In Erfüllung einer Motion der UREK-NR aus dem Jahr 2002 unterbreitete der Bundesrat dem Parlament im Mai seine Botschaft zur Revision des Mineralölsteuergesetzes. Um den CO2-Ausstoss und die Luftschadstoffbelastung im Strassenverkehr zu verringern, will die Regierung die Steuer auf Erd- und Flüssiggas, das als Treibstoff verwendet wird, um mindestens 40 Rappen pro Liter Benzinäquivalent senken und Biogas und andere Treibstoffe aus erneuerbaren Rohstoffen vollständig von der Mineralölsteuer und dem entsprechenden Zuschlag befreien. Zur Kompensation der Mindereinnahmen soll das Benzin entsprechend höher belastet werden. Anhand der geschätzten Verbrauchsentwicklung erwartet der Bundesrat eine CO2-Reduktion von 0,25 Mio Tonnen CO2-Äquivalent.

Die grosse Kammer widmete sich der Änderung des Mineralölsteuergesetz in der Herbstsession. Eintreten war unbestritten. In der Detailberatung folgte sie weitgehend den Vorschlägen des Bundesrats und ihrer vorberatenden UREK und beschloss die beantragten Steuererleichterungen für Erd- und Flüssiggas sowie eine Steuerbefreiung von Biogas und anderen Treibstoffen aus erneuerbaren Rohstoffen. Im Gegensatz zum Bundesrat privilegierte sie die einheimischen gegenüber den ausländischen Treibstoffen aus erneuerbaren Energien; letztere sollen nicht sofort, sondern sukzessive von der Steuer befreit werden. Anträge, welche zur Kompensation der Ausfälle nicht nur Benzin, sondern auch Diesel belasten resp. welche auf eine Kompensation verzichten wollten, blieben chancenlos. Der Rat hiess die Vorlage in der Gesamtabstimmung mit 123:35 Stimmen gut.

Im Unterschied zu Bundesrat und Nationalrat beschloss der Ständerat mit 32:7 Stimmen, Erdgas um 40 Rappen, Flüssiggas jedoch nur um 20 Rappen zu verbilligen. Erdgas stosse 25-40% weniger CO2 aus als Benzin, Flüssiggas 15% weniger. Zudem sei Flüssiggas nicht mit Biogasen mischbar. Bundesrat Merz wies vergeblich darauf hin, dass sich eine Differenzierung angesichts der kaum bestrittenen ähnlichen Eigenschaften der beiden Treibstoffe nicht rechtfertigen lasse. Bei der Steuerbefreiung einheimischer Treibstoffe aus erneuerbaren Rohstoffen lehnte es der Rat ab, Importe aus dem Ausland auszuschliessen. Mit Stichentscheid des Präsidenten hiess er einen Antrag Stähelin (cvp, TG) gut, im Einklang mit Grossproduzenten wie Brasilien, der USA und der EU ein Instrumentarium zur Mindestbeimischung von Bio-Treibstoff in herkömmliche fossile Treibstoffe einzuführen. Mit Hinweis auf zum Teil sklavenähnliche Verhältnisse auf Zuckerrohrfeldern folgte der Rat mit 18:17 Stimmen zudem einem Antrag Bonhôte (sp, NE), der den Import von Biotreibstoffen an die Garantie ökologischer und arbeitsrechtlicher Standards knüpft. Das Gesetz passierte die Gesamtabstimmung mit 36:0 Stimmen bei 5 Enthaltungen.

In der Frühjahrssession bereinigten die Räte das Mineralölsteuergesetz. Treibstoff, der die Umwelt weniger stark belastet, wird künftig steuerlich begünstigt. Auf Erd- und Flüssiggas sinkt die Belastung um 40 Rappen pro Liter und Treibstoffe aus erneuerbaren Energiequellen werden ganz von der Steuer befreit. Der Ertragsausfall wird mit einer Steuererhöhung auf Benzin kompensiert. Der Nationalrat beschloss in der Differenzbereinigung mit 95 zu 58 Stimmen an der steuerlichen Gleichbehandlung von Erd- und Flüssiggas festzuhalten. Er sprach sich ferner dagegen aus, eine Mindestquote für die Beimischung von Treibstoffen aus erneuerbaren Energien zu Benzin und Diesel festzulegen und die steuerliche Begünstigung von Biotreibstoffen von sozial annehmbaren Produktionsbedingungen abhängig machen. Ein Antrag der Grünen Fraktion, sich in diesen beiden Punkten der kleinen Kammer anzuschliessen, wurde mit 103 zu 70 Stimmen verworfen. Das Geschäft ging zurück an den Ständerat. Dieser schloss sich bei der Besteuerung von Erd- und Flüssiggas dem Nationalrat an und strich auch die Bestimmung, wonach der Bundesrat die Kompetenz erhalten soll, eine Mindestbeimischung von Biotreibstoffen in fossile Treibstoffe festzulegen. Bei der letzten verbleibenden Differenz – der Verknüpfung der Steuerbefreiung von Treibstoffen aus erneuerbaren Energien mit dem Erfordernis sozial annehmbaren Produktionsbedingungen – akzeptierte der Nationalrat schliesslich den Beschluss der kleinen Kammer.