Das Parlament hatte 1989 mit der Überweisung einer Motion der PUK-EJPD die Trennung der bis jetzt in der Funktion des Bundesanwalts vereinigten Aufgaben des öffentlichen Anklägers und des Leiters der Ermittlungen der gerichtlichen Polizei verlangt. Um dieses Ziel zu verwirklichen, schlug der Bundesrat nun eine Änderung des Gesetzes über die Bundesrechtspflege vor. Er beantragte dabei, die gerichtliche und die präventive (politische) Polizei vollständig der Bundespolizei zuzuordnen und die Bundesanwaltschaft zu einer kleinen, vom Parlament gewählten und vom Bundesrat unabhängigen Anklagebehörde des Bundes umzugestalten. Im Dezember wählte der Bundesrat Carla del Ponte als Nachfolgerin für den auf Ende Jahr zurücktretenden Willy Padrutt zur neuen Bundesanwältin. Die Tessinerin hatte sich als kantonale Staatsanwältin einen ausgezeichneten Ruf als mutige Kämpferin gegen das internationale organisierte Verbrechen geschaffen.

Da eine Reorganisation der Bundesanwaltschaft bereits im Vorjahr mit der Überweisung der Anträge der Puk durch das Parlament eingeleitet worden war, hatten im Nationalrat die in dieser Sache noch hängigen persönlichen Vorstösse von seiten der Linken und der Grünen keine Erfolgsaussichten. Die Motionen wurden in Postulate umgewandelt oder, falls ihre Urheber damit nicht einverstanden waren, abgelehnt. Die Fichenaffäre zeitigte hingegen weitere personelle Konsequenzen. Der Chef der Bundespolizei und gleichzeitig auch Leiter der militärischen Abwehr, Peter Huber, wurde nach der Entdeckung von Karteien im EMD bis auf weiteres beurlaubt. Für den 1989 beurlaubten Bundesanwalt Gerber konnte nach langer Suche ein Nachfolger gefunden werden. Mit Amtsantritt auf den 1. August übernahm im Sinne einer Übergangslösung der 63jährige Willy Padrutt, bisher Staatsanwalt des Kantons Graubünden, das Amt.