La Suisse a fait part de son désir de participer de plein droit au Pacte de stabilité pour l’Europe du Sud-est, alors qu’elle ne jouit que d’un statut d’observateur avec droit de parole accordé par les Quinze. Dû à l'initiative de l'UE, ce pacte a été adopté au mois de juin 1999 par une trentaine de pays et d’organisations internationales. Par la reconstruction et la démocratisation, il vise à pacifier de manière durable la région des Balkans après la crise du Kosovo. Berne a notamment proposé de financer un des trois groupes thématiques du Pacte, à savoir celui consacré à la démocratisation et aux droits de l’homme. Lors du sommet de Sarajevo qui a lancé le Pacte, Joseph Deiss a plaidé une nouvelle fois pour le droit de la Suisse à y participer, étant donné les liens étroits qu’elle entretenait avec cette région et le fait que près de 400 000 ressortissants de l’ex-Yougoslavie vivaient sur sol helvétique.

Joseph Deiss a annoncé la signature par la Suisse du pacte de stabilité des Balkans, officialisant ainsi sa participation à l’action des 30 pays fondateurs qui vise à la reconstruction de la région frappée par la guerre du Kosovo. D’observatrice, la Suisse est devenue membre à part entière et a bénéficié du soutien de plusieurs Etats des Balkans. Le pacte de stabilité concerne tous les Etats balkaniques, à l’exception de la Grèce et de la Serbie. Quelques semaines avant de devenir membre officiel, la Suisse avait, par le biais du secrétaire d’Etat von Däniken, accepté de participer à l’effort financier commun en faveur de l’Europe du Sud-Est. CHF 200 millions ont ainsi été débloqués et injectés dans le financement de projets dans la région, projets sélectionnés par le Pacte de stabilité. Ceux-ci devraient obligatoirement s’accompagner de réformes politiques et économiques. L’aide helvétique s’est concentrée sur le développement du secteur privé, la promotion du commerce régional et le financement d’infrastructures pour l’eau et l’électricité.