La majorité des acteurs politiques et économiques helvétiques s’accordent pour affirmer que les domaines de la formation, de la recherche et de l’innovation (FRI) sont des thèmes décisifs qui permettent la prospérité, le développement durable et la cohésion nationale. Nombreux sont ceux qui considèrent que le domaine FRI est la clé du succès suisse. Dans cette optique, le message du Conseil fédéral sur l'encouragement de la formation, de la recherche et de l’innovation pendant les années 2017 à 2020 a attiré tous les regards au début de l’année 2016. Principalement, ce message envisage une enveloppe de 26 milliards pour tous les domaines FRI, définit quatre axes d’encouragement prioritaires, cinq révisions de loi et une nouvelle loi. En détail, les quatre domaines prioritaires sont la formation professionnelle supérieure, l’encouragement de la relève scientifique, un programme spécial pour augmenter le nombre de diplômés en médecine humaine et l’innovation. Du côté du budget, le Conseil fédéral propose une croissance annuelle de 2 pour cent des moyens mis à disposition pour l’encouragement du domaine FRI. En outre, il est nécessaire de préciser que le domaine des hautes écoles profiterait d’une progression moyenne de 1,5 pour cent alors que la recherche et l’innovation, domaine prioritaire, devrait connaître une hausse de 2,9 pour cent par année. Finalement, le message soutient une mise à jour de cinq lois fédérales. D’une part, une modification de la loi sur la formation professionnelle devrait permettre la fonte d’un nouveau modèle de financement de la formation professionnelle supérieure. D’autre part, la modification de la loi sur les écoles polytechniques fédérales concernerait principalement les taxes d’étude et l’admission des étudiants étrangers. Finalement, une nouvelle loi sur la coopération entre la Confédération et les cantons dans l’espace suisse de formation ponctue ce message.
La Commission des finances (CdF-CN) et la Commission de la science, de l’éducation et de la culture (CSEC-CN) du Conseil national se sont prononcées sur la question. Tout d’abord, la CdF-CN propose à sa chambre d’accepter les arrêtés fédéraux proposés. Aucune proposition de hausse ou de baisse des crédits alloués au domaine FRI n’a été acceptée au sein de la commission. Ensuite, la CSEC-CN a commencé l’analyse projet par projet. En résumé, la commission a estimé que les moyens mis à disposition ne permettraient pas de remplir les objectifs élevés de la Confédération. Si la commission a précisé qu’elle était consciente des restrictions liées au programme de stabilisation financière, elle considère que, en tant que clé de voûte de la réussite suisse, le domaine FRI devrait obtenir des moyens supplémentaires.

Le débat sur le budget pour la formation, la recherche et l’innovation (FRI) 2017-2020 a suscité de nombreux remous au sein de la chambre basse. Après de vives prises de positions, le Conseil national a finalement tranché pour un budget de 26 milliards de francs. Cette augmentation moyenne de 2 pour cent par année rejette ainsi les velléités de l’UDC qui préconisait des coupes budgétaires d’environ 1 milliard de francs, mais ne rejoint pas pour autant les conseils de sa Commission de la science, de l’éducation et de la culture (CSEC-CN) qui était montée au créneau pour une augmentation de 3,2 pour cent de l’enveloppe budgétaire. Au final, la gauche, le PBD, le PVL et certaines franges du PDC et du PLR, défenseurs d’une hausse du budget, n’ont pas réussi à imposer leurs voix. En effet, bien qu’elles aient résonné, à force de métaphores et citations historiques, l’argument financier a poussé la chambre du peuple a coupé la poire en deux. Isabelle Chevalley (plr, VD), tout comme Christoph Eyman (plr, BS), ont utilisé l’argument de la compétitivité, en citant non seulement la Chine ou encore Singapour comme exemple, mais aussi Abraham Lincoln qui disait : « Si vous pensez que l’éducation coûte cher, essayez l’ignorance ». Néanmoins, ces arguments n’ont pas réussi à convaincre la chambre. Au final, le Conseil national a défini quatre axes prioritaires : la formation professionnelle supérieure, l’encouragement à la relève scientifique, la formation des médecins et le soutien à la recherche et l’innovation. Ces orientations conditionnent donc la répartition des enveloppes budgétaires. Du côté académique, 10,18 milliards reviennent aux deux EPF, 2,75 milliards sont attribués aux universités, 2,15 milliards sont partagés entre les différents HES. De l’autre côté, la formation professionnelle touche 3,36 milliards alors que la formation continue se voit octroyer 25,7 millions. 4,15 milliards sont attribués au FNS, alors que le reste de l’enveloppe revient à différents projets, aux cantons pour les bourses d’étude, ou encore à la Commission pour la technologie et l’innovation.

