Der Bundesrat sprach sich nach einer Klausurtagung grundsätzlich für die Einführung einer CO2-Abgabe aus, die zu einer Reduktion des Verbrauchs von fossilen Treib- und Brennstoffen führen und damit einen Beitrag zur Verbesserung der Luftqualität leisten könnte. Für diese CO2-Abgabe müsste ein eigenes Gesetz geschaffen werden, das sich auf den Umweltschutzartikel in der Bundesverfassung abstützen könnte. Der von mehreren Bundesämtern gemeinsam erarbeitete Zwischenbericht zur CO2-Abgabe sieht eine Steuerbelastung von durchschnittlich 22% auf Benzin, Dieselöl, Heizöl, Gas und Kohle vor, was dem Bund Mehreinnahmen von rund CHF 1.9 Mrd. bringen würde. In den Stellungnahmen von Parteien und Verbänden zeigte sich, dass vor allem die unterschiedlichen Besteuerungsansätze pro Tonne CO2 für Treibstoffe (CHF 81.40/t) einerseits und Brennstoffe für Heizzwecke (CHF 34.70/t) anderseits umstritten waren. Aber auch über die Verwendung der Mittel herrschte Uneinigkeit. Der Bundesrat schlug eine abgeschwächte Form der Zweckbindung vor, bei welcher etwa ein Drittel der Gelder für umwelt- und sparrelevante Forschung und Entwicklung sowie für einen zukünftigen internationalen Klimafonds verwendet würde. Die verbleibenden Einnahmen würden — da die Fiskalquote gesamthaft nicht erhöht werden soll — den Steuerzahlern wieder als Ermässigungen bei den direkten Bundessteuern oder über verbilligte Krankenkassenprämien zugute kommen. Nationalrat Jaeger (ldu, SG) reichte eine Motion (Mo. 90.994) ein, mit welcher er den Bundesrat beauftragen will, die vorgeschlagene CO2-Abgabe und die ebenfalls diskutierte Energiesteuer miteinander zu verbinden, um Friktionen zwischen den beiden Abgaben oder mögliche Umgehungen zu verhindern.

Die von Bundesrat Cotti geforderte Einführung einer CO2-Abgabe zur Verminderung des Ausstosses von Kohlendioxid, welches unter anderem für die globale Erderwärmung mitverantwortlich ist, fand zwar im Rahmen der sogenannten Klimakonvention am Erdgipfel der Konferenz für Umwelt und Entwicklung in Rio de Janeiro (Brasilien) Beachtung, konnte allerdings nur in unverbindlicher Form verabschiedet werden.