Der Regierungsrat hatte in seinem Programm vom 17. März 1967 zwei Wege ins Auge gefasst, auf denen eine Lösung gesucht werden sollte: Einerseits die Durchführung verschiedener Reformen im Rahmen der bernischen Zuständigkeit und anderseits die Veranstaltung eines Plebiszits, in welchem die Stimmbürger der jurassischen Amtsbezirke endgültig über die Bildung eines eigenen Kantons abstimmen würden. Um die Ausgestaltung dieser beiden Wege und um die Frage der Priorität ergaben sich nun Meinungsverschiedenheiten zwischen der Kommission Petitpierre und der bernischen Regierung. Die Vier Weisen vertraten die Auffassung, dass die Reformpläne für den Jura sich zu einem Autonomiestatut verdichten sollten, das geeignet wäre, die Einheit des Juras zu erhalten und damit die Jurafrage dauerhafter zu lösen, als es ein Entscheid über die blosse Alternative Trennung oder Aufrechterhaltung des Status quo vermöchte. Sie schlugen deshalb vor, dass ein solches Jurastatut auch bundesrechtliche Neuerungen einschliesse und dass seiner Einführung eindeutig der zeitliche Vorrang vor einem Trennungsverfahren gegeben werde; in der Trennungsfrage sodann hielten sie eine Differenzierung nach Amtsbezirken für erforderlich, damit nicht eine knappe gesamtjurassische Mehrheit über das Schicksal einer regional konzentrierten Minderheit entscheide. Der bernische Regierungsrat akzeptierte die Idee des Autonomiestatuts und das Prinzip des amtsbezirkweisen Plebiszits; er beharrte aber darauf, dass über die Trennungsfrage schon vor der rechtsgültigen Verabschiedung des Jurastatuts abgestimmt werde.
Die beiden Instanzen gaben kurz nacheinander ihre Stellungnahmen bekannt: die Kommission der Guten Dienste im Juni; die bernische Regierung im Juli. Die Vier Weisen veröffentlichten einen ersten Bericht, in welchem die Ausarbeitung eines Autonomiestatuts unter Mitwirkung aller Betroffenen vorgeschlagen wurde. Als Hauptelemente eines solchen Statuts, über dessen Inhalt sie einen weiteren Bericht ankündigten, empfahlen sie einen besonderen jurassischen Wahlkreis für die Bestellung der Regierungs- und der Nationalräte, einen jurassischen Rat mit vorwiegend konsultativen Befugnissen sowie ein jurassisches Verwaltungszentrum. Die Trennungsfrage sollte unmittelbar nach der Einführung des Statuts zur Abstimmung gebracht werden. Der bemische Regierungsrat dagegen beantragte einen Verfassungszusatz, der das Trennungsverfahren festlegte: Volksbefragung über die Trennung im Gesamtjura (auf Grund eines Volksbegehrens oder auf Anordnung der Regierung) nach einer grundsätzlichen Stellungnahme des Grossen Rates zu einem Regierungsratsbericht über das Jurastatut – Initiativrecht der einzelnen Amtsbezirke und danach auch der an der Trennungslinie gelegenen Gemeinden zur Bestimmung ihrer Kantonszugehörigkeit, wobei Laufen der Anschluss an einen dritten Kanton freistünde – Wahl eines Verfassungsrates im Gebiet eines allfälligen jurassischen Kantons – Ausarbeitung einer Verfassung und Genehmigung derselben durch die Stimmberechtigten dieses Gebiets. Zur Gewährleistung freier Volksentscheide war vorgesehen, die erforderlichen Urnengänge unter eidgenössische Kontrolle zu stellen und den Regierungsrat zur Anordnung der brieflichen Stimmabgabe zu ermächtigen.