Im Zuge des Abstimmungskampfes zur Konzernverantwortungsinitiative (KVI), welche Schweizer Firmen für Menschenrechtsverletzungen und Umweltsünden im Ausland in die Pflicht nehmen wollte, kam es zu einer nie zuvor dagewesenen Beteiligung der grossen Landeskirchen. Die römisch-katholische sowie die evangelisch-protestantische Kirche bekundeten in einem gemeinsamen Statement ihre Unterstützung für die KVI, da es um grundlegende Fragen der Umsetzung von Menschenrechten und Naturschutz gehe, welche zwei zentrale Anliegen der Bibel vertreten würden: «Nächstenliebe und Bewahrung der Schöpfung». Insgesamt waren über 700 Kirchgemeinden und Pfarreien in der ganzen Schweiz Teil des Komitees «Kirchen für Konzernverantwortung». Der Aktivismus der Kirche ging aber weit darüber hinaus – es wurden Predigten zum Thema gehalten und Flyer nach Gottesdiensten verteilt, zudem hielten wichtige Persönlichkeiten der Landeskirchen öffentliche Statements. Am prominentesten waren vermutlich die grossen Banner, welche von verschiedensten Kirchtürmen hingen und für das Volksbegehren warben.
Dieses aktive Mitwirken im Abstimmungskampf führte zu vielen roten Köpfen – innerhalb und ausserhalb der Kirchenmauern. Geschürt wurde die emotionale Debatte insbesondere durch ein stark kritisiertes Statement des Redaktionschefs der katholischen Online-Plattform «Kath.ch» bei dem er einen heiklen Bezug zum Holocaust gezogen hatte. Daraufhin meldeten sich aus der Öffentlichkeit kritische Stimmen in Form zweier offener Briefe – einer an die reformierte Kirche von 50 Berner Grossrätinnen und Grossräten, und einer an die katholische Kirche von 35 Christinnen. Sie forderten jeweils, dass die Kirche damit aufhören müsse, sich so klar politisch zu positionieren und die Menschen implizit in «gute» und «weniger gute» Christinnen und Christen, abhängig von ihrer Position zur KVI, einzuteilen. Es sei die Aufgabe der Kirche, allen Personen – egal welcher politischen Gesinnung – Obhut zu bieten. Die lautstarke Unterstützung einer linken Volksinitiative sei jedoch für viele bürgerlich gesinnte Kirchengängerinnen und Kirchengänger irritierend und stossend. Das Bistum Chur äusserte Kritik an den Bannern, die der Würde der Gotteshäuser nicht gerecht würden.
Ein weiterer grosser Kritikpunkt an beiden Landeskirchen betraf die Transparenz der Finanzierung dieser Kampagne, wobei die Kirchen beteuerten, dass für den Abstimmungskampf gesammelte Spenden und nicht – wie die Kritikerinnen und Kritiker behaupteten – Steuergelder verwendet worden seien.
Positive Stimmen hielten schliesslich dagegen, dass die Kirchen den staatlichen Auftrag hätten, sich mit gegenwärtigen gesellschaftlichen Fragen auseinanderzusetzen und die Positionierung des Staates aktiv mitzugestalten. Darunter falle auch, dass sie sich für eine gerechtere Welt einsetzten, was die aktive Beteiligung der Kirche im Zuge der KVI nicht nur richtig, sondern gar zwingend nötig gemacht habe. Ausserdem habe es sich hierbei nicht um einen parteipolitischen Kampf gehandelt – wie viele kritische Stimmen unterstellten –, stattdessen hätten die Kirchen lediglich ihr «urpolitisches» evangelisches Wissen in die politische Debatte eingebracht.

Bereits kurz vor dem Abstimmungssonntag im November 2020 zur Konzernverantwortungsinitiative reichten die Jungfreisinnigen in fünf Kantonen (AG, BE, SG, TG, ZH) eine Stimmrechtsbeschwerde gegen die Landeskirchen und deren aktive Beteiligung am Abstimmungskampf zu Gunsten der Initiative ein. Als die Kantonsregierungen nicht darauf eintraten, da diese Frage auf nationaler Ebene geregelt werde, richtete die Jungpartei ihre Beschwerde an das Bundesgericht. Sie beschuldigte die Kirchen, gegen Artikel 34 der Bundesverfassung – welcher Sachlichkeit, Transparenz und Verhältnismässigkeit vorschreibt – verstossen zu haben, und verlangten, dass sich die Religionsgemeinschaften in zukünftigen Abstimmungskämpfen neutral verhalten müssten. In einer Stellungnahme an das Bundesgericht, welche in den Medien teilweise veröffentlicht wurde, teilte die Bundeskanzlei (BK) die Vorwürfe der Jungpartei und stellte fest, dass das Engagement der katholischen und reformierten Landeskirchen im Zuge des Abstimmungskampfes zur KVI «zumindest grenzwertig» gewesen sei, insbesondere da Gegenargumente keinen Eingang in ihre Argumentation gefunden hätten. Die Kirche sei eine öffentlich-rechtlich anerkannte Körperschaft, welche einen staatlichen Auftrag wahrnehme. Dafür erhalte sie gewisse Privilegien, wie etwa das Recht, Steuern erheben zu dürfen, was sie dazu verpflichte, sich an Grundrechte wie die Gewährung der Abstimmungsfreiheit zu halten. Inwiefern die Kirchen im Rahmen ihrer Werbung für die KVI gegen diese Vorgaben verstossen hätten, sei zu klären.

Im März 2021 schrieb das Bundesgericht die fünf Stimmrechtsbeschwerden der Jungfreisinnigen als gegenstandslos ab. Das aktuelle Interesse, welches nötig sei, um ein solches Leiturteil zu fällen, sei nicht gegeben, da die Initiative am Ständemehr gescheitert sei. Das Bundesgericht stimmte jedoch zu, dass ein Interesse bestehen könnte, in diesem Feld Klarheit zu schaffen – jedoch sei dies nur möglich, wenn sich die kirchlichen Interventionen im Abstimmungskampf auf das Ergebnis auswirken würden. Während die Jungfreisinnigen das Urteil bedauerten und weiterhin auf ihrer Forderung nach Neutralität der Kirchen bestanden, begrüsste das Komitee «Kirche für Konzernverantwortung», dem über 700 Kirchgemeinden und Pfarreien angehörten, das Ergebnis. Es sei selbstverständlich, dass sich die Kirche in einer Demokratie zu politischen Fragen äussere und an öffentlichen Debatten teilnehme. Gleichzeitig seien sich die Kirchen auch bewusst, dass eine Aufarbeitung angezeigt sei – eine solche versprachen in der Folge Daniel Kosch, Generalsekretär der Römisch-Katholischen Zentralkonferenz (RKZ), sowie Rita Famos, die neue Präsidentin der Evangelisch-reformierten Kirche Schweiz (EKS).