Dès le mois de juin, le parlement s'est penché sur le détail du message du Conseil fédéral concernant l’encouragement de la formation, de la recherche et de l’innovation pendant les années 2017 à 2020.
Le vaste projet contenant 16 propositions en rapport avec six domaines: la formation professionnelle et continue (loi fédérale, financement et contributions allouées aux cantons), les école polytechniques fédérales (loi fédérale et plafonnement des dépenses), l'encouragement et la coordination des Hautes Ecoles (loi fédérale et ouverture de crédits), l'attribution de bourses à des étudiants, étudiantes, ou artistes étrangers (loi fédérale et ouverture de crédits), l'encouragement de la recherche et de l'innovation (loi fédérale et financement des institutions et établissement de recherche d'importance nationale, financement de la commission pour la technologie et l'innovation (CTI)) et enfin la coordination nationale et internationale dans les domaines de la recherche et de l'innovation (loi fédérale et financement).
Les arrêtés fédéraux concernant le financement et les crédits alloués ont tous été acceptés au vote final lors de la session d'automne. Des divergences sont apparues au niveau de la hauteur du financement de la Confédération. Ainsi, pour la formation professionnelle le Conseil d'Etat a réclamé une rallonge de 100 millions, ce qui porte le total de l'enveloppe à 3.63 milliards de CHF. Les sénateurs ont également voulu relever de 160 millions le plafond des dépenses pour les écoles polytechniques fédérales, portant celui-ci à 10,34 milliards de CHF. Les universités et hautes écoles ont grâce à la chambre des cantons obtenu des rallonges de 95 millions, ce qui donne une somme totale de 2.8 milliards de CHF pour les universités et 2.19 milliards de CHF pour les HES. Enfin, les établissements de recherche d'importance nationale ont grâce aux sénateurs vu leur enveloppe augmenter de 40 millions, pour un total final de 422 millions de CHF. Toutes ces propositions du Conseil des Etats ont été acceptées par le Conseil national à la fin septembre 2016.
Durant ce même mois de septembre, les différentes modifications des lois fédérales proposées par les sept sages ont été acceptées, à l'exception de celle sur la formation professionnelle, qui a donné lieu à d'importants débats. Le projet du Conseil fédéral prévoyait une participation de la Confédération aux frais de formation professionnelle sous forme de subsides versés aux personnes qui suivent des cours préparatoires aux examens professionnels fédéraux ou aux examens fédéraux supérieurs. En tant que premier conseil, la chambre basse a approuvé le projet du Conseil fédéral. La chambre haute, elle, a souhaité ajouter un alinéa stipulant que ces subventions devraient être versées au moins une fois par année, et non seulement une fois les examens passés. Cette proposition émanant de la gauche et d'une partie du PDC et du PLR était motivée par le fait que certains candidats ne peuvent se permettre de préfinancer eux-mêmes leur formation continue, dans le cas où les employeurs ne le font pas non plus. De retour à la chambre du peuple, la proposition a soulevé les mêmes oppositions que chez les sénateurs: cela aurait un coût bureaucratique trop élevé, et des subventions risqueraient d'être versées à des personnes ne poursuivant pas leur formation jusqu'à l'examen. Un compromis a donc été trouvé: un préfinancement de la Confédération est possible, du moment que le candidat en fait une demande officielle. Cette solution médiane a également séduit les représentants des cantons et la nouvelle loi sur la formation professionnelle a été adoptée au vote final le 16 décembre 2016.