Anfang November 2020 verabschiedete die GPDel ihren Inspektionsbericht zum Fall Crypto AG und bat den Bundesrat um Stellungnahme zu den darin formulierten Ausführungen und Empfehlungen innert sechs Monaten. Der Bericht zeigte auf, dass der Strategische Nachrichtendienst, eine Vorgängerorganisation des NDB, ab 1993 gewusst hatte, dass ausländische Nachrichtendienste hinter der Crypto AG standen und dass die Firma sogenannte «schwache» Chiffriergeräte, deren Verschlüsselung mit realistischem Aufwand zu brechen war, exportierte. Im darauffolgenden Zeitraum sei von nachrichtendienstlicher Zusammenarbeit auszugehen, sodass der NDB als Nutzniesser der CIA-Operation «Rubikon» durch die Crypto AG anzusehen sei. Damit liege aber kein verbotener Nachrichtendienst vor, denn es sei grundsätzlich zulässig, dass der NDB und ausländische Dienste gemeinsam ein Unternehmen in der Schweiz nutzten, um Informationen über das Ausland zu beschaffen. Es sei auch nicht davon auszugehen, dass die Crypto AG den Schweizer Behörden jemals «schwache» Verschlüsselungsgeräte geliefert habe. Dies zeige aber, wie wichtig es sei, dass die Schweizer Behörden die Sicherheit dieser Geräte überprüfen oder gar deren Konzeption mitbestimmen könnten, betonte die GPDel. So gesehen sei es nicht verantwortbar, dass der Bund Verschlüsselungslösungen von ausländischen Lieferanten beziehe; der Bundesrat habe der Wichtigkeit einheimischer Lieferanten für die Verschlüsselungstechnik nicht die nötige Beachtung geschenkt.
Insbesondere erachtete es die GPDel angesichts der politischen Tragweite als falsch, dass die VBS-Führung erst Ende 2019 über die Rolle der Crypto AG in Kenntnis gesetzt worden war. Sie sah darin nicht zuletzt einen Mangel an Führung und Aufsicht durch den Bundesrat, womit dieser eine Mitverantwortung für den jahrelangen Export von manipulierten Chiffriergeräten durch die Crypto AG trage. Weil keiner der Vorgänger Viola Amherds durch die NDB-Führungsriege, die offenbar selbst entschied, wer was zu wissen brauchte, über die Vorgänge informiert worden war, war von einem «Staat im Staat» und einem «Eigenleben» des NDB in der Presse zu lesen. Ebenso thematisiert wurde der problematische Umgang des NDB mit historischen Dokumenten: Wie die GPDel berichtete, wurden nur durch einen «Glücksfall» die entscheidenden Akten zur Aufklärung der Crypto-Affäre in einem alten Kommandobunker aufbewahrt – und dort auch gefunden.
Mit der Sistierung der Generalausfuhrbewilligungen für Chiffriergeräte der Crypto International AG, einer Nachfolgefirma der Crypto AG, im Dezember 2019, habe das WBF schliesslich widerrechtlich gehandelt, da die gesetzlichen Voraussetzungen für einen Widerruf nicht erfüllt gewesen seien; es habe damit lediglich versucht, ungünstige Medienberichterstattung zu vermeiden. Diese Rüge der GPDel ging in erster Linie an den amtierenden WBF-Vorsteher Guy Parmelin, der sich damit «prophylaktisch dem medialen Druck gebeugt» (NZZ) und dadurch im Bestreben, den Ruf der Schweiz als Technologiestandort und neutraler Staat zu wahren, falsche Entscheidungen getroffen habe, so das Urteil der Medien. Die darauffolgende Blockade der Einzelausfuhrgesuche durch den Bundesrat verstiess nach Einschätzung der GPDel gegen Treu und Glauben, da keine rechtlichen Gründe gegen deren Bewilligung gesprochen hätten. Dazu veranlasst hatte den Bundesrat eine Strafanzeige gegen die Crypto International AG, die das Seco eingereicht hatte, weil es einen Verstoss gegen Deklarationspflichten des Güterkontrollrechts vermutete. Aus Sicht der GPDel entbehrte diese jedoch einer sorgfältig erstellten Faktenlage und Argumentation und war «kein geeignetes Mittel, um auf den Fall Crypto AG zu reagieren». Damit sei die Strafanzeige lediglich ein Versuch gewesen, «sich der politischen Verantwortung zu entledigen» und die Bewältigung des Falles der Justiz zu überlassen.
Am Ende des Berichts formulierte die GPDel zwölf konkrete Empfehlungen an die Bundesbehörden, was zur Bewältigung der Crypto-Affäre und zur Vermeidung ähnlicher Fehler in Zukunft getan werden soll. Diese enthielten sowohl konkrete Schritte wie die Bewilligung aller Ausfuhrgesuche der Crypto International AG und der Einstellung des Strafverfahrens gegen dieselbe als auch Massnahmen zur Verbesserung der Kommunikation innerhalb und zwischen den involvierten Bundesbehörden.

Im März 2020 reichten die Grüne (Pa.Iv. 20.403) und die sozialdemokratische Fraktion (Pa.Iv. 20.404) je eine parlamentarische Initiative ein, mit der sie die Einsetzung einer PUK zur Aufarbeitung der Crypto-Affäre forderten. Während die Grüne Fraktion als Begründung anführte, die umfassende Aufklärung der Crypto-Affäre liege im Interesse der Rechtsstaatlichkeit, der Souveränität und der Neutralität der Schweiz, führte die SP-Fraktion in ihrer Begründung eine Vielzahl an Fragen auf, die es zu klären gelte. Konkret verlangte sie die Beleuchtung von sechs Themenkomplexen: Komplizenschaft des NDB, Rolle der Armee, Rolle der Bundesanwaltschaft, Rolle des Fedpol und dessen Zusammenarbeit mit dem NDB, Rolle weiterer Bundesbehörden sowie Verantwortung des Bundesrates.
Das Büro des Nationalrates lehnte das Begehren der beiden Fraktionen im November mit 8 zu 5 Stimmen ab. Nach Anhörung der beiden initiierenden Fraktionen, des GPDel-Präsidenten und einer Vertretung des Bundesrates sei es zur Ansicht gelangt, dass der kurz zuvor veröffentlichte Untersuchungsbericht der GPDel die aufgeworfenen Fragen beantwortet habe, gab es per Medienmitteilung bekannt.

Nachdem das Büro-NR die beiden parlamentarischen Initiativen der Grünen (20.403) und der SP-Fraktion (20.404) für die Einsetzung einer PUK zur Aufarbeitung der Crypto-Affäre im November 2020 mit 8 zu 5 Stimmen abgelehnt hatte, befasste sich in der Frühjahrssession 2021 der Nationalrat damit. Neben dem ablehnenden Antrag der Mehrheit lagen ihm auch zwei Minderheitsanträge für die Annahme der beiden Initiativen vor. Die Vertreterinnen und Vertreter der SP und der Grünen, die im Ratsplenum für Folgegeben plädierten, attestierten der GPDel zwar gute Arbeit, sahen in deren Bericht aber einige Fragen unbeantwortet, insbesondere jene, ob die Schweiz mit dem Vorgehen im Fall Crypto AG die Neutralität verletzt habe. Im «vielleicht grössten aussenpolitischen Skandal der jüngeren Schweizer Geschichte», wie Roger Nordmann (sp, VD) die Crypto-Affäre bezeichnete, habe die Öffentlichkeit Transparenz verdient, so Aline Trede (gp, BE). Es sei wichtig für die Glaubwürdigkeit der Schweiz, «dass das Parlament alles getan hat, um den Sachverhalt aufzuklären», ergänzte Edith Graf-Litscher (sp, TG). Demgegenüber argumentierte die Mehrheit des Büros, eine PUK würde keine neuen Erkenntnisse bringen, weil alle Dokumente und Akten bereits von der GPDel aufgearbeitet worden seien. Der Nationalrat folgte mit 123 zu 66 bzw. 122 zu 67 Stimmen dem Mehrheitsantrag und gab den beiden Initiativen keine Folge. Die Minderheiten hatten – mit Ausnahme von Pirmin Schwander (svp, SZ), der der SP-Initiative zustimmte – ausserhalb der initiierenden Fraktionen kein Gehör gefunden. Damit ist die Forderung nach einer PUK zur Crypto-Affäre vom Tisch.