Entscheide in den Kompetenzbereich des Bundesrates fallen. Sie beschränkte sich darauf, mit einer Veränderung des Militärgesetzes die Herauslösung des SND aus dem VBS zu ermöglichen, und mit einer Teilrevision des Gesetzes über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit dafür zu sorgen, dass der DAP nicht von Gesetzes wegen zum EJPD gehören muss. Der Bundesrat war mit diesen Vorschlägen und auch mit der Zielrichtung grundsätzlich einverstanden. Er betonte aber, dass er die beiden Dienste, welche unterschiedliche Funktionen zu erfüllen haben, auch bei der Zusammenfassung in einem einzigen Departement organisatorisch getrennt lassen möchte. Zudem unterstrich er seine von der Geschäftprüfungsdelegation nicht in Frage gestellte alleinige Kompetenz in Organisationsfragen.

Im Mai, also noch vor der parlamentarischen Debatte, hatte der Bundesrat beschlossen, die mit nachrichtendienstlichen Aufgaben im Bereich der inneren Sicherheit betrauten Teile des DAP ab Anfang 2009 dem Vorsteher des VBS zu unterstellen. Dieser wurde zudem mit der Koordination der sicherheitspolitisch relevanten kantonalen und nationalen Stellen beauftragt.

Das Parlament verabschiedete die neuen Bestimmungen bereits in der Herbstsession. Der Ständerat stimmte in der Sommersession oppositionslos zu. Im Nationalrat meldeten die Grünen Widerstand an. Erstens sprachen sie sich grundsätzlich gegen eine mögliche Verschiebung des polizeilichen Nachrichtendienstes aus dem EJPD in das VBS und damit in die Nähe des Militärs aus und zweitens verlangten sie, dass vor einer Neuorganisation zuerst die Funktion und die Aufgaben der Geheimdienste breit diskutiert und definiert werden müssen. Neben den Grünen sprach sich zwei Wochen später in der Schlussabstimmung, bei der die Vorlage angenommen wurde, auch eine klare Mehrheit der SVP dagegen aus.