Au début de l'année, le procureur de la Confédération, Carla del Ponte, et l'auditeur en chef de l'armée, Jürg van Wijnkoop, ont révélé que des enquêtes pénales avaient été ouvertes contre trois personnes soupçonnées de dispersion d'informations confidentielles et secrètes de l'armée, de délits de corruption et d'abus de patrimoine. Ces trois personnes – un ancien haut gradé de l'armée, le colonel Friedrich Nyffenegger, un directeur d'une société de communication zurichoise, Gustav Furrer, et un chef d'entreprise lucernois, Hans Kronenberg – sont accusées d'avoir commis plusieurs actes délictueux lors des 8 dernières années.
La première affaire – dans laquelle sont impliqués le colonel à la retraite et le directeur zurichois – porte sur la mise sur pied entre 1993 et 1995 d'un CD-Rom destiné aux officiers de l'état-major et comprenant de nombreuses informations confidentielles et top secrètes sur l'armée (conduite de la mobilisation, emplacement des ouvrages minés, dépôts de munitions, plan de bataille). Lors de la réalisation de ce projet confiée par F. Nyffenegger à l'entreprise du dirigeant zurichois, les deux hommes n'auraient pas respecté les normes de sécurité en matière de protection de l'information. Notamment, l'élaboration du CD-Rom n'aurait pas eu lieu dans les locaux du DMF, mais au sein de l'entreprise zurichoise, à la merci de regards indiscrets. Le colonel Nyffenegger aurait pour sa part détenu sans autre mesure de sécurité des exemplaires du CD-Rom à son domicile. Les enquêteurs ont également constaté la disparition de trois de ces CD-Rom. Des soupçons de corruption pèsent par ailleurs sur les deux hommes, les investigations policières ayant révélé que G. Furrer avait versé quelque CHF 12'000 sur le compte du colonel à la retraite. Ce versement aurait été effectué par l'entrepreneur afin de décrocher le mandat concernant la réalisation du CD-Rom. Il est par ailleurs à noter que le juge d'instruction militaire a élargi à quatre autres personnes l'inculpation pour violation des prescriptions de sécurité en matière d'informations militaires. Les quatre nouveaux inculpés sont le brigadier Paul Meyer, supérieur hiérarchique direct de F. Nyffenegger, un fonctionnaire du Groupement de l'Armement, un employé de l'entreprise zurichoise de communication ainsi que l'ancien directeur de l'entreprise vaudoise chargé de l'impression du CD-Rom.
La deuxième et la troisième affaires portent respectivement sur les festivités mises sur pied par le DMF en 1989 pour célébrer les 50 ans de la mobilisation générale (opération Diamant) et sur une exposition de matériel didactique (Didacta) organisée à Bâle en 1988. Dans ces deux affaires, dans lesquelles l'homme d'affaires bâlois serait également impliqué, les enquêteurs ont découvert au domicile des trois accusés du matériel (télévisions, magnétoscopes, meubles de bureau) acheté par le DMF pour ces manifestations et que les trois hommes se seraient approprié illégalement. Les investigations ont en outre révélé que le colonel avait reçu, dans le cadre de l'organisation de ces deux manifestations également, de substantielles sommes d'argent (quelque CHF 120'000) de la part des deux hommes. Pour le ministère public, ces versements pourraient être liés – du moins en ce qui concerne le dirigeant de la société zurichoise – avec le fait que ce dernier ait organisé l'aspect communication de l'opération Diamant.

