Die Genfer Regierungswahlen, welche jeweils vier Wochen nach den Parlamentswahlen stattfinden, waren einerseits durch die Trennung des bisherigen SP-Regierungsrats Grobet von seiner Partei geprägt, andererseits hatte der Bürgerblock durch die erfolgreichen Parlamentswahlen Auftrieb erhalten. Die bürgerliche Entente stellte eine Siebner-Liste auf, während sich die neu gegründete "Alliance de gauche" zusammen mit der SP und den Grünen erst nach langem Zögern und internen Grabenkämpfen für eine gemeinsame Sechser-Liste entschieden. Die Strategie der bürgerlichen Parteien, alles auf eine Karte zu setzen und dem durch die internen Spannungen geschwächten links-grünen Spektrum keinen Sitz mehr zuzugestehen, hatte bei der Wählerschaft Erfolg. Zum ersten Mal in der Nachkriegsgeschichte eroberten die bürgerlichen Parteien sämtliche Regierungssitze. Die FDP konnte ebenso wie die LP einen zusätzlichen Sitz gewinnen. Ihr bisheriger Staatsrat, Guy-Olivier Segond, erreichte das beste Resultat, während der neue Gérard Ramseyer das Schlusslicht bildete. Die Liberalen konnten neben ihren beiden Bisherigen, Olivier Vodoz und Claude Haegi, mit Martine Brunschwig Graf die erste Frau in die Genfer Regierung Einsitz nehmen lassen. Bei der CVP wurde der Bisherige Jean-Philippe Maître als Drittbester wiedergewählt, während der Neue Philippe Joye auf dem zweitletzten Rang landete. Entgegen den Erwartungen aufgrund des guten Resultates bei den Parlamentswahlen landete der umstrittene Grobet unter den nichtgewählten rot-grünen Kandidaten sowohl hinter den beiden Sozialdemokraten, der erstmals kandidierenden Micheline Calmy-Rey und dem Bisherigen Bernard Ziegler, als auch dem Grünen Rebeaud. Ganz abgeschlagen waren der Linksalternative Ducommun der Liste "Solidarités" und PdA-Nationalrat Jean Spielmann. Die Wählerschaft der Entente, von welcher nur ein Fünftel die Einheitsliste verändert eingelegt hat, zeigte mehr Linientreue als die Linke, deren Anhängerschaft ihre Einheitsliste zu einem Drittel verändert in die Urne legte. Unter den Verlierern war also nicht nur die SP wie bei den Parlamentswahlen, sondern die gesamte Linke. Die Stimmbeteiligung von 41,9% war deutlich höher als bei den letzten Regierungswahlen (33,2%) und bei den Parlamentswahlen (35,4%).