Les affrontements violents qui éclatèrent entre séparatistes et pro-Bernois, le 16 mars à Cortébert, étonnèrent surtout ceux qui avaient cru que la création du canton du Jura avait relégué ad acta le conflit jurassien. Ce jour-là, célébré par les pro-Bernois comme l'anniversaire de leur décision de rester fidèles à la Berne cantonale, le RJ avait convoqué son assemblée des délégués dans cette localité du Jura-Sud. Cette provocation ne manqua pas de produire son effet. Bien que l'assemblée se soit déroulée dans un hôtel appartenant au Rassemblement, Force démocratique appela à une contre-manifestation. Sanglier, l'organisation de la jeunesse antiséparatiste, menaça même d'empêcher, au besoin par la force, la tenue de cette assemblée. Le président de la commune de Cortébert, appuyé par ses collègues du district de Courtelary tenta, sans succès, d'obtenir du gouvernement bernois qu'il interdise l'assemblée des délégués en ce lieu. Dans ce contexte, l'exécutif bernois constata que les activités du RJ, principalement implanté dans le canton du Jura, constituaient certes une atteinte à l'intégrité territoriale du canton de Berne, garantie pourtant par la Constitution, mais qu'il ne disposait pas de moyens juridiques suffisants pour s'y opposer. Le jour de l'assemblée, la plupart des délégués du RJ ne purent pénétrer dans le local, empêchés qu'ils étaient par les contre-manifestants, qui recoururent à maints égards à la violence. C'est grâce à un véritable nettoyage des lieux par le Bélier, équipé comme un groupe paramilitaire, que les délégués purent finalement atteindre l'hôtel et y tenir séance. Enfin la police bernoise intervint à son tour. Au terme de l'assemblée des délégués,elle protégea la sortie des membres du RJ contre de nouvelles attaques. Elle perquisitionna en plus dans l'hôtel et y confisqua du matériel de combat appartenant au groupe Bélier. Cette intervention tardive des forces de l'ordre ainsi que leur mansuétude envers les participants à la contre-manifestation pourtant interdite firent l'objet de critiques de la part de l'opinion publique suisse en général. De sévères reproches furent adressés aux autorités bernoises par le conseiller fédéral Furgler devant l'Assemblée fédérale où il disait en substance qu'il appartenait aux cantons de garantir la liberté d'opinion et de réunion à tous les citoyens, même lorsqu'il s'agit de minorités remuantes. A la suite des événements, le RJ déposa plainte contre une bonne centaine de manifestants ainsi que contre les deux conseillers d'Etat Bauder et Martignoni.