Wie noch nie zuvor war 2007 die parteipolitische und personelle Zusammensetzung des Bundesrates ein Thema für die nationalen Parlamentswahlen gewesen. Anlass dafür war nicht so sehr die 2003 an die neuen Kräfteverhältnisse angepasste Zauberformel an sich, sondern die Person des damals in die Landesregierung gewählten zweiten SVP-Vertreters, Christoph Blocher. Die SVP beschwor an ihrer Delegiertenversammlung zu Jahresbeginn Schreckensszenarien herauf, die über die Schweiz im Fall einer Nichtwiederwahl Blochers hereinbrechen würden. Die Delegierten bestätigten an diesem Anlass auch einen früheren Beschluss ihrer Parlamentsfraktion, dass die Partei im Fall seiner Nichtwahl alle übrigen in den Bundesrat gewählten SVP-Mitglieder aus der Fraktion ausschliessen würde. Der zweite SVP-Bundesrat, Samuel Schmid, zeigte sich davon allerdings wenig beeindruckt und erklärte, dass er auch bei einer Abwahl Blochers in der Regierung bleiben würde. Die SP und die Grünen gaben den Gegenpart zur SVP und verkündeten, dass Blocher nicht länger als Bundesrat tragbar sei und auch in der CVP sprachen sich massgebliche Personen gegen eine Wiederwahl Blochers aus.

Die SP begann spätestens im Sommer Avancen gegenüber der CVP (die 2003 wegen der Wahl Blochers ihren zweiten Bundesratssitz verloren hatte) zu machen. Sie schlug ihr vor, gemeinsam einen Sitz für die CVP zurückzuerobern. Zuerst monierte Parteipräsident Fehr (sp, SH), die mit zwei Sitzen überproportional vertretene FDP ins Visier zu nehmen. Die CVP reagierte jedoch zurückhaltend bis ablehnend auf diesen Vorschlag, nicht zuletzt auch deshalb, weil sie vor den Parlamentswahlen kein Interesse hatte, als Partnerin der Linken zu erscheinen. Aber auch die Grünen stellten sich in diesem Fall nicht hinter die SP, sondern verlangten vielmehr einen Sitz für sich selbst, und zwar denjenigen von Blocher. Ende August nahm die SVP diese öffentlichen Forderungen nach einer Abwahl Blochers – notabene von Parteien, die Blocher auch 2003 nicht die Stimme gegeben hatten – zum Anlass, um an einer Medienkonferenz von einem „Geheimplan“ zur Abwahl Blochers zu warnen. Sie lancierte eine millionenteure Inserate- und Plakatekampagne, in der sie mit dem Slogan: „Blocher stärken! SVP wählen“ dazu aufrief, bei den Parlamentswahlen dafür zu sorgen, dass der von diesem „Geheimplan“ bedrohte Blocher Bundesrat bleiben könne. Ohne Blocher in der Landesregierung würden gemäss den SVP-Inseraten die Steuern ansteigen, die Schweiz der EU beitreten, die demokratischen Rechte abgebaut und die Kriminalität zunehmen. Der Bericht einer Subkommission der GPK-NR im Sommer 2006, der die Beteiligung Blochers an einem Komplott zur Entlassung von Bundesanwalt Roschacher suggerierte, stellte für Blocher und die SVP einen weiteren Beweis für die Existenz eines solchen Geheimplans gegen Blocher dar. Diese Inseratekampagne der SVP sorgte auch bei Freisinnigen, namentlich aus der französischen Schweiz, für Unmut. Bundesrat Couchepin kritisierte sie in einem Interview im Radio der italienischen Schweiz und erwähnte, dass diese Werbung, die das Wohl des Landes von der Wiederwahl einer einzigen Person abhängig mache, ihn an die Propaganda der italienischen Faschisten mit dem Duce Mussolini erinnere.

Am 12. Dezember trat die Vereinigte Bundesversammlung zur Wahl des Bundesrates für die neue Legislaturperiode zusammen. Am zahlenmässigen Kräfteverhältnis zwischen den Blöcken hatte sich im neuen Parlament gegenüber demjenigen von 2003 wenig geändert. Trotz der Sitzgewinne der SVP im Nationalrat verfügten diejenigen Parteien, die 2003 Blocher gegen die CVP-Bundesrätin Metzler unterstützt hatten (SVP, FDP, LP und kleine Rechtsparteien), über drei Sitze weniger als 2003 und blieben mit 118 Sitzen deutlich unter dem absoluten Mehr von 123. Noch nicht klar war, wie sich die CVP verhalten würde, nachdem ihr Präsident Darbellay (VS) in den Medien mit seiner eigenen Kandidatur gegen Blocher kokettiert hatte. Am Tag vor der Wahl wurde er dann von seiner Fraktion zurückgepfiffen, welche mehrheitlich beschloss, nicht mit einem eigenen Kandidaten anzutreten, aber auch Blocher nicht zu unterstützen. Die meisten professionellen Beobachter rechneten nicht damit, dass es wie 2003 zur Nichtwiederwahl eines Amtsinhabers kommen würde, wobei allerdings für viele offen war, ob es Blocher bereits im 1. Wahlgang schaffen würde.

Obwohl alle bisherigen Bundesräte wieder kandidierten, beantragte einzig die FDP-Fraktion, sie alle in ihrem Amt zu belassen. Die SVP empfahl nur ihre beiden eigenen Vertreter Christoph Blocher und Samuel Schmid sowie die FDP-Bundesräte Pascal Couchepin und Hans-Rudolf Merz zur Wahl. Die SP und die CVP/EVP/GLP-Fraktion sprachen sich für alle Bisherigen mit Ausnahme von Blocher aus, und die Grünen unterstützten in ihrem schriftlichen Antrag nur die beiden SP-Bundesräte Micheline Calmy-Rey und Moritz Leuenberger und präsentierten den grünen Ständerat Luc Recordon (VD) als Kandidaten. Nachdem die Sprecher der SP und der CVP dargelegt hatten, dass sie der SVP ihren zweiten Sitz nicht streitig machen wollten, darauf aber nicht mehr Blocher sehen möchten, trat Zisyadis (pda, VD) ans Rednerpult und schlug die Bündner SVP-Regierungsrätin Eveline Widmer-Schlumpf zur Wahl vor. In den Medien war Widmer-Schlumpf zusammen mit Nationalrat Zuppiger (svp, ZH) als mögliche Alternative für Blocher bereits in der Berichterstattung über die CVP-Fraktionssitzung erwähnt worden. Baader (svp, BL) als Fraktionssprecher appellierte anschliessend an die CVP, Blocher zu wählen und sicherte zu, dass in diesem Fall entgegen ihrem schriftlichen Antrag die SVP auch Doris Leuthard (cvp) unterstützen würde.

Anschliessend schritt das Parlament zur Besetzung der Bundesratssitze in der Reihenfolge der Amtsdauer der bisherigen Inhaber. Zuerst wurde Leuenberger mit 157 Stimmen gewählt, dann Couchepin mit 205, Schmid mit 201 und Calmy-Rey mit 153. Vor der Besetzung des Sitzes von Blocher meldete sich Baader nochmals zu Wort und legte dar, dass Blocher in den letzten vier Jahren „einen Leistungsausweis erbracht (habe) wie kaum ein anderes Regierungsmitglied“. Frösch (BE) zog im Namen der Grünen die Kandidatur Recordons „zugunsten einer aussichtsreicheren Kandidatur“ zurück. Im ersten Wahlgang erzielte Widmer-Schlumpf mit 116 Stimmen das bessere Resultat als Blocher mit 111. Das absolute Mehr von 120 verfehlte sie aber; sechs Stimmzettel waren leer, zwei ungültig und elf entfielen auf andere Namen. Im zweiten Wahlgang entfielen nur noch zwei Stimmen auf Diverse, vier blieben leer und keiner war ungültig. Das absolute Mehr stieg damit auf 122. Widmer-Schlumpf übertraf es mit 125, Blocher kam nur auf 115 und verlor damit seinen Sitz. Nachdem ein Ordnungsantrag der SVP auf Verschiebung der weiteren Wahlen abgelehnt worden war, bestätigte die Bundesversammlung Merz und Leuthard mit 213 resp. 160 Stimmen in ihren Ämtern.

Nachdem sie sich am Wahltag eine Bedenkzeit erbeten hatte, erklärte Eveline Widmer-Schlumpf am nächsten Morgen vor der Vereinigten Bundesversammlung, dass sie ihre Wahl annehme. SVP-Fraktionschef Baader trat noch einmal ans Rednerpult und kündigte an, dass die beiden SVP-Bundesräte Schmid und Widmer-Schlumpf wie bereits zu Jahresbeginn angedroht, aus der SVP-Fraktion ausgeschlossen würden, die SVP damit nicht mehr in der Landesregierung vertreten sei und sich in Zukunft als Oppositionspartei betrachten würde. (Die Bundesräte sind als nicht dem Parlament Angehörende nur Gäste und nicht Mitglieder der Fraktionen ihrer Parteien.) Als solche werde sie alle den Zielen der SVP zuwiderlaufenden Beschlüsse dieser neuen „Mitte-Links-Regierung“ aber auch des Parlaments bekämpfen und mit Referenden und Volksinitiativen Druck ausüben. Blocher doppelte nach und kündigte an, dass er im Rahmen dieser neuen Opposition politisch aktiv bleiben werde. Dies werde ihm umso leichter fallen, als er sich nun wieder frei und ausserhalb von Konkordanz und Kollegialitätsprinzip werde äussern können. Die neue Bundesrätin Widmer-Schlumpf erklärte, dass sie die Wahl angenommen habe, um der SVP den Sitz zu retten, der sonst an die CVP gegangen wäre. Die SVP-Fraktion bestätigte eine Woche später mit 60 zu 3 Stimmen den Ausschluss von Schmid und Widmer-Schlumpf von den Fraktionssitzungen.

Die Kommentare in den Medien zur Nichtwiederwahl Blochers waren sich ziemlich einig, dass Blocher nicht wegen seiner Politik als Bundesrat gescheitert war, sondern wegen der permanenten Angriffe von ihm und seiner Partei gegen alle anderen politischen Kräfte. Der weitgehend auf seine Person ausgerichtete Parlamentswahlkampf der SVP hatte für viele bürgerliche Politiker, vor allem aus der CVP aber auch aus der FDP, das Fass zum Überlaufen gebracht.

Die Departementsverteilung blieb unverändert, Widmer-Schlumpf übernahm das EJPD.