Aus den Eintragungen in einzelnen offengelegten Fichen erhärtete sich der Verdacht, dass auch vom Militärdepartement Personen wegen ihrer politischen Meinungen und Aktivitäten registriert worden waren. Diesen Tatbestand musste auch das EMD, das ihn anfänglich abgestritten hatte, bestätigen. Es hielt allerdings fest, dass diese Kartei seit 1977 nicht mehr geführt werde. Einen Tag später musste Bundesrat Villiger jedoch bekanntgeben, dass von der Untergruppe Nachrichtendienst und Abwehr (UNA) immer noch eine rund 5'000 Personen umfassende Kartei geführt werde. Nachdem auch noch ein Journalist in einer Fernsehsendung berichtet hatte, dass ihn ein Vertreter der UNA für die Informationsbeschaffung über eine Mediengewerkschaft habe gewinnen wollen, reagierte das Parlament. Die Freisinnigen und die SVP, welche die Tätigkeit der UNA von den Geschäftsprüfungskommissionen hatten untersuchen lassen wollen, gaben ihren Widerstand gegen die Einsetzung einer mit grösseren Kompetenzen ausgestatteten Parlamentarischen Untersuchungskommission (Puk II) auf.

Dossier: Le scandale de la fiche et ses conséquences

Nach der Aufdeckung der Karteien des EMD wurden die auf Weisung des EJPD-Chefs losgeschickten Beamten in der Bundesanwaltschaft erneut fündig: zusätzlich zu den von der Puk festgestellten Fichen fanden sie weitere, zum Teil seit Jahrzehnten nicht mehr nachgeführte Karteien über "Extremisten", "vertrauensunwürdige Bundesbeamte", "Jura-Aktivisten" und so weiter.

Dossier: Le scandale de la fiche et ses conséquences

In der Märzsession 1990 befasste sich der Nationalrat mit den mehr als dreissig persönlichen Vorstössen, welche nach der Publikation des PUK-Berichts Ende 1989 eingereicht worden waren. Zu Beginn der Debatte gab Bundespräsident Koller eine längere Erklärung zum Staatsschutz ab. Er äusserte dabei sein Verständnis für die Enttäuschung und Verärgerung in der Bevölkerung über «die Missstände und Fehler, welche im Bereiche des Staatsschutzes und der militärischen Abwehr in den letzten Monaten bekannt geworden sind». Mit der Schaffung von Transparenz und mit Reformen wolle der Bundesrat verlorenes Vertrauen wieder zurückgewinnen. Angesichts der Notwendigkeit der Fortführung des Kampfs gegen Terrorismus und Spionage, aber auch gegen Drogen- und illegalen Waffenhandel sprach er sich aber für die Beibehaltung der Staatsschutzorgane aus. Er forderte jedoch eine parlamentarische Kontrolle durch eine Sonderkommission, der volle Akteneinsicht zu gewähren sei. Die Aufgaben des Staatsschutzes müssten in einem Gesetz deutlich umschrieben werden, wobei klar sei, dass die Überwachung der Ausübung politischer Rechte nicht dazu gehören dürfe.

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Der Ergänzungsbericht der PUK zu den Vorkommnissen im EJPD ergab danach kaum grundsätzlich Neues. Er befasste sich unter anderem mit diesen Spezialkarteien, deren Vorhandensein erst nach der Publikation des ersten Berichts aufgedeckt worden war. In der Untersuchung einiger Fälle stellte die Puk die systematische Verletzung des Postgeheimnisses durch einzelne Postämter und Zollstationen fest. In der parlamentarischen Behandlung dieses Zusatzberichts forderten die Fraktionen der SP und der Grünen im Nationalrat erfolglos weitere Abklärungen durch die Puk und die Feststellung der administrativen und politischen Verantwortlichkeit. Die bürgerlichen Fraktionen und die Untersuchungskommission selbst lehnten weitere Untersuchungen durch die Puk ab. Mehrere Sprecher betonten, es sei wichtig, nun einen Schlussstrich unter Vergangenes zu ziehen; der freisinnige Parteipräsident Steinegger (UR) warnte in diesem Zusammenhang davor, sich mit einer «Musealisierung der Politik» um die Lösung von Zukunftsaufgaben zu drücken. Dass die bürgerliche Mehrheit des Nationalrats von den Auseinandersetzungen über die Karteien der Bundesanwaltschaft offenbar genug hatte, demonstrierte sie ebenfalls am Schlusstag der Sommersession, als sie anlässlich der Behandlung von Interpellationen drei Anträge auf Diskussion ablehnte.

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