A la suite de l'ouverture de ces procédures pénales, trois enquêtes portant sur des aspects administratifs et militaires furent ouvertes parallèlement. La première – menée par le chef de l'état-major général Arthur Liener sur demande du chef du DMF – devait déterminer si l'aide mémoire électronique avait pu, en raison de l'absence de mesures de sécurité, tomber dans les mains des services d'espionnage étrangers. Rendant ses conclusions, le chef de l'état-major général n'a pu écarter avec certitude une telle éventualité. A Liener a souligné que si tel était le cas, le préjudice pour la sécurité du pays serait non négligeable, les informations contenues dans le CD-Rom procurant alors à l'adversaire des avantages importants du point de vue du temps et des moyens à utiliser. Le plus haut gradé de l'armée suisse a tenu cependant à relativiser les conséquences d'une telle éventualité dans la mesure où les changements permanents que connaît l'organisation militaire – et notamment la très prochaine réorganisation totale de la mobilisation – rendent caduques de nombreuses informations contenues dans le CD-Rom.
Les deux autres enquêtes furent menées l'une par une délégation des commissions de gestion des deux chambres, l'autre par l'ancien préposé aux fiches René Bacher, ce dernier ayant été chargé par Adolf Ogi de mettre en lumière les dysfonctionnements au sein du DMF à l'origine de cette situation. Parvenant à des conclusions dans l'ensemble similaires, les deux rapports ont dénoncé l'absence de contrôle et de surveillance auxquels aurait dû être soumis le colonel Nyffenegger. En ce qui concerne plus particulièrement l'opération Diamant, tant R. Bacher que les parlementaires ont souligné que la totale liberté dont avait bénéficié l'officier avait sans doute été à l'origine d'un dépassement de budget s'élevant à près de 100%. Les principaux responsables de cet état de fait seraient, outre F. Nyffenegger, le chef de l'instruction de l'époque, Rolf Binder, ainsi que le secrétaire général du DMF, Hans-Ulrich Ernst, lesquels auraient failli à leur devoir de surveillance. Les deux enquêtes ont également critiqué la totale opacité des opérations financières réalisées lors de la commémoration de la mobilisation.
En ce qui concerne l'affaire portant sur l'aide mémoire électronique, l'enquête administrative commandée par A. Ogi ainsi que celle parlementaire ont relevé à nouveau que s'il était vraisemblable, sous réserve des conclusions de l'enquête pénale, que le colonel Nyffenegger avait eu des comportements répréhensibles, ces derniers seraient avant tout la conséquence d'un système de gestion et d'organisation inefficace. Dans cette affaire également, le colonel Nyffenegger n'aurait été soumis à aucune surveillance. Les mesures tant informatiques qu'organisationnelles pour garantir le caractère secret des informations contenues dans le CD-Rom auraient été en outre amplement insuffisantes, la délégation parlementaire relevant par exemple que le CD-Rom pouvait être facilement lu et copié à partir d'un logiciel standard. Les principaux responsables de cette situation seraient le supérieur hiérarchique direct de F. Nyffenegger, le brigadier P. Meyer, et, en premier lieu, le chef de l'état-major général, A. Liener. Selon les termes des deux rapports, ce dernier porte la responsabilité finale des différents dysfonctionnements, le chef de l'armée ayant gravement manqué à son devoir de surveillance.
Le CN a par ailleurs décidé de ne pas donner suite à une initiative parlementaire Chiffelle (ps, VD) (Iv.pa. 96.411) demandant qu'une commission d'enquête parlementaire (CEP) soit mise sur pied pour mettre en lumière les tenants et les aboutissants de ces différentes affaires. A l'exception des députés socialistes et écologistes, les CN n'ont pas partagé les préoccupations exprimées par l'initiant: ils ont estimé suffisants les moyens à la disposition des commissions de gestion.

A la suite de ces différents enquêtes, le DMF a annoncé une série de mesures de réorganisation. L'Office central pour la protection et la sécurité – organe chargé au sein du DMF de la protection des informations sensibles et dont le manque d'effectifs avait été décrié par les conclusions des différentes investigations – sera notamment mieux doté en personnel et réorganisé. Il bénéficiera également de plus de compétences en matière de directives et de contrôle. Des responsables pour la sécurité des informations seront en outre nommés dans les quatre groupements du DMF.

Désigné tant par l'enquête administrative de René Bacher que par celle parlementaire comme principal responsable des graves défaillances constatées dans l'affaire Nyffenegger, le chef de l'état-major général, Arthur Liener, a annoncé sa démission pour le 31 décembre 1997. Le chef de l'armée a souligné qu'il tenait ainsi à assumer la responsabilité pour les fautes qui lui étaient reprochées. Au sujet de la date relativement éloignée fixée pour son départ, le chef de l'état-major général a par ailleurs affirmé qu'il avait décidé d'occuper son poste encore une année afin de garantir la continuité des mesures de sécurité prises dans le but de limiter les dommages causés lors de la réalisation du CD-Rom. A. Liener a également mentionné que le chef des Forces terrestres était sur le point de prendre sa retraite et qu'un départ conjoint de deux des trois plus hauts gradés de l'armée aurait risqué de compromettre les différentes réformes en cours.

Lors de la session de printemps, les chambres ont pris acte du rapport portant sur l'affaire dite des CD-Rom que lui avait remis l'année précédente la délégation des commissions de gestion (CdG) du parlement. Devant des rangs quelque peu clairsemés, il fut relevé à plusieurs reprises que les dégâts causés par cette affaire étaient non seulement d'ordre strictement militaire, mais également, voire surtout, d'ordre psychologique et politique: les différentes défaillances en matière de sécurité d'informations top secrètes révélées par le rapport portaient en effet un coup important avant tout à la crédibilité de l'armée, certains orateurs ne manquant pas d'ajouter que plusieurs années seraient nécessaires pour rétablir la confiance dans l'institution militaire. Cette perte de crédibilité était par ailleurs d'autant plus importante que les fautes incriminées avaient été commises à un haut, voire au plus haut niveau hiérarchique. Malgré ce jugement dans l'ensemble négatif, les parlementaires ont cependant également tenu à saluer les mesures entre-temps prises par le DMF en matière de protection des données et d'organisation du département. Nombreux furent en outre les intervenants, plus particulièrement au sein du Conseil des Etats, à rendre hommage au chef de l'état-major Arthur Liener, qui, en démissionnant, avait contribué selon eux à désamorcer une crise dont il n'était de loin pas l'unique responsable. A ce sujet, les rapporteurs de la délégation des deux CdG ont également tenu à préciser que, contrairement à ce que d'aucuns avaient laissé entendre, jamais la démission du plus haut gradé de l'armée suisse n'avait été exigée par la délégation. Adolf Ogi a pour sa part également souligné que la démission d'A. Liener avait été prise librement par l'intéressé.

Outre le rapport sur l'affaire de l'aide-mémoire électronique, le Conseil des Etats a également pris acte du rapport publié par sa propre commission de gestion concernant les deux autres affaires (Diamant et Didacta). Exprimant largement les mêmes critiques que celles faites au sujet de l'affaire des CD-Rom, les sénateurs ont plus particulièrement dénoncé la totale liberté dont avait bénéficié le colonel Nyffenegger. Cette absence de surveillance de la part des plus hauts échelons de la hiérarchie – Conseil fédéral inclus – était, aux yeux des conseillers aux Etats, à l'origine du faramineux dépassement de budget relatif à la commémoration de la mobilisation de 1939. Rapporteur de la commission, le socialiste Aeby (FR) a souligné que le «chèque en blanc» donné au colonel Nyffenegger s'expliquait sans doute par le fait que les autorités, soucieuses avant tout de donner une image positive de l'armée à quelques mois de la votation sur sa suppression, avaient été peu regardantes sur les moyens. Relevant également l'opacité totale de la comptabilité du DMF en la matière, le sénateur socialiste a dénoncé une volonté de dissimuler au parlement l'importance des ressources financières engagées pour ces opérations de relations publiques.

S'étant saisi des aspects pénaux des trois affaires, le juge d'instruction militaire a pour sa part clos son enquête et transmis le dossier à l'auditeur en chef de l'armée. Au sujet des deux principaux protagonistes de l'affaire des CD-Rom – à savoir Friedrich Nyffenegger et Gustav Furrer (mandataire du projet) – l'instruction a pu confirmer le soupçon de violations du secret militaire, l'enquête ayant révélé que des prescriptions élémentaires de sécurité n'avaient pas été respectées. La peine théorique maximale encourue par les deux hommes est de sept ans et demi de réclusion. En ce qui concerne les neuf autres personnes inculpées, le juge d'instruction a recommandé au procureur de dresser un acte d'accusation contre trois d'entre eux. Parmi les six autres, deux devraient pouvoir bénéficier d'un non-lieu, alors que pour les quatre derniers une ordonnance de condamnation (maximum 30 jours d'emprisonnement ou amende) devrait suffire. L'enquête civile n'est de son côté pas encore terminée. Portant également sur les affaires dites «Diamant» et «Didacta» et impliquant principalement, outre F. Nyffenegger et G. Furrer, l'entrepreneur Hans Kronenberg, l'instruction civile confirmera ou non les soupçons de corruption et de faux dans les titres pesant sur les trois hommes. Le juge civil devrait rendre ses conclusions l'année prochaine.

L’affaire Nyffenegger a connu un premier épilogue. L’ensemble de la procédure pénale, militaire et administrative qui avait commencé en janvier 1996 s’est achevée en juillet 1998. Le colonel à la retraite Friedrich Nyffenegger a été convoqué devant la justice dans le cadre de trois affaires différentes: l’exposition de matériel didactique Didacta en 1988, la commémoration de la mobilisation générale de 1939 (opération Diamant) en 1989 et la transposition d’un aide-mémoire pour officiers sur CD-Rom. Le procès militaire s’est déroulé en décembre à Aarau devant le tribunal de division 10B. Le colonel y était accusé de violation du secret militaire et des prescriptions sur la protection d’informations confidentielles. Il lui était reproché notamment de ne pas avoir effectué les contrôles nécessaires, ni pris les mesures de sécurité requises lors du développement, de la distribution et de la destruction de cédéroms secrets et confidentiels destinés aux officiers supérieurs. L’auditeur de l’armée a requis deux ans et demi de réclusion contre le colonel pour violation intentionnelle de secrets militaires et non-respect de prescriptions militaires. La défense, considérant l’engagement de l’accusé, a plaidé deux mois de prison avec sursis. Le tribunal a finalement condamné Friedrich Nyffenegger à 15 mois de prison avec sursis. Il a estimé que sa faute n’était pas particulièrement grave, mais que le colonel avait accepté le risque que des tiers puissent avoir accès aux données sensibles contenues dans le cédérom, en particulier les plans de la mobilisation et des fortifications. Deux des quatre autres coaccusés ont été acquittés et deux ont été condamnés à des peines de un et deux mois de prison avec sursis. La Cour pénale fédérale jugera à son tour le colonel et d’autres coaccusés en 1999 pour corruption et divers délits contre le patrimoine.

Convoqué cette fois devant le Tribunal fédéral pour la partie civile de ses délits, le colonel à la retraite Friedrich Nyffenegger a été condamné à six mois de prison avec sursis. Trois autres inculpés ont été acquittés. L’ex-colonel était accusé pour l’essentiel d’avoir détourné des fonds à son profit et de s’être laissé corrompre. Le Tribunal n’a finalement retenu qu’un délit portant sur CHF 45'000 et rejeté la corruption. Le but de ce procès consistait à faire définitivement la lumière sur le financement de l’opération « Diamant », organisée en 1989 pour commémorer le cinquantenaire de la mobilisation générale. Concernant le volet militaire de l’affaire, l’auditeur de l’armée ainsi que les défenseurs de Friedrich Nyffenegger et de deux coaccusés ont fait appel contre la condamnation prononcée en décembre 1998 par le tribunal de division 10B.