Auf Antrag der Nationalratskommission stimmte die Grosse, später auch die Kleine Kammer einer Regelung zum Einsatz von Placebos zu, die im Bundesratsentwurf fehlte. Zudem entschied der Erstrat, auch Urteilsunfähige in das Einwilligungsverfahren einzubeziehen, worin der Ständerat wiederum keine sachliche Relevanz sah. In der Differenzbereinigung beharrte der Nationalrat auf seiner Position, worauf sich der Ständerat ihm anschloss. Knapp, mit Stichentscheid des Ratspräsidenten entschied der Nationalrat die Streichung eines umstrittenen Passus in der Sicherstellungsklausel, der den Schutz von Personen vorsah, denen eine Versicherung aufgrund des Versicherungsvertragsrechts den Versicherungsschutz verweigern könnte. Auf Antrag der Kommission anerkannte die Grosse Kammer abweichend vom Bundesrat zudem den Tatbestand der Unangemessenheit und akzeptierte letztere als Grund für eine allfällige Rüge. Allerdings gab er in der Differenzbereinigung nach und schwenkte auf die vom Ständerat gestützte Bundesratsversion um, welche die Unangemessenheit als Rügegrund ausklammerte. Um die Bewilligungsverfahren der kantonalen Ethikkommissionen möglichst kurz zu halten, setzte der Nationalrat ihnen eine Behandlungsfrist von zwei Monaten für normale Gesuche. Gleichzeitig erteilte er dem Bundesrat die Kompetenz, bei dringendem Handlungsbedarf kürzere Bearbeitungszeiten zu veranlassen. Nach anfänglicher Ablehnung akzeptiere der Ständerat im Rahmen der Differenzbereinigung die Fristen. Für die Idee seiner WBK, die Arbeit der kantonalen Ethikkommissionen durch Ombudsstellen begleiten zu lassen, vermochten sich weder die WBK-NR noch der Nationalrat erwärmen. In Bezug auf die Bestimmungen zur Registrierungspflicht für Humanforschungsvorhaben, die sich an internationalen Standards orientiert, beschloss der Ständerat den Begriff «Forschungsprojekte» durch «klinische Studien» zu ersetzen und letzeres in den Begriffsdefinitionen des Gesetzes zu verankern. Der Nationalrat übernahm die Idee, wählte aber anstellte der «klinischen Studien» den gängigeren «klinischen Versuch», womit die kleine Kammer leben konnte. Ohne Opposition akzeptierten beide Räten die Änderungen im bisherigen Recht (Bundesgesetz über den Datenschutz, Transplantationsgesetz, Stammzellenforschungsgesetz, Heilmittelgesetz). In der Herbstsession nahmen sie die Vorlage deutlich